我们于2024年5月根据《证券购买协议》(Purchase Agreement)与某些认证投资者(“转让安全股份者”)在私募中发行并销售了2,250,000股普通股($0.0001面值每股)和2000万美元的优先有担保可转换债券，截至2026年5月24日到期(“债券”)，最初可转换成10,000,000股我们的普通股。本招股说明书与转让安全股份者向市场销售的最多12,250,000股普通股有关，包含(i)最多2,250,000股的“基准股”(Upfront Shares)和(ii)最多10,000,000股的可转换债券转换股份(the “Conversion Shares”)，和基准股共同组成交易所需的所有股份。“转让安全股份者向市场销售的基准股和可转换债券转换股份共同组成的股份”，但我们不会从此次招股说明书所述的股份销售中收到任何收入。

我们所注销的证券并不表示出售安全股票人(Selling Securityholder)不会提供或出售任何股份。更多的有关出售安全股份者如何销售或处置这些股份的信息，请参阅“分销计划”的章节。请参阅“出售安全股份人”章节获取有关出售安全股份者的更多信息。

我们的普通股在纳斯达克资本市场(Nasdaq)上市，股票代码为“BNGO”。截至2024年6月[ ], 我们的普通股在纳斯达克上的最后报价为每股$[ ]。

根据联邦证券法的规定，我们是一家“较小的申报公司”，我们已选择为本次招股说明书遵守某些减少报表要求，并在将来的申报文件中可能也会采取这种方法。

投资我们的证券存在很高的风险。在决定是否要购买我们的证券之前，您应仔细阅读本说明书第3页下的“风险因素”以及适用的招股说明书和任何相关的写作招股说明书中所描述的风险和不确定性，以及在其他被纳入本说明书的文件中类似的标题下的相似内容。

美国证券交易委员会或任何州证券委员会都未批准或不批准这些证券，也没有确定这本招股说明书是否真实或完整。任何相反的陈述都是一项犯罪行为。

本招股说明书是我们以申请之书形式向美国证券交易委员会(SEC)提交的，运用了“货架”注册程序。在这种货架注册程序下，转让安全股份者可以从时间到时间出售在本招股说明书中描述的证劵。我们不会从转让安全股份者在本招股说明书中描述的证券销售中收到任何收入。

我们及转让安全股份者未授权任何人向您提供与本招股说明书、任何适用的招股说明书或我们授权供与本次发行有关的任何书面材料中所包含或被纳入的信息不同的或不一致的信息。我们和转让安全股份者不对其他人的信息的可靠性负责，也不能保证其他人提供给您的信息的可靠性。我们及转让安全股份者不会在任何不允许出售或邀请出售的司法管辖区内或邀请任何未能有资格在其中进行邀请或销售的个人出售这些证券。您应当假定在本招股说明书、任何适用的招股说明书或供与本次发行有关的任何书面材料中所包含或被纳入的信息只有在有关文件具有其各自的日期之时才是准确的，无论何时传递，我们的业务、财务状况、经营成果和前景可能在那之后发生变化。您在作出投资决策前应该全面阅读本招股说明书、任何适用的招股说明书、我们授权供与本招股说明书和适用的招股说明书有关的文件和我们纳入本文，根据我们所提供的资料评估自己的投资选择。您还应阅读并考虑给出“更多信息的位置”和“参考的某些信息的纳入”标题下的文件中的信息。

转让安全股份者仅在允许出售和出售证券的司法管辖区提供出售安全股份者在本招股说明书中描述的证券，并寻求购买证券的报价。在某些司法管辖区内，本招股说明书的发布和我们证券的销售可能受到法律的限制。在获得本招股说明书的人士之外的美国以外的地方，必须了解我们的证券销售和本招股说明书的发布受到的限制。本招股说明书并不构成以任何在其中发布或销售是违法的任何司法管辖区内任何人的提供或要约的要约或对于购买这些在招股说明书中提到的证券的邀请。

除非另有说明或上下文表明，本招股说明书的所有引用“Bionano”，“公司”，“我们”，“我们的”和类似的引用，均指Bionano Genomics, Inc.及其子公司，或根据上下文需要，仅指Bionano Genomics, Inc。”Bionano Laboratories，“BioDiscovery”和“Purigen”指代我们的全资子公司，Lineagen, Inc. (doing business as Bionano Laboratories)，“BioDiscovery, LLC”和Purigen Biosystems, Inc.，分别。

我们的设计标志“Bionano”，以及我们的其他已注册和共同的商业名称，商标和服务标记是Bionano Genomics, Inc.的财产。在招股说明书中出现的商标，商业名称和服务标记为它们各自所有者的财产。我们并不希望我们使用或显示其他公司的商标，商业名称或服务标记意味着与其他公司或产品存在关系或获得支持或赞助。

投资我们的证券涉及高风险。您应该仔细考虑以下风险因素，以及我们最近的年度报告表格10-K和最近的季度报告表格10-Q中“风险因素”一节中讨论的风险因素，以及随后提交的任何修正版本。这些文件中描述的风险和不确定性不是我们面临的唯一风险和不确定性。可能会影响我们业务的其他风险和不确定性，包括我们目前未认为重要的那些风险和不确定性。如果任何基于参考所纳入的风险实际发生，可能会严重影响我们的业务、财务状况、运营业绩或现金流量。这可能导致我们的证券价值下降，您可能会失去全部或部分投资。

本招股说明书（包括在此处和其中引用的文件）包含根据证券法第27A条和交易法第21E条制定的前瞻性声明。这些声明基于我们管理层对未来事件、条件和结果以及我们目前可得到的信息的现有信念、期望和假设。包含这些前瞻性声明的讨论可在转自我们最近提交给SEC的第10-K表格的“业务”、“风险因素”和“管理对财务状况和运营业绩的讨论”一节，以及我们最近提交的第10-Q表格中找到，随后的提交中反映了任何修订。

本招股说明书或其中引用的有关我们期望、信仰、计划、目标、假设或未来事件或业绩的任何声明都不是历史事实，都是前瞻性声明。根据证券法第27A条和交易法第21E条的规定，这些前瞻性声明可能包括但不限于以下内容：

在一些情况下，您可以通过术语“预计”，“相信”，“继续”，“可能”，“估计”，“期望”，“打算”，“可能”，“计划”，“潜在”，“预测”，“项目”，“应该”，“将会”，“会”或这些术语的否定或复数形式，以及旨在确定未来情况的类似表达式，尽管并非所有前瞻性声明都包含这些词语。这些声明涉及已知和未知的风险，不确定性和其他因素，这些因素可能导致我们的实际结果，活动水平，表现或成就与这些前瞻性声明所表达或暗示的信息有实质性不同。此外，“我们相信”的声明和类似的声明反映出我们对相关主题的信念和意见。这些声明基于我们在此招股说明书发布之日可获得的信息，虽然我们相信这些信息构成这些声明的合理基础，但是此类信息可能是有限的或不完整的，因此我们的声明不应被认为是指示我们对所有可能可用的相关信息进行了详尽的调查或审查。这些声明本质上是不确定的，投资者不应过度依赖这些声明。

请使用术语“预计”，“相信”，“继续”，“可能”，“估计”，“期望”，“打算”，“可能”，“计划”，“潜在”，“预测”，“项目”，“应该”，“将会”，“会”或这些术语的否定或复数形式，以及旨在确定未来情况的类似表达式，尽管并非所有前瞻性声明都包含这些词语。这些声明涉及已知和未知的风险，不确定性和其他因素，这些因素可能导致我们的实际结果，活动水平，表现或成就与这些前瞻性声明所表达或暗示的信息有实质性不同。此外，“我们相信”的声明和类似的声明反映出我们对相关主题的信念和意见。这些声明基于我们在此招股说明书发布之日可获得的信息，虽然我们相信这些信息构成这些声明的合理基础，但是此类信息可能是有限的或不完整的，因此我们的声明不应被认为是指示我们对所有可能可用的相关信息进行了详尽的调查或审查。这些声明本质上是不确定的，投资者不应过度依赖这些声明。

您应该参考本招股说明书中标题为“风险因素”的部分，以及其他文件中的类似标题，这些文件已被纳入本招股说明书，讨论可能导致我们的实际结果与我们的前瞻性声明所表达或暗示的信息有实质性不同的重要因素。考虑到这些风险、不确定性和其他因素，其中许多因素超出了我们的控制范围，我们无法向您保证本招股说明书中的前瞻性声明将会证明准确，您不应过度依赖这些前瞻性声明。虽然我们相信前瞻性声明所反映的预期是合理的，但我们无法保证未来的结果、活动水平、表现或事件和情况将会实现或发生。此外，如果我们的前瞻性声明被证明是不准确的，那么这种不准确性可能是重大的。鉴于这些前瞻性声明的重大不确定性，您不应将这些声明视为我们或其他任何人在任何指定的时间框架内或根本达成我们的目标和计划的陈述或保证。

除法律另有规定外，我们不承担公开更新这些前瞻性声明的责任，也不修订任何前瞻性声明以反映此招股说明书日期之后发生的事件或发展，即使未来出现新信息。

我们将不会获得此次发行中出售的股票所产生的任何收益，本次发行中售出的股票收益将全部归售出证券持有人所有。

我们的股份说明书、公司章程和法律概述是摘要性质的。以下说明并不完整，且可能会受到我们的公司章程和法律有关其的规定的限制，这些公司章程和法律文件已作为此招股说明书的附件提交，以及德拉华州普通公司法的相关条款。

截至本招股说明书之日，我们的公司章程授权我们发行4亿股普通股，每股面值为0.0001美元，和1,000万股优先股，每股面值为0.0001美元。

我们的普通股在所有提交股东投票的事项（包括董事的选举）中享有每股一票的表决权，并没有累积投票权。根据我们的修订后的第一次修订章程，已分成三个等级的董事会，每个等级拥有三年级别的任期。只有一个等级的董事会成员将在我们的每个股东年度大会上参加通过最多投票数的选举，而其他等级的董事会成员将继续任其剩余的三年级别。

除非我们的公司章程或适用法律另有明确规定，所有普通股的权利和特权均相同，平等共享，各方面完全相同，包括下文所述的各方面。

分红。在尚未支付所有的债务和其他负债的前提下，如果有合法可用的资金，董事会可以不定期地宣布由普通股股东分配的红利。

清算权。在我们的清算、解散或清算期间，普通股股东有权在向持股人分配法律上可用的净资产之后按比例分配权益，但须遵守向任何优先股的持有人授予的任何清算特权。

我们的普通股持有人没有优先购买权，也没有转换、赎回或沉船基金等条款。普通股持有人的权利、优先权和特权受到我们可能指定和发行的任何系列优先股的持有人的权利影响，这些权利、优先权和特权可能会受到不利影响。我们的董事会可以授权通过具有投票或转换权的优先股，这些优先股可能会对普通股持有人的投票权或其他权利产生不利影响。发行优先股可以在可能的收购和其他公司目的方面提供灵活性，但可能会有重大影响，包括延迟、推迟或防止可能有利于普通股持有人的变更控制。我们目前没有发行任何优先股的计划。

我们受德拉华州普通公司法第203条的约束。第203条通常禁止公共德州公司与“感兴趣的股东”进行“业务合并”三年的交易，自该人成为感兴趣的股东之日起计算，除非：i）在交易之前，公司的董事会已经批准业务合并或导致股东成为感兴趣的股东的交易；ii）在成为感兴趣的股东的交易完成之后，感兴趣的股东拥有本公司现有已发行公共股票的投票股份的至少85%，不包括（a）董事兼职员工持有的股票和（b）雇员股票计划持有的股票，该股票计划的参与者没有权力保密地确定持有受该计划约束的股票是否会接受要约或交换报价；或iii）在交易完成之后或之后，业务合并获得公司董事会的批准并在股东所述的年度或特别股东大会上通过股东的肯定票数（不是书面同意），以及对不属于感兴趣的股东的投票权实现肯定性票数高达66 2/3%。德州普通公司法第203条定义业务合并，包括：

或

州德拉华州的普通公司法第203条的规定，包括：

一般而言，第203条定义了任何持有公司15%或更多表决权的优先股的实体或个人和任何与此实体或个人有关系的或被其控制或被控制的实体或个人都是有利益的股东。

我们的修正和重申的公司章程，已修正，以及修正和重申的章程:

上述规定使另一方很难通过替换我们的董事会获得我们的控制权。由于我们的董事会有权保留和解雇我们的高管，这些规定也可能使现有股东或其他方更难实现管理变更。此外，未指定的优先股的授权使我们的董事会有可能发行具有投票权或其他权利或偏好的优先股，从而可能阻碍任何改变我们控制权的企图的成功。

这些规定旨在减少我们面临的未经请求的收购提议的风险，并阻止在股东大会上使用的某些策略。然而，这些规定可能会有助于阻止他人对我们的股票进行要约收购，并可能会阻碍敌意收购或推迟我们控制权或管理变更的发生。因此，这些规定还可能抑制我们股票市场价格的波动，这可能是由于真实或传言的收购企图引起的。

我们受特拉华州公司法第203条的约束，其禁止特拉华州公司在有利益相关者成为有利益相关者后的三年内与任何有利益相关者进行任何业务组合，但有一定例外。

我们的普通股的过户代理和注册机构是Equiniti Trust Company，LLC。

我们的普通股在纳斯达克资本市场上以“BNGO”为代码标识。

以下是美国某些法定收入税的摘要，适用于持有和处置股票的美国持有人（定义详见下文）。

本摘要基于1986年修正的《内部收入法典》（以下简称“《法典》”）、适用的美国财政部法规、行政裁定和司法决定，均截至本文件日期生效的版本，这些版本可能会随后发生变化或解释不同，有可能具有不同于下文所讨论的美国联邦所得税后果的追溯性影响。这份摘要仅适用于按《法典》第1221条（通常指投资物业）的意义持有股票的美国持有人所持有的股票，该持有人以“发行价”购买了这些股票。本摘要性质不定，不涉及所有美国联邦所得税法的各个方面，任何遗产或赠与税后果、任何替代性最低税后果、对净投资收入征收的医保捐赠税、《法典》第451（b）条规定下的特殊税务会计规则或任何州、地方或非美国税后果。另外，本摘要也未针对可能与美国持有人的个人情况或特定情况有关的所有与税务相关的后果进行讨论，比如：

如果一份受美国联邦所得税法视为合伙企业或安排的实体持有股票，则合伙人的税务处理通常取决于合伙人的身份和合伙企业的活动。持有股票的合伙企业和这些合伙企业的合伙人应就适用于其特定情况下的税后果咨询其税务顾问。

我们未寻求，也不会寻求，内部收入服务局（以下简称“IRS”）关于下文所述事项的裁定。无法保证IRS不会就所述税后果采取不同的立场，或任何这种立场不受法院支持。

在此文件中，术语“美国持有人”指的是股票的有益所有人，该企业的出资人，即对于美国联邦所得税目的：

“非美国持有人”是不是美国持有人的股票（对于不受美国联邦所得税法处理为合伙企业或安排的实体或安排而言），这份摘要与非美国持有者无关。

此美国联邦所得税后果摘要仅供概括性信息，不可视为税务建议。美国持有者应就其特定情况下购买、持有和处置股票的美国联邦、州和地方以及非美国所得和非所得税后果咨询其税务顾问。

如果向美国持有人发放，任何时候的收益或利润，通常将被计入美国持有人的普通股息收入，该收益或利润根据美国联邦所得税原则确定。但是，如对于个人收到的红利，这些红利通常按照更低的适用的长期资本增益税率征税，前提是满足某些持有期和其他要求。超过我们当前和累计收益和利润的分配（和虚拟分配）将被视为美国持有人股票税基的空置资本收益，此后将作为出售或交换股票的资本收益。公司股分的股息可能有资格享受股息收入扣除，但需遵守相关限制。

在出售或其他应税处置股份时，美国持有人通常会认识到资本收益或损失，其金额等于（i）处置时收到的现金和所有其他财产的公允市价减去 （ii）美国持有人所拥有股份的税基。如果美国持有人持有股票的期限超过一年，则此类资本收益或损失将是长期资本收益或损失。减轻纳税人（包括个人）承认的长期资本收益一般适用于某些非企业美国持有人。美国持有人扣除资本损失的能力可能会受到限制。

通常会适用于股票红利和股票出售或其他应税处置所得的信息报告要求，除非美国持有人是被豁免的收件人（例如，公司）。如果美国持有人未能提供其正确的纳税人识别号码或免税状态证明，或者如果美国持有人被IRS通知其未完全报告利息和股息收入付款，则备份代扣（当前税率为24％）将适用于这些款项。备份代扣不是额外的税。根据备份代扣规则扣除的任何金额通常将允许作为美国持有人的美国联邦所得税负债的退款或贷款，前提是及时向IRS提供所需信息。美国持有人应就其特定情况下的信息报告和备份代扣义务咨询其税务顾问。

本摘要仅供一般信息，而不是税务建议。美国持有人应就其特定情况下的股份的购买，所有权和处置包括任何信息报告要求和任何潜在法律变化的美国联邦，州和地方以及非美国所得和非所得税后果咨询其税务顾问。

2024年5月24日，我们根据购买协议在定向增发中出售给销售证券持有人（i）2,250,000股我们的普通股，以及（ii） $20.0 百万的可转换证券的总本金面额，最初将被销售证券持有人转换为10,000,000股我们的普通股。在涉及购买协议时，我们与销售证券持有人签订了注册权协议，该协议为销售证券持有人提供了有关前端股份和转换股份的注册权。销售证券持有人，该术语包括在招股书补充中列出的任何其他卖方股东及其受让人，抵押人，受让人，转让人，分发人或从销售证券持有人处非销售转让后收到证券的其他继承人可能会不时根据本招股说明书或任何适用的招股说明书出售股票。

下表列出了某些信息，截至本招股说明书日期，关于表中所列销售证券持有人所持有的股份金额以及该招股说明书下可能不时提供的股份。第二列根据销售证券持有人持有的普通股和债券数计算，列出了每个销售证券持有人拥有的普通股股数，日期为2024年6月__, 假设该销售证券持有人持有的债券在该日期上被转换，不考虑任何转换限制。

第三列列出了出售证券持有人通过本招股说明书所提供的股票。

我们根据表中所列销售证券持有人提供给我们的信息编制了此表，我们没有寻求核实这些信息。该表仅反映销售证券持有人为我们提供的信息。有关销售证券持有人的信息可能随时发生变化，如果必要，将在本招股说明书的补充中说明任何变更的信息。

根据与销售证券持有人的登记权协议的条款，本招股说明书通常涵盖以下股份的转售：（i）在上述定向增发中发行给销售股东的前端股份的数量，和（ii）套利 券的转化数量股份，按照作为在提交本注册声明之前的交易日依据登记权协议提供的适用日期将未生效的套利券转换为普通股，不考虑转换债券的任何限制。第四列假定出售证券持有人根据本招股说明书出售了所有出售股票。

根据债券条款，销售证券持有人可能无法将债券转换为使其本人及其关联方和归属方共同受益的普通股的数量超过其换股后的普通股的4.99％，在该转换应用之前，不包括尚未转换的普通股股份。第二列和第四列中的股票数量不反映此限制。销售证券持有人可以在本次发行中出售其所有股票或部分股票或不出售股票。请参阅“分销计划”。

我们为出售证券的售出股票持有者或其允许的转让人登记了一份由最多12,250,000股组成的普通股，其中包括（i）最多2,250,000股的Upfront股份和（ii）可转换公司债券的最多10,000,000股可转换股份。我们将不会从售出股票持有人处获得出售股票的任何收益。售出股票持有人的总收益将是证券购买价减去售出股票持有人承担的任何折扣和佣金。我们需要支付所有有关根据本招股书提供并销售的证券的费用和支出。售出股票持有人将承担其销售证券所需的所有佣金和折扣（如有）。

本招股书所包括的售出股票持有人拥有的普通股份可能会由售出股票持有人不时地提供和销售。术语“售出股票持有人”包括在招股书补充文件中列出的任何其他售出股票股东及其捐赠人，抵押人，受让人，分配人或其他权益继承人，作为非销售转让从售出股票持有人处收到的证券享有权利，可能不时根据本招股书或任何适用的招股书补充文件提供和销售股票。售出股票持有人将独立决定销售的时间，方式和规模。这样的销售可以在一个或多个交易所或场外市场或以协商交易的价格和条款进行，这些价格和条款正在盛行或基于当前的市场价格或协商交易的价格。售出股票持有人可以通过以下一种或多种方式出售其证券：

此外，符合《证券法》第144条或其他豁免《证券法》或其他这样的豁免的证券可以根据规则144或其他豁免而不是根据本招股书进行出售。

售出股票持有人委托的券商可以安排其他券商参加销售。证券交易员可以与售出股票持有人（或如果任何券商代表证券购买者的话，与购买者）就数额协商佣金或折扣，但在本招股书补充文件中设定一种情况除外，在代理交易的情况下，不超过符合FINRA规则2121的惯常经纪佣金；在交易主体中，根据FINRA规则2121合规的标记或折扣。

关于出售证券或其利益，售出股票持有人可能会与券商或其他金融机构进行对冲交易，券商或其他金融机构可能反过来在对冲所承担的头寸中进行卖空出售证券。售出股票持有人还可能卖空证券并交付这些证券以平抑其空头头寸，或将这些证券借贷或抵押给券商，券商反过来可能出售这些证券。售出股票持有人还可以与券商或其他金融机构进行期权或其他交易或创建一个或多个衍生证券，这些衍生证券要求提供本招股书提供的证券，这些券商或其他金融机构可能根据本招股书（作为补充或修正版本反映此类交易）再次销售。

出售证券的出售方及参与出售证券的证券经纪商或代理商在此类销售中可能被视为《证券法》所指的“承销商”。在这种情况下，证券经纪商或代理商所获得的任何佣金以及其购买的证券的转售利润可能被视为《证券法》下的承销佣金或折扣。每个出售方都已告知公司，它没有任何书面或口头协议或理解，直接或间接地与任何人分发证券。

公司有义务支付与证券注册相关的某些费用和开支。公司已同意对出售方进行赔偿，针对其中包括《证券法》下的某些损失、索赔、损害赔偿和责任承担。

我们同意保持本招股说明书长期有效，直到其中的证券可以根据《规则144》无需注册且无论数量或销售方式的限制，而不要求公司遵守《证券法》下的当前公开信息规则144或类似效力的任何其他规则，或者所有证券都已根据本招股说明书或《证券法》下的规则144或类似效力的任何其他规则出售。出售的证券仅通过已注册或经许可的经纪人或交易商进行销售，如果适用的州证券法要求。此外，在某些州，涵盖本招股说明书的转售证券可能不得销售，除非已在适用的州进行了登记或符合有关豁免登记或资格要求的规定并已遵守规定。

根据《交易所法》下的适用规则和规定，任何参与转售证券分销的人在分销开始之前的适用限制期内可能不得同时参与普通股的做市活动。此外，出售股东将受到《交易所法》及其下属规则和规定的适用规定的限制，包括《规则M》，该规定可能限制出售股东或任何其他人购买和出售普通股的时间。我们将向出售股东提供本招股说明书的副本，并已告知他们有必要在销售时或之前向每位购买者提供本招股说明书的副本（包括通过遵守《证券法》下的规则172进行）。

ArentFox Schiff LLP华盛顿特区已对此份股份的有效性进行了审查。

Bionano Genomics，Inc.（以下简称“公司”）截至2023年12月31日和2022年12月31日以及每个年度的合并财务报表已纳入本招股说明书和注册声明，并依靠BDO USA，P.C.报告进行审计和会计，其为该公会审核和会计的专家。关于合并财务报表的报告包含一段关于公司作为持续经营者能力的说明。

本招股说明书是我们根据《证券法》向SEC注册的S-3表格的一部分，不含在注册声明和注册声明所附展览文件中揭示或纳入的所有信息。有关我们和本招股说明书所提供的证券的更多信息，请参阅注册声明和注册声明作为注册声明的附展文件和时间表。我们向SEC提交年度、季度和现行报告、代理声明和其他信息。SEC维护一个网站，其中包含通过电子方式向SEC提交申报的发行人的报告、代理和信息声明及其他信息，包括Bionano。SEC网站的地址为www.sec.gov。

我们在www.bionanogenomics.com上维护网站。本网站中包含的或可访问的信息不构成本招股说明书的一部分。

SEC允许我们通过引用与SEC分开提交的另一份文件来“引用”信息，这意味着我们可以通过将您引用到在SEC独立提交的其他文件中，向您披露重要信息。本招股说明书中，引用的文件的SEC文件编号为001-38613。纳入本招股说明书的文件包含您应该阅读的我们的重要信息。

以下文件已并入本文件，请核查：

我们还将把我们提交给《交易所法》第13(a)款、13(c)款、14款或15(d)款的文件（除了第2.02或第7.01项的当前报告以及与该等项有关的展览品）纳入本招股说明书，包括在本招股说明书的初始文件提交之后，但在本招股说明书生效之前提交的文件，以及在本招股说明书之后的时间内提交的所有文件，直到我们提交表示本招股说明书所登记的股票发行的终止的后续有效修正案为止；而这些文件包括定期报告，如年度报告10-K、季度报告10-Q和当前报告8-K，以及代理声明。

我们将向每个人（包括任何受益所有人）发送招股说明书，无需书面或口头请求即可免费提供本招股说明书中未提供的包含在本招股说明书中纳入的文件的任何或所有副本，包括在这些文件中特别纳入的展览品。您应该向Bionano Genomics，Inc.（地址为9540 Towne Centre Drive，Suite 100，San Diego，加利福尼亚州92121；电话：（858）888-7600）提出请求。

本文件中包含的任何声明或被视为被纳入本文件的文件中的任何声明，在文件中进行修改或取代，以使文件中包含的声明在文本范围内保持最新。

以下表格列出了我们在注册证券发行过程中需要支付的预计费用和开支。除了SEC登记费用之外，所有显示的金额都是估计值。

我们是根据特拉华州的法律注册的。特拉华州《普通公司法》（General Corporation Law of the State of Delaware）第145条规定，特拉华州的公司可对任何人士进行赔偿，无论此人现已、曾经或可能成为任何威胁、未决或已完成的诉讼、起诉或程序（民事、刑事、行政或调查等程序，但不包括公司所提起的起诉或程序），理由是此人现已或曾经是该公司的董事、雇员或代理人，或正在根据该公司的要求担任其他公司或企业的董事、雇员或代理人。此项赔偿可包括此人在有关诉讼、起诉或程序中实际和合理产生的费用（包括律师费）、判决、罚款和结算款项，前提是此人出于善意行事，且以他或她认为符合或不违反该公司最佳利益的方式行事；对于任何刑事起诉或程序，此人无理由相信他或她的行为是非法的。特拉华州的公司可对任何人士进行赔偿，无论此人现已、曾经或可能成为公司通过该人现已或曾经在该公司的董事、官员、雇员或代理人，或正在根据该公司的要求担任另一家公司或企业的董事、官员、雇员或代理人方面，作为公司提起或进行的任何威胁、未决或已完成的诉讼或起诉的一方。此项赔偿可能包括此人在有关诉讼或起诉的辩护或解决方面实际和合理产生的费用（包括律师费），前提是此人出于善意行事，且以他或她认为符合或不违反该公司最佳利益的方式行事；但如果该官员或董事被判责任归于公司，则不允许进行赔偿而无需经过法庭批准。如果一个官员或董事在任何上述诉讼中在实质或其他方面取得成功，则公司必须赔偿他或她实际和合理产生的费用（包括律师费）。

我们的修订后的公司章程，经修订的章程和修订的公司章程都在特拉华州的《普通公司法》（General Corporation Law of the State of Delaware）允许的最大限度内为我们的董事和官员提供赔偿。特拉华州的《普通公司法》第102（b）（7）条规定，公司可以在其公司章程中规定公司的董事或官员在担任董事或官员时不对公司或其股东承担违反信托职责的损害赔偿责任，但对于任何：

我们的修订后的公司章程，经修订的章程及重修的章程均包括此类关于我们董事的规定。任何官员或董事在终审裁决之前为辩护任何此类诉讼、起诉或程序而产生的费用，将由我们支付，前提是该董事或官员或其代理人或指派的代理人要求我们按照此类付款方法交付承诺，即如果最终确定该董事或官员不享有我们的赔偿，则他或她需偿还所有前述付款。

特拉华州的《普通公司法》第174条规定，任何董事如果故意或过失地批准非法的分红支付或非法的股票购买或赎回，可能会因此承担责任。在非法行为得到批准时，由于缺席的董事或投下反对票的董事可以通过让他或她对该行为的反对进入包含董事会会议记录的书籍（如同意采用新的书面记录），或在该缺席董事收到非法行为通知后立即这样做，因此可以规避责任。

我们根据特拉华州《普通公司法》的允许条款与我们的每位董事和高管签署了独立的赔偿协议，要求我们以实际和合理的费用（包括律师费、证人或其他专业费用）赔偿此类人员，因为他们是或曾经是我们的董事或官员，或者是或曾经作为我们或我们子公司的董事、官员、雇员或代理人在任职或服务。在这些协议下，我们无需为某些事项提供赔偿，包括但不限于：

保障协议还规定了在索赔获得赔偿的情况下将适用的某些程序。

我们现已购买了一份保险，以涵盖我们的高管和董事的某些责任，包括根据证券法或其他相关法律产生的责任。

根据我们可能签订的某些承销协议，承销商有义务在某些情况下对我们的董事、高管和控制人承担特定的责任，包括根据证券法产生的责任。

根据1933年证券法的要求，注册人保证合理相信其符合在S-3表格上进行申报的所有要求，并已正式授权其代表签署本登记声明的经授权代表在加利福尼亚州圣地亚哥市于2024年6月10日签署。

特此知照，每个签字的人均视R. Erik Holmlin，Ph.D.和Gülsen Kama等人为其真正、合法的代理人和代理人，每个人都具有代替和再代替的全部权限，在其名义下、地方或代人执行任何和所有修改（包括后期有效的修改、附件以及与此有关的其他文件）以及与此类别的登记声明，以及向证券交易委员会提交同时生效的与此类别的登记声明有关的任何登记声明，并授予上述代理人和代理人和他们的所有替代者，完全的权力和授权，在此类事宜中要求和执行每个和每一件必须做的事情，与其本人亲身到达的全部意图和目的完全相同，特此认可和确认所有上述代理人和代理人、他们或其中任何一个人或者他们或他的代理人或代理人可能在此多次依法执行或通过本人代表执行。

根据1933年修订的《证券法》要求，以下人员在指定的职位和日期签署了此注册声明。