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根據424(b)(3)條款提交
註冊編號333-280098
招股説明書

多達12,250,000股普通股。
我們於2024年5月根據《證券購買協議》(Purchase Agreement)與某些認證投資者(“轉讓安全股份者”)在私募中發行並銷售了2,250,000股普通股($0.0001面值每股)和2000萬美元的優先有擔保可轉換債券，截至2026年5月24日到期(“債券”)，最初可轉換成10,000,000股我們的普通股。本招股説明書與轉讓安全股份者向市場銷售的最多12,250,000股普通股有關，包含(i)最多2,250,000股的“基準股”(Upfront Shares)和(ii)最多10,000,000股的可轉換債券轉換股份(the “Conversion Shares”)，和基準股共同組成交易所需的所有股份。“轉讓安全股份者向市場銷售的基準股和可轉換債券轉換股份共同組成的股份”，但我們不會從此次招股説明書所述的股份銷售中收到任何收入。
我們所註銷的證券並不表示出售安全股票人(Selling Securityholder)不會提供或出售任何股份。更多的有關出售安全股份者如何銷售或處置這些股份的信息，請參閲“分銷計劃”的章節。請參閲“出售安全股份人”章節獲取有關出售安全股份者的更多信息。
我們的普通股在納斯達克資本市場（“納斯達克”）上以“BNGO”為標的進行交易。截至2024年6月18日，我們的普通股在納斯達克報告的最後交易價格為每股0.78美元。
根據聯邦證券法的規定，我們是一家“較小的申報公司”，我們已選擇為本次招股説明書遵守某些減少報表要求，並在將來的申報文件中可能也會採取這種方法。
投資我們的證券存在很高的風險。在決定是否要購買我們的證券之前，您應仔細閲讀本説明書第3頁下的“風險因素”以及適用的招股説明書和任何相關的寫作招股説明書中所描述的風險和不確定性，以及在其他被納入本説明書的文件中類似的標題下的相似內容。
證券交易委員會或任何州證券委員會未批准或駁回這些證券或確定本説明書是否真實或完整。任何與此相反的陳述均屬於犯罪行為。
本招股説明書日期為2024年6月20日。

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（d）  附件。（d）  附件。
頁面
關於本招股説明書
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招股説明書摘要
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風險因素
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我們的董事會認為，我們的薪酬政策和實踐是合理的，並適當地將我們的員工利益與股東的利益相一致。董事會認為，對於我們的高管和其他員工的激勵性薪酬與收益掛鈎的事實鼓勵採取有利於公司短期和長期盈利的行動。此外，薪酬委員會審查有關我們的薪酬政策和實踐的變化，以確保此類政策和實踐不會鼓勵我們的高管和其他員工採取可能導致公司出現重大不利影響的行動。
有關前瞻性聲明之特別説明
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使用資金
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股本結構描述
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美國聯邦所得税的重要後果
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PROPOSAL NO. 2
售出證券持有人
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分銷計劃
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法律事項 除非適用的招股説明書另有説明，否則本招股説明書所提供證券的有效性將由紐約Ellenoff Grossman & Schole LLP律師事務所審核。如果與本招股説明書有關的法律事項由承銷商、經銷商或代理商的法律顧問通過審核，則這些律師將在適用的招股説明書中命名。
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可獲取更多信息的地方
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在哪裏尋找更多信息
（d）  附件。（d）  附件。
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通過參照，本招股説明書和參考了本招股説明書的信息除外，本摘要突出了本招股説明書的其他部分中包含的信息。在決定投資我們的證券之前，應仔細閲讀本全文，包括第4頁開始的“Risk Factors”一節以及我們的合併財務報表及相關附註，和其他在本招股説明書中和在本招股説明書中所引用的其他信息中所含的信息。
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關於本説明書
本招股説明書是我們以申請之書形式向美國證券交易委員會(SEC)提交的，運用了“貨架”註冊程序。在這種貨架註冊程序下，轉讓安全股份者可以從時間到時間出售在本招股説明書中描述的證劵。我們不會從轉讓安全股份者在本招股説明書中描述的證券銷售中收到任何收入。
我們及轉讓安全股份者未授權任何人向您提供與本招股説明書、任何適用的招股説明書或我們授權供與本次發行有關的任何書面材料中所包含或被納入的信息不同的或不一致的信息。我們和轉讓安全股份者不對其他人的信息的可靠性負責，也不能保證其他人提供給您的信息的可靠性。我們及轉讓安全股份者不會在任何不允許出售或邀請出售的司法管轄區內或邀請任何未能有資格在其中進行邀請或銷售的個人出售這些證券。您應當假定在本招股説明書、任何適用的招股説明書或供與本次發行有關的任何書面材料中所包含或被納入的信息只有在有關文件具有其各自的日期之時才是準確的，無論何時傳遞，我們的業務、財務狀況、經營成果和前景可能在那之後發生變化。您在作出投資決策前應該全面閲讀本招股説明書、任何適用的招股説明書、我們授權供與本招股説明書和適用的招股説明書有關的文件和我們納入本文，根據我們所提供的資料評估自己的投資選擇。您還應閲讀並考慮給出“更多信息的位置”和“參考的某些信息的納入”標題下的文件中的信息。
轉讓安全股份者僅在允許出售和出售證券的司法管轄區提供出售安全股份者在本招股説明書中描述的證券，並尋求購買證券的報價。在某些司法管轄區內，本招股説明書的發佈和我們證券的銷售可能受到法律的限制。在獲得本招股説明書的人士之外的美國以外的地方，必須瞭解我們的證券銷售和本招股説明書的發佈受到的限制。本招股説明書並不構成以任何在其中發佈或銷售是違法的任何司法管轄區內任何人的提供或要約的要約或對於購買這些在招股説明書中提到的證券的邀請。
除非另有説明或上下文表明，本招股説明書的所有引用“Bionano”，“公司”，“我們”，“我們的”和類似的引用，均指Bionano Genomics, Inc.及其子公司，或根據上下文需要，僅指Bionano Genomics, Inc。”Bionano Laboratories，“BioDiscovery”和“Purigen”指代我們的全資子公司，Lineagen, Inc. (doing business as Bionano Laboratories)，“BioDiscovery, LLC”和Purigen Biosystems, Inc.，分別。
我們的設計標誌“Bionano”，以及我們的其他已註冊和共同的商業名稱，商標和服務標記是Bionano Genomics, Inc.的財產。在招股説明書中出現的商標，商業名稱和服務標記為它們各自所有者的財產。我們並不希望我們使用或顯示其他公司的商標，商業名稱或服務標記意味着與其他公司或產品存在關係或獲得支持或贊助。
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招股書摘要
下面的摘要重點介紹了我們、本次發行和本招股説明書中包含的其它信息。本摘要不完整，並且不包含您應在決定是否要投資我們的證券之前考慮的所有信息。對於我們公司和本次發行的更全面的瞭解，您應認真閲讀和考慮本招股説明書中或被引用入本招股説明書的更詳細信息，包括在“風險因素”標題下所描述的因素。
公司概覽
我們提供基因組分析解決方案，使研究人員和臨牀醫生能夠揭示生物學和醫學中的具有挑戰性的問題的答案，我們的使命是通過OGM解決方案、診斷服務和軟件改變世界看待基因組的方式。我們提供應用於基礎、轉化和臨牀研究的OGM解決方案。我們還提供行業領先的平臺適配基因組分析軟件解決方案和利用專有的等電聚焦(ITP)技術進行核酸提取和純化的解決方案。通過我們的全資子公司Lineagen, Inc. d/b/a Bionano Laboratories業務，我們也提供基於OGM的診斷檢測服務。
企業信息
我們成立於2003年1月，最初的名字為BioNanomatrix LLC，是一個特定目的的底層物理學公司。2007年8月，我們成為BioNanomatrix Inc.，一家特定目的的電子學公。2011年10月，我們將公司名字更改為BioNano Genomics，Inc.，2018年7月，我們將公司名字更改為Bionano Genomics，Inc。
我們的主要執行辦公室位於加利福尼亞州聖地亞哥市9540 Towne Centre Drive，Suite 100。我們的電話號碼是(858)888-7600。我們的網址是www.bionanogenomics.com，我們定期在網站上發佈我們的新聞稿以及有關我們的其他信息。網站上包含的信息不被納入本説明書，請勿認為本網站上的信息是本招股説明書的一部分，也不要根據本網站上的信息來決定是否購買我們的證券。
作為“較小報告公司”，我們符合《證券法》和《證券交易法》的規定，並且因此可能選擇利用特定於較小報告公司的某些規模縮減披露要求。在我們最近完成的第二個財政季度的最後一個營業日，我們的公共流通股票在未關聯的個人和實體手中的總市值大於2.5億美元之前，我們將繼續是較小報告公司，或者在我們最近完成的第二個財政季度的最後一個營業日，我們具有至少1億美元的營業收入和至少7億美元的公共流通市值，我們將繼續是較小報告公司。
我們是一家“較小的申報公司”，這意味着我們非關聯非全體股東持有的普通股市值在第二財政季度的最後一個營業日上測量的價值不到2.5億美元，或者我們的年度收入不到1億美元，而關聯非全體股東持有的普通股市值在第二財政季度的最後一個營業日上測量不到7億美元。因此，我們可能提供比其他上市公司更少的公共披露，包括僅包含兩年的經審計的財務報表和對財務狀況和經營成果的管理討論和分析僅有兩年的披露。因此，我們向股東提供的信息可能與您持有股權的其他公開報告公司所提供的信息不同。
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發行
轉讓安全股份者提供出售的證券：最多12,250,000股我們的普通股，包括(i)最多2,250,000股基準股和(ii)最多10,000,000股可轉換債券轉換股份（Conversion Shares） 。我們不會從出售股份者出售的股票中獲得任何收益。
最多包括12,250,000股我們的普通股，包括(i)最多2,250,000股的“基準股”和(ii)由於可轉換債券轉換而可發行的最多10,000,000股普通股。
使用所得款項
我們不會從銷售轉讓安全股份者所述的證券中獲得任何收益。
風險因素
投資我們的普通股存在很高的風險。請參見本招股説明書第3頁的“風險因素”和其他文件中類似的標題下的風險因素。
納斯達克資本市場符號
我們的普通股票在納斯達克資本市場上以“BNGO”符號進行交易。
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風險因素
投資我們的證券涉及高風險。您應該仔細考慮以下風險因素，以及我們最近的年度報告表格10-K和最近的季度報告表格10-Q中“風險因素”一節中討論的風險因素，以及隨後提交的任何修正版本。這些文件中描述的風險和不確定性不是我們面臨的唯一風險和不確定性。可能會影響我們業務的其他風險和不確定性，包括我們目前未認為重要的那些風險和不確定性。如果任何基於參考所納入的風險實際發生，可能會嚴重影響我們的業務、財務狀況、運營業績或現金流量。這可能導致我們的證券價值下降，您可能會失去全部或部分投資。
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關於前瞻性聲明的特別提示本季度報告包含了與未來事件有關的前瞻性聲明，包括我們未來的營運結果和狀況、我們的前景和未來的財務表現和狀況，這些前瞻性聲明在很大程度上基於我們目前的期望和預測。已知和未知的風險、不確定性和其他因素可能導致我們的實際結果、表現或成果與任何未來的結果、表現或成果差異顯著的前瞻性聲明相比，具體而言，是因為我們運營在一個高度監管和不斷變化的行業，在改革後的澳門賭博法下，可能變得高度槓桿化，並在競爭激烈的市場上運營，新的風險因素可能不時出現。我們的管理層無法預測所有的風險因素，也無法評估這些因素對我們業務的影響，或任何因素或因素的組合，可能導致實際結果與任何前瞻性聲明中表達或暗示的結果顯著不同。前瞻性聲明涉及固有的風險和不確定性，許多因素可能導致實際結果與任何前瞻性聲明中包含的結果存在實質性差異。這些因素包括但不限於(i)恢復受COVID-19影響的速度，我們的行業和全球經濟，(ii)改革後的澳門博彩法和政府實施，(iii)澳門博彩市場和訪問的變化，(iv)本地和全球經濟環境，(v)我們預期的增長戰略，(vi)博彩管理機構和其他政府批准和規定，以及(vii)我們未來的業務發展、經營業績和財務狀況。在某些情況下，可以通過諸如“可能”、“將”、“期望”、“預計”、“目標”、“瞄準”、“估計”、“打算”、“計劃”、“認為”、“潛力”、“繼續”、“有/可能”或其他類似的表述來識別前瞻性聲明。
本招股説明書（包括在此處和其中引用的文件）包含根據證券法第27A條和交易法第21E條制定的前瞻性聲明。這些聲明基於我們管理層對未來事件、條件和結果以及我們目前可得到的信息的現有信念、期望和假設。包含這些前瞻性聲明的討論可在轉自我們最近提交給SEC的第10-K表格的“業務”、“風險因素”和“管理對財務狀況和運營業績的討論”一節，以及我們最近提交的第10-Q表格中找到，隨後的提交中反映了任何修訂。
本招股説明書或其中引用的有關我們期望、信仰、計劃、目標、假設或未來事件或業績的任何聲明都不是歷史事實，都是前瞻性聲明。根據證券法第27A條和交易法第21E條的規定，這些前瞻性聲明可能包括但不限於以下內容：
•
我們融資運營和業務計劃的能力，包括我們成功實施我們的戰略重組計劃和其他成本削減活動的能力；
•
我們產品市場的規模和增長潛力以及我們服務這些市場的能力；
•
我們產品市場的規模和增長潛力以及我們服務這些市場的能力；
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我們管理業務增長和整合收購業務的能力；
•
我們將有效應對現有和新的市場所針對的商業機構擴展我們的商業組織的能力；
•
未來在美國和外國國家發生的監管、司法和立法變化或發展的影響；
•
我們能否成功執行我們的戰略並達到預期的目標和里程碑的能力；
•
我們在競爭激烈的行業中有效競爭的能力；
•
競爭技術的推出或現有技術的改進以及這些技術的成功；
•
我們第三方合同銷售組織、供應商和製造商的業績；
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我們招收和保留關鍵科學或管理人員的能力。
•
關於我們的開支、未來收入、補償率、資本需求和融資需求估計的準確性；
•
地緣政治和宏觀經濟發展的影響，例如烏克蘭和俄羅斯之間的持續衝突、以色列-哈馬斯之戰、相關制裁和全球流行病對我們的業務和運營以及我們的供應商、客户、製造商、研究夥伴和其他我們進行業務往來的第三方的業務或運營的影響，以及我們對這些影響的持續時間和造成的影響的期望；
•
我們最近的任何未來收購或其他戰略交易的預期利益和協同效應的實際實現；
•
我們預期的現金儲備、作為經營繼續存在的能力以及為我們的運營獲得資金的能力；
•
我們吸引合作者和戰略夥伴的能力；以及
•
包括本招股説明書中所述的那些內容在內的其他影響我們的不確定性，這些內容在本招股説明書的“風險因素”一節中描述，在我們最近的10-K、10-Q和8-K提交的“風險因素”標題中描述，在我們與SEC的後續提交中反映的修訂版本中描述。
在一些情況下，您可以通過術語“預計”，“相信”，“繼續”，“可能”，“估計”，“期望”，“打算”，“可能”，“計劃”，“潛在”，“預測”，“項目”，“應該”，“將會”，“會”或這些術語的否定或複數形式，以及旨在確定未來情況的類似表達式，儘管並非所有前瞻性聲明都包含這些詞語。這些聲明涉及已知和未知的風險，不確定性和其他因素，這些因素可能導致我們的實際結果，活動水平，表現或成就與這些前瞻性聲明所表達或暗示的信息有實質性不同。此外，“我們相信”的聲明和類似的聲明反映出我們對相關主題的信念和意見。這些聲明基於我們在此招股説明書發佈之日可獲得的信息，雖然我們相信這些信息構成這些聲明的合理基礎，但是此類信息可能是有限的或不完整的，因此我們的聲明不應被認為是指示我們對所有可能可用的相關信息進行了詳盡的調查或審查。這些聲明本質上是不確定的，投資者不應過度依賴這些聲明。
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請使用術語“預計”，“相信”，“繼續”，“可能”，“估計”，“期望”，“打算”，“可能”，“計劃”，“潛在”，“預測”，“項目”，“應該”，“將會”，“會”或這些術語的否定或複數形式，以及旨在確定未來情況的類似表達式，儘管並非所有前瞻性聲明都包含這些詞語。這些聲明涉及已知和未知的風險，不確定性和其他因素，這些因素可能導致我們的實際結果，活動水平，表現或成就與這些前瞻性聲明所表達或暗示的信息有實質性不同。此外，“我們相信”的聲明和類似的聲明反映出我們對相關主題的信念和意見。這些聲明基於我們在此招股説明書發佈之日可獲得的信息，雖然我們相信這些信息構成這些聲明的合理基礎，但是此類信息可能是有限的或不完整的，因此我們的聲明不應被認為是指示我們對所有可能可用的相關信息進行了詳盡的調查或審查。這些聲明本質上是不確定的，投資者不應過度依賴這些聲明。
您應該參考本招股説明書中標題為“風險因素”的部分，以及其他文件中的類似標題，這些文件已被納入本招股説明書，討論可能導致我們的實際結果與我們的前瞻性聲明所表達或暗示的信息有實質性不同的重要因素。考慮到這些風險、不確定性和其他因素，其中許多因素超出了我們的控制範圍，我們無法向您保證本招股説明書中的前瞻性聲明將會證明準確，您不應過度依賴這些前瞻性聲明。雖然我們相信前瞻性聲明所反映的預期是合理的，但我們無法保證未來的結果、活動水平、表現或事件和情況將會實現或發生。此外，如果我們的前瞻性聲明被證明是不準確的，那麼這種不準確性可能是重大的。鑑於這些前瞻性聲明的重大不確定性，您不應將這些聲明視為我們或其他任何人在任何指定的時間框架內或根本達成我們的目標和計劃的陳述或保證。
除法律另有規定外，我們不承擔公開更新這些前瞻性聲明的責任，也不修訂任何前瞻性聲明以反映此招股説明書日期之後發生的事件或發展，即使未來出現新信息。
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使用收益
我們將不會獲得此次發行中出售的股票所產生的任何收益，本次發行中售出的股票收益將全部歸售出證券持有人所有。
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股票資本簡介
我們的股份説明書、公司章程和法律概述是摘要性質的。以下説明並不完整，且可能會受到我們的公司章程和法律有關其的規定的限制，這些公司章程和法律文件已作為此招股説明書的附件提交，以及德拉華州普通公司法的相關條款。
截至本招股説明書之日，我們的公司章程授權我們發行4億股普通股，每股面值為0.0001美元，和1,000萬股優先股，每股面值為0.0001美元。
普通股
您可以指示託管人投票所存股份的數量。託管人將通知您股東大會的召開，並應我們的請求安排向您交付選票材料。這些材料將描述要表決的事項並説明ADS持有人如何指示託管人如何投票。為使指示有效，必須在託管人規定的日期之前到達託管人處。在這種情況下，如果您未能及時獲悉會議，您將不能行使投票權。託管人將盡可能地努力按照ADS持有人的指示投票或委託其代理投票所代表的股份或其他存入的證券，前提是符合澳大利亞法律和我們的憲章或類似文件的規定。託管人只會按照指示進行投票或嘗試進行投票。
我們的普通股在所有提交股東投票的事項（包括董事的選舉）中享有每股一票的表決權，並沒有累積投票權。根據我們的修訂後的第一次修訂章程，已分成三個等級的董事會，每個等級擁有三年級別的任期。只有一個等級的董事會成員將在我們的每個股東年度大會上參加通過最多投票數的選舉，而其他等級的董事會成員將繼續任其剩餘的三年級別。
經濟權益
除非我們的公司章程或適用法律另有明確規定，所有普通股的權利和特權均相同，平等共享，各方面完全相同，包括下文所述的各方面。
分紅。在尚未支付所有的債務和其他負債的前提下，如果有合法可用的資金，董事會可以不定期地宣佈由普通股股東分配的紅利。
清算權。在我們的清算、解散或清算期間，普通股股東有權在向持股人分配法律上可用的淨資產之後按比例分配權益，但須遵守向任何優先股的持有人授予的任何清算特權。
沒有優先購買權或類似權利
我們的普通股持有人沒有優先購買權，也沒有轉換、贖回或沉船基金等條款。普通股持有人的權利、優先權和特權受到我們可能指定和發行的任何系列優先股的持有人的權利影響，這些權利、優先權和特權可能會受到不利影響。我們的董事會可以授權通過具有投票或轉換權的優先股，這些優先股可能會對普通股持有人的投票權或其他權利產生不利影響。發行優先股可以在可能的收購和其他公司目的方面提供靈活性，但可能會有重大影響，包括延遲、推遲或防止可能有利於普通股持有人的變更控制。我們目前沒有發行任何優先股的計劃。
期權。截至2021年3月31日，我們的2005年股權激勵計劃下已有共189,069股普通股的期權被行權（行權日當天全部範圍）。我們的2016年股權激勵計劃下，576,806股普通股的期權處於行權狀態。2020年期權獎勵計劃下，996,730股普通股的期權處於行權狀態（其中有123,093股普通股的期權處於行權狀態）。
我們受德拉華州普通公司法第203條的約束。第203條通常禁止公共德州公司與“感興趣的股東”進行“業務合併”三年的交易，自該人成為感興趣的股東之日起計算，除非：i）在交易之前，公司的董事會已經批准業務合併或導致股東成為感興趣的股東的交易；ii）在成為感興趣的股東的交易完成之後，感興趣的股東擁有本公司現有已發行公共股票的投票股份的至少85%，不包括（a）董事兼職員工持有的股票和（b）僱員股票計劃持有的股票，該股票計劃的參與者沒有權力保密地確定持有受該計劃約束的股票是否會接受要約或交換報價；或iii）在交易完成之後或之後，業務合併獲得公司董事會的批准並在股東所述的年度或特別股東大會上通過股東的肯定票數（不是書面同意），以及對不屬於感興趣的股東的投票權實現肯定性票數高達66 2/3%。德州普通公司法第203條定義業務合併，包括：
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反收購條款
或
•
在交易之前，公司的董事會已經批准業務合併或導致股東成為感興趣的股東的交易
•
在成為感興趣的股東的交易完成之後，感興趣的股東擁有本公司現有已發行公共股票的投票股份的至少85%，不包括（a）董事兼職員工持有的股票和（b）僱員股票計劃持有的股票，該股票計劃的參與者沒有權力保密地確定持有受該計劃約束的股票是否會接受要約或交換報價；或
•
在交易完成之後或之後，業務合併獲得公司董事會的批准並在股東所述的年度或特別股東大會上通過股東的肯定票數（不是書面同意），以及對不屬於感興趣的股東的投票權實現肯定性票數高達66 2/3%。
州德拉華州的普通公司法第203條的規定，包括：
•
涉及公司和相關方的任何合併或合併;
•
涉及公司股東持有10%或更多資產的任何出售、租賃、交換、抵押、質押、轉讓或其他處置;
•
除非例外情況，任何涉及公司的交易都會增加任何類別或系列的股票的持股比例，有利於利益相關者;
•
除非例外情況，導致公司向有利益相關者發行或轉讓任何公司股票的交易;
•
相關股東收到公司提供的或通過公司提供的任何貸款、墊款、擔保、抵押或其他金融利益的所有收益；
一般而言，第203條定義了任何持有公司15%或更多表決權的優先股的實體或個人和任何與此實體或個人有關係的或被其控制或被控制的實體或個人都是有利益的股東。
本次發行結束後生效的公司章程和公司章程。
我們的修正和重申的公司章程，已修正，以及修正和重申的章程:
•
不提供股東累計投票權，以至於持有公司普通股表決權大多數的股東可能能夠選舉我們所有的董事;
•
規定股東行動只能在股東正式召集的會議上進行，而不是通過書面同意;
•
規定只有我們的董事會多數、董事會主席或首席執行官才能召集股東特別會議;
•
建立提前通知程序，以使股東可以就股東年度大會提出提案，包括提名人選選舉我們的董事;
•
將我們的董事會分為三個等級，每個等級為三年;
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•
規定只能通過董事會授權人數的多數通過決議來改變董事的授權人數;
•
規定只有帶有原因的股東持有我們當時所有普通股的至少66 2/3％的表決權，才可以撤換董事會或任何個別董事;
•
規定所有空缺，包括新增的董事席位，只要不違反法律規定或以時常指定的優先股持有人的權利為條件，都可以由在任董事中表決多數的股東填補，即使不構成法定人數;
•
規定特拉華州司法機構是唯一的和獨家的論壇，用於(i)代表我們提起任何衍生訴訟或程序，(ii)主張任何董事或高管向我們或我們的股東承擔受託責任的任何主張，(iii)主張根據特拉華州公司法或我們的公司章程或章程而產生的針對我們的任何索賠，或(iv)主張根據內務主義原則針對我們所管轄的任何索賠(這些選址條款不適用於起訴以執行《證券法》、交易所法等法律所創建的職責或責任或其他聯邦法院具有專屬管轄權的索賠)。
上述規定使另一方很難通過替換我們的董事會獲得我們的控制權。由於我們的董事會有權保留和解僱我們的高管，這些規定也可能使現有股東或其他方更難實現管理變更。此外，未指定的優先股的授權使我們的董事會有可能發行具有投票權或其他權利或偏好的優先股，從而可能阻礙任何改變我們控制權的企圖的成功。
這些規定旨在減少我們面臨的未經請求的收購提議的風險，並阻止在股東大會上使用的某些策略。然而，這些規定可能會有助於阻止他人對我們的股票進行要約收購，並可能會阻礙敵意收購或推遲我們控制權或管理變更的發生。因此，這些規定還可能抑制我們股票市場價格的波動，這可能是由於真實或傳言的收購企圖引起的。
特拉華州公司法第203條
我們受特拉華州公司法第203條的約束，其禁止特拉華州公司在有利益相關者成為有利益相關者後的三年內與任何有利益相關者進行任何業務組合，但有一定例外。
過户代理人和註冊代理人
我們的普通股的過户代理和註冊機構是Equiniti Trust Company，LLC。
出售股東 出售股東要出售的普通股包括轉股股份和認股股份。有關上述普通股、認股權證和票據的發行的其他信息，請參見本招股説明書其他地方的“前瞻摘要-票據和認股權證的私募”部分。我們註冊普通股是為了允許出售股東隨時重新銷售股份。除了在此處要求供的普通股持有權外，認股權證和票據適用的範圍及上述表格腳註中披露的，出售股東過去三年沒有與我們有任何實質性關係。
我們的普通股在納斯達克資本市場上以“BNGO”為代碼標識。
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美國聯邦所得税的重要後果
以下是美國某些法定收入税的摘要，適用於持有和處置股票的美國持有人（定義詳見下文）。
本摘要基於1986年修正的《內部收入法典》（以下簡稱“《法典》”）、適用的美國財政部法規、行政裁定和司法決定，均截至本文件日期生效的版本，這些版本可能會隨後發生變化或解釋不同，有可能具有不同於下文所討論的美國聯邦所得税後果的追溯性影響。這份摘要僅適用於按《法典》第1221條（通常指投資物業）的意義持有股票的美國持有人所持有的股票，該持有人以“發行價”購買了這些股票。本摘要性質不定，不涉及所有美國聯邦所得税法的各個方面，任何遺產或贈與税後果、任何替代性最低税後果、對淨投資收入徵收的醫保捐贈税、《法典》第451（b）條規定下的特殊税務會計規則或任何州、地方或非美國税後果。另外，本摘要也未針對可能與美國持有人的個人情況或特定情況有關的所有與税務相關的後果進行討論，比如：
•
適用特殊税務處理的美國持有人，包括證券或貨幣經紀人、銀行、金融機構、受到監管的投資公司、房地產投資信託、免税實體、保險公司、養老或退休計劃或選擇使用標記至市方法的證券的交易者；
•
作為套期保值、整合或轉換交易或跨式套利的部分或根據代碼的建設性出售規定被視為出售股票的個人；
•
其“職能貨幣”不是美元的美國持有人；
•
為避免美國聯邦所得税而累積收益的公司;
•
美國某些前公民或常住居民；
•
我們的股票擁有5%或以上（按投票權或價值計）的美國持有人；或者
•
合夥企業或其他經過型實體或此類實體的投資人。
如果以美國聯邦所得税目的視為合夥企業的實體或安排持有股份，則合夥企業合夥人的納税通常取決於合夥人的地位以及合夥企業的活動。持有股份的合夥企業和此類合夥企業的合夥人應在其特定情況下就納税後果諮詢其税務顧問。
我們未尋求，也不會尋求，內部收入服務局（以下簡稱“IRS”）關於下文所述事項的裁定。無法保證IRS不會就所述税後果採取不同的立場，或任何這種立場不受法院支持。
在此文件中，術語“美國持有人”指的是股票的有益所有人，該企業的出資人，即對於美國聯邦所得税目的：
•
個是美國公民或居民；
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任何在美國、其任何州或哥倫比亞特區的法律下創立或組織的公司（或任何其他根據美國聯邦所得税法的目的被視為公司的實體）；
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任何收入受美國聯邦所得税收徵的財產收入的遺產；或
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信託基於（i）其受美國法院的主要監管地位，且一個或多個美國人有權控制信託的所有實質性決策，或者（ii）根據適用的美國財政部法規，在有效期內要求以美國人的身份處理的信託，一個有效的選舉方式。
“非美國持有人”是不是美國持有人的股票（對於不受美國聯邦所得税法處理為合夥企業或安排的實體或安排而言），這份摘要與非美國持有者無關。
此美國聯邦所得税後果摘要僅供概括性信息，不可視為税務建議。美國持有者應就其特定情況下購買、持有和處置股票的美國聯邦、州和地方以及非美國所得和非所得税後果諮詢其税務顧問。
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目錄

如果分配是以我們的現有或累積收益和利潤（根據美國聯邦所得税原則確定）作為基礎，通過支付所需的方式向非美國持有人作出的，則通常構成用於美國税務目的的股息並且需繳納30％的代扣税，或根據適用的所得税條約規定的更低税率，但需參照下面關於有效關聯收入、備份代扣和外國賬户的討論。為了獲得在所得税條約下降低代扣税率，非美國持有人通常必須向其代扣代理提供一個經過適當填寫的美國國税局 W-8BEN表格（個人情況下）或 IRS表格 W-8BEN-E（實體情況下）或其他適當表格，包括證明非美國持有人享有該條約下福利的認證，以及在某些情況下，提供該非美國持有人的美國納税人身份標識號碼和/或外國税收識別號碼。必須在支付股息之前提供這個認證，並且在某些情況下可能需要更新這一認證。對於持有我們普通股作為合夥企業用於美國聯邦所得税目的的受益所有人，該受益人的税務處理方式一般將取決於合夥人的身份、合夥夥方的活動以及判定在合夥人層面上做出的判定。持有我們普通股通過金融機構或代理人代表其持股的非美國持有人會被要求向該代理人提供適當的文檔，然後要求該代理人直接或通過其他中介向適用的代扣代理提供認證。如果非美國持有人有資格獲得在所得税條約下降低的美國聯邦代扣税率而沒有及時提交所需認證，則可以通過適時向 IRS 提交適當的退税要求獲得任何多餘代扣的退款或信貸。非美國持有人應就其在任何適用所得税條約下享有的權益向其税務顧問徵詢。
如果向美國持有人發放，任何時候的收益或利潤，通常將被計入美國持有人的普通股息收入，該收益或利潤根據美國聯邦所得税原則確定。但是，如對於個人收到的紅利，這些紅利通常按照更低的適用的長期資本增益税率徵税，前提是滿足某些持有期和其他要求。超過我們當前和累計收益和利潤的分配（和虛擬分配）將被視為美國持有人股票税基的空置資本收益，此後將作為出售或交換股票的資本收益。公司股分的股息可能有資格享受股息收入扣除，但需遵守相關限制。
銷售或其他應税處置股票
在出售或其他應税處置股份時，美國持有人通常會認識到資本收益或損失，其金額等於（i）處置時收到的現金和所有其他財產的公允市價減去 （ii）美國持有人所擁有股份的税基。如果美國持有人持有股票的期限超過一年，則此類資本收益或損失將是長期資本收益或損失。減輕納税人（包括個人）承認的長期資本收益一般適用於某些非企業美國持有人。美國持有人扣除資本損失的能力可能會受到限制。
信息報告和備用扣繳
通常會適用於股票紅利和股票出售或其他應税處置所得的信息報告要求，除非美國持有人是被豁免的收件人（例如，公司）。如果美國持有人未能提供其正確的納税人識別號碼或免税狀態證明，或者如果美國持有人被IRS通知其未完全報告利息和股息收入付款，則備份代扣（當前税率為24％）將適用於這些款項。備份代扣不是額外的税。根據備份代扣規則扣除的任何金額通常將允許作為美國持有人的美國聯邦所得税負債的退款或貸款，前提是及時向IRS提供所需信息。美國持有人應就其特定情況下的信息報告和備份代扣義務諮詢其税務顧問。
本摘要僅供一般信息，而不是税務建議。美國持有人應就其特定情況下的股份的購買，所有權和處置包括任何信息報告要求和任何潛在法律變化的美國聯邦，州和地方以及非美國所得和非所得税後果諮詢其税務顧問。
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目錄

出售安防-半導體標的股東
2024年5月24日，我們根據購買協議在定向增發中出售給銷售證券持有人（i）2,250,000股我們的普通股，以及（ii） $20.0 百萬的可轉換證券的總本金面額，最初將被銷售證券持有人轉換為10,000,000股我們的普通股。在涉及購買協議時，我們與銷售證券持有人簽訂了註冊權協議，該協議為銷售證券持有人提供了有關前端股份和轉換股份的註冊權。銷售證券持有人，該術語包括在招股書補充中列出的任何其他賣方股東及其受讓人，抵押人，受讓人，轉讓人，分發人或從銷售證券持有人處非銷售轉讓後收到證券的其他繼承人可能會不時根據本招股説明書或任何適用的招股説明書出售股票。
以下表格列出了在本招股説明書日期，名為Selling Securityholders的銷售證券持有人擁有的普通股受益所有權的主要金額以及此類股份可能從時間到時間在本招股説明書下提供。第二列列出了每個Selling Securityholders擁有的普通股的數量，根據其在2024年6月10日持有的普通股和可轉換債券，假設轉換持有人在該日期持有的債券，不考慮任何轉換限制。
第三列列出了出售證券持有人通過本招股説明書所提供的股票。
我們根據表中所列銷售證券持有人提供給我們的信息編制了此表，我們沒有尋求核實這些信息。該表僅反映銷售證券持有人為我們提供的信息。有關銷售證券持有人的信息可能隨時發生變化，如果必要，將在本招股説明書的補充中説明任何變更的信息。
根據與銷售證券持有人的登記權協議的條款，本招股説明書通常涵蓋以下股份的轉售：（i）在上述定向增發中發行給銷售股東的前端股份的數量，和（ii）套利 券的轉化數量股份，按照作為在提交本註冊聲明之前的交易日依據登記權協議提供的適用日期將未生效的套利券轉換為普通股，不考慮轉換債券的任何限制。第四列假定出售證券持有人根據本招股説明書出售了所有出售股票。
根據債券條款，銷售證券持有人可能無法將債券轉換為使其本人及其關聯方和歸屬方共同受益的普通股的數量超過其換股後的普通股的4.99％，在該轉換應用之前，不包括尚未轉換的普通股股份。第二列和第四列中的股票數量不反映此限制。銷售證券持有人可以在本次發行中出售其所有股票或部分股票或不出售股票。請參閲“分銷計劃”。
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目錄

 
（d）  附件。（d）  附件。
普通股票股數
姓名
（d）  附件。（d）  附件。
Michael J. Escalante
股票
股票
註冊普通股數
有益的
所有權
之前
增發計劃(1)
（d）  附件。（d）  附件。
最大
Michael J. Escalante
股票
股票
已登記
在此期間
待售
（d）  附件。（d）  附件。
普通股
受益所有權的數量
完成時
發行完成(2)
（d）  附件。
編號
的
股份
（d）  附件。（d）  附件。
假設本説明書所涵蓋的所有普通股均已出售完成，在2023年11月29日發行並流通的普通股數量的基礎上，排除本説明書所描述的所有可購買普通股，假定銷售股東將擁有的所有已發行普通股的百分比
Alto機會大師基金，SPC-專用主投組合B(3)
（d）  附件。（d）  附件。
2,041,667
（d）  附件。（d）  附件。
2,041,667
（d）  附件。（d）  附件。
0
（d）  附件。（d）  附件。
0%
FourWorld Deep Value Opportunities Fund I, LLC
（d）  附件。（d）  附件。
1,701,389
（d）  附件。（d）  附件。
1,701,389
（d）  附件。（d）  附件。
0
（d）  附件。（d）  附件。
0%
JGB Capital LP
（d）  附件。（d）  附件。
210,972
（d）  附件。（d）  附件。
210,972
（d）  附件。（d）  附件。
0
（d）  附件。（d）  附件。
0%
JGB Capital Offshore Ltd.
（d）  附件。（d）  附件。
4,348,750
（d）  附件。（d）  附件。
4,348,750
（d）  附件。（d）  附件。
0
（d）  附件。（d）  附件。
0%
JGB Partners LP
（d）  附件。（d）  附件。
3,947,222
（d）  附件。（d）  附件。
3,947,222
（d）  附件。（d）  附件。
0
（d）  附件。（d）  附件。
0%
(1)
本欄目數字包括Upfront股份和可轉換股份，在每種情況下都不考慮有限公司債券條款下的轉換和行使限制。
(2)
假定在本招股説明書日期後至本次發行完成之前，銷售證券持有人中的任何一個都不會獲得額外的我們的普通股或其他證券，也不會出售或以其他方式處置該日持有的此類出售股東的我們的普通股或其他證券。
(3)
Ayrton Capital LLC是Alto Opportunity Master Fund、SPC-Segregated Master Portfolio B的投資經理，對由Alto Opportunity Master Fund、SPC-Segregated Master Portfolio B持有的股份具有自主權，並可能被視為這些股份的受益所有人。Ayrton Capital LLC的董事總經理Waqas Khatri也可能被視為對由Alto Opportunity Master Fund、SPC-Segregated Master Portfolio B持有的股份具有投資決定權和表決權的人。Alto Opportunity Master Fund、SPC-Segregated Master Portfolio B和Khatri先生各自否認對這些股份擁有任何受益所有權。Ayrton Capital LLC的地址為06880，康涅狄格州韋斯特波特市55號郵政路西2樓。
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目錄

分銷計劃
我們為出售證券的售出股票持有者或其允許的轉讓人登記了一份由最多12,250,000股組成的普通股，其中包括（i）最多2,250,000股的Upfront股份和（ii）可轉換公司債券的最多10,000,000股可轉換股份。我們將不會從售出股票持有人處獲得出售股票的任何收益。售出股票持有人的總收益將是證券購買價減去售出股票持有人承擔的任何折扣和佣金。我們需要支付所有有關根據本招股書提供並銷售的證券的費用和支出。售出股票持有人將承擔其銷售證券所需的所有佣金和折扣（如有）。
本招股書所包括的售出股票持有人擁有的普通股份可能會由售出股票持有人不時地提供和銷售。術語“售出股票持有人”包括在招股書補充文件中列出的任何其他售出股票股東及其捐贈人，抵押人，受讓人，分配人或其他權益繼承人，作為非銷售轉讓從售出股票持有人處收到的證券享有權利，可能不時根據本招股書或任何適用的招股書補充文件提供和銷售股票。售出股票持有人將獨立決定銷售的時間，方式和規模。這樣的銷售可以在一個或多個交易所或場外市場或以協商交易的價格和條款進行，這些價格和條款正在盛行或基於當前的市場價格或協商交易的價格。售出股票持有人可以通過以下一種或多種方式出售其證券：
•
經紀交易和經紀人招攬買家的交易
•
大宗交易中，券商將嘗試代理銷售證券，但可能會將其部分倉位設置為主要掛牌以促進交易；
•
經紀券商作為貿易商進行買賣，然後為其賬户進行轉售；
•
根據適用交易所的規則進行分配
•
與另一私人協商交易
•
空頭交易的清算；
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通過與售出股票持有人達成協議的券商進行交易，以指定的每股股價出售一定數量的證券；
•
通過書寫或結算期權或其他套期保值交易，無論是通過期權交易所還是其他方式
•
就是任何此類銷售方法的組合；或者
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其他適用法律許可的任何方式。
此外，符合《證券法》第144條或其他豁免《證券法》或其他這樣的豁免的證券可以根據規則144或其他豁免而不是根據本招股書進行出售。
售出股票持有人委託的券商可以安排其他券商參加銷售。證券交易員可以與售出股票持有人（或如果任何券商代表證券購買者的話，與購買者）就數額協商佣金或折扣，但在本招股書補充文件中設定一種情況除外，在代理交易的情況下，不超過符合FINRA規則2121的慣常經紀佣金；在交易主體中，根據FINRA規則2121合規的標記或折扣。
關於出售證券或其利益，售出股票持有人可能會與券商或其他金融機構進行對衝交易，券商或其他金融機構可能反過來在對衝所承擔的頭寸中進行賣空出售證券。售出股票持有人還可能賣空證券並交付這些證券以平抑其空頭頭寸，或將這些證券借貸或抵押給券商，券商反過來可能出售這些證券。售出股票持有人還可以與券商或其他金融機構進行期權或其他交易或創建一個或多個衍生證券，這些衍生證券要求提供本招股書提供的證券，這些券商或其他金融機構可能根據本招股書（作為補充或修正版本反映此類交易）再次銷售。
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目錄

要求將本招股説明書所提供的證券交付給這樣的證券經紀商或其他金融機構，這樣的證券經紀商或其他金融機構可以根據本招股説明書（作為補充或修訂反映此類交易的文件）再次銷售這樣的證券。
出售證券的出售方及參與出售證券的證券經紀商或代理商在此類銷售中可能被視為《證券法》所指的“承銷商”。在這種情況下，證券經紀商或代理商所獲得的任何佣金以及其購買的證券的轉售利潤可能被視為《證券法》下的承銷佣金或折扣。每個出售方都已告知公司，它沒有任何書面或口頭協議或理解，直接或間接地與任何人分發證券。
公司有義務支付與證券註冊相關的某些費用和開支。公司已同意對出售方進行賠償，針對其中包括《證券法》下的某些損失、索賠、損害賠償和責任承擔。
我們同意保持本招股説明書長期有效，直到其中的證券可以根據《規則144》無需註冊且無論數量或銷售方式的限制，而不要求公司遵守《證券法》下的當前公開信息規則144或類似效力的任何其他規則，或者所有證券都已根據本招股説明書或《證券法》下的規則144或類似效力的任何其他規則出售。出售的證券僅通過已註冊或經許可的經紀人或交易商進行銷售，如果適用的州證券法要求。此外，在某些州，涵蓋本招股説明書的轉售證券可能不得銷售，除非已在適用的州進行了登記或符合有關豁免登記或資格要求的規定並已遵守規定。
根據《交易所法》下的適用規則和規定，任何參與轉售證券分銷的人在分銷開始之前的適用限制期內可能不得同時參與普通股的做市活動。此外，出售股東將受到《交易所法》及其下屬規則和規定的適用規定的限制，包括《規則M》，該規定可能限制出售股東或任何其他人購買和出售普通股的時間。我們將向出售股東提供本招股説明書的副本，並已告知他們有必要在銷售時或之前向每位購買者提供本招股説明書的副本（包括通過遵守《證券法》下的規則172進行）。
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目錄

法律事項
ArentFox Schiff LLP華盛頓特區已對此份股份的有效性進行了審查。
專家
Bionano Genomics，Inc.（以下簡稱“公司”）截至2023年12月31日和2022年12月31日以及每個年度的合併財務報表已納入本招股説明書和註冊聲明，並依靠BDO USA，P.C.報告進行審計和會計，其為該公會審核和會計的專家。關於合併財務報表的報告包含一段關於公司作為持續經營者能力的説明。
更多信息
本招股説明書是我們根據《證券法》向SEC註冊的S-3表格的一部分，不含在註冊聲明和註冊聲明所附展覽文件中揭示或納入的所有信息。有關我們和本招股説明書所提供的證券的更多信息，請參閲註冊聲明和註冊聲明作為註冊聲明的附展文件和時間表。我們向SEC提交年度、季度和現行報告、代理聲明和其他信息。SEC維護一個網站，其中包含通過電子方式向SEC提交申報的發行人的報告、代理和信息聲明及其他信息，包括Bionano。SEC網站的地址為www.sec.gov。
我們在www.bionanogenomics.com上維護網站。本網站中包含的或可訪問的信息不構成本招股説明書的一部分。
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目錄

“引用特定信息”一節
SEC允許我們通過引用與SEC分開提交的另一份文件來“引用”信息，這意味着我們可以通過將您引用到在SEC獨立提交的其他文件中，向您披露重要信息。本招股説明書中，引用的文件的SEC文件編號為001-38613。納入本招股説明書的文件包含您應該閲讀的我們的重要信息。
以下文件已併入本文件，請核查：
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我們於2023年12月31日年報10-K提交給SEC的報告;
•
我們於2024年4月26日提交給SEC的決定性代理聲明，（在年報10-K，截至2023年12月31日的財政年度中被納入引用的程度）;
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我們於2024年3月31日提交給SEC的第一季度10-Q;
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我們在2024年2月28日、2024年3月5日（僅涉及條目2.05）、2024年4月5日、2024年4月8日、2024年5月8日（僅涉及條目2.05）和2024年5月28日提交給SEC的當前報告;以及涵蓋本招股説明書的轉售證券的州要求下的文件（在適用項2.02或項7.01的當前報告中提供的除外） ，包括與此類項目相關的展覽。
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我們的普通股的描述在《交易所法》第12條下注冊，其細節登記在2018年8月17日提交的8-A表格的註冊聲明中，包括更新此描述的任何修改版或提交版。
我們還將把我們提交給《交易所法》第13(a)款、13(c)款、14款或15(d)款的文件（除了第2.02或第7.01項的當前報告以及與該等項有關的展覽品）納入本招股説明書，包括在本招股説明書的初始文件提交之後，但在本招股説明書生效之前提交的文件，以及在本招股説明書之後的時間內提交的所有文件，直到我們提交表示本招股説明書所登記的股票發行的終止的後續有效修正案為止；而這些文件包括定期報告，如年度報告10-K、季度報告10-Q和當前報告8-K，以及代理聲明。
我們將向每個人（包括任何受益所有人）發送招股説明書，無需書面或口頭請求即可免費提供本招股説明書中未提供的包含在本招股説明書中納入的文件的任何或所有副本，包括在這些文件中特別納入的展覽品。您應該向Bionano Genomics，Inc.（地址為9540 Towne Centre Drive，Suite 100，San Diego，加利福尼亞州92121；電話：（858）888-7600）提出請求。
本文件中包含的任何聲明或被視為被納入本文件的文件中的任何聲明，在文件中進行修改或取代，以使文件中包含的聲明在文本範圍內保持最新。
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