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附件31.1

根據本條例第302條核證定期報告

2002年《薩班斯-奧克斯利法案》

我，Ryan J. Watts，博士，證明：

1.我已經審閲了Denali Therapeutics Inc.的10-Q表格季度報告;

2.據我所知，本報告沒有對重大事實作出任何不真實的陳述，也沒有遺漏就本報告所涉期間作出陳述所必需的重要事實，以使所作陳述對於本報告所涉期間不具誤導性；

3.據我所知，本報告所包括的財務報表和其他財務信息在各重要方面都公平地列報了登記人在本報告所述期間的財務狀況、經營成果和現金流；

4.註冊人的其他認證官員和我負責為註冊人建立和維護披露控制和程序（定義見《交易法》規則13 a-15（e）和15 d-15（e））以及財務報告的內部控制（定義見《交易法》規則13 a-15（f）和15 d-15（f）），並擁有：

A.設計此類披露控制和程序，或導致此類披露控制和程序在我們的監督下設計，以確保與註冊人(包括其合併子公司)有關的重要信息被這些實體中的其他人知曉，特別是在本報告編寫期間；

B.設計此類財務報告內部控制，或使此類財務報告內部控制在我司監督下設計，以合理保證財務報告的可靠性，並根據公認會計原則編制對外財務報表；

C.評估註冊人的披露控制和程序的有效性，並在本報告中根據此類評估提出我們關於截至本報告所涉期間結束時披露控制和程序的有效性的結論；以及

d.在本報告中披露註冊人最近一個財政季度（如果是年度報告，則為註冊人的第四個財政季度）發生的註冊人對財務報告的內部控制的任何變化，這些變化已經或有可能對註冊人對財務報告的內部控制產生重大影響;

5.根據我們對財務報告的內部控制的最新評估，我和註冊人的其他核證人員已向註冊人的審計師和註冊人董事會的審計委員會(或履行同等職能的人)披露：

A.在財務報告內部控制的設計或運作方面可能對註冊人記錄、處理、彙總和報告財務信息的能力產生不利影響的所有重大缺陷和重大弱點；以及

B.涉及管理層或在註冊人的財務報告內部控制中發揮重要作用的其他員工的任何欺詐行為，無論是否重大。

日期：2024年8月1日