附录 3.1

指定证书

of

A 系列初级参与优先股

的

SYNLOGIC, INC.

（根据特拉华州通用公司法第 151 条）

Synlogic, Inc. 是一家根据特拉华州通用公司法组建和存在的公司（ 公司），特此证明公司董事会（董事会）已按照《通用公司法》第 151 条的要求于 2024 年 2 月 20 日 通过了以下决议：

决定，根据经修订的 重述的公司注册证书（公司注册证书）的规定赋予董事会的权力，特此创建公司一系列面值为每股0.001美元的优先股，并决定 名称和金额以及股票的权力、优惠和相对权利、参与权、可选权和其他特殊权利此类系列及其资格、限制或限制如下如下：

第 1 节名称和金额。该系列的股票应被指定为A系列初级参与优先股 （A系列青少年参与优先股），构成A系列初级参与优先股的股票数量为61,500股。通过 董事会的决议，此类股份数量可以增加或减少； 提供的，任何减少都不会使A系列初级参与优先股的股票数量减少到少于当时已发行的股票数量加上 行使未偿还期权、权利或认股权证或公司发行的任何已发行证券转换为A系列初级参与优先股时预留发行的股票数量。

第 2 部分。股息和分配。

(A) 在股息方面排名高于A系列初级参与优先股的公司 （优先股）（或公司任何其他股票）的任何系列优先股（面值0.001美元）的持有人的权利的前提下，A系列初级参与优先股 股票的持有人有权在董事会宣布退出时获得股息合法用于该目的的资金，在3月的最后一天，即6月以现金支付的季度股息，每年的9月和12月（每个这样的 日均为季度股息支付日），从首次发行股份或部分股息之后的第一个季度股息支付日开始

股 A 系列初级参与优先股，每股金额（如果有）（四舍五入至最接近的美分），但须遵守下文规定的调整规定，等于 1,000 乘以所有现金分红的每股总额，1,000 乘以所有非现金分红或其他分配的总每股金额（以实物支付），但普通股应付股息除外，公司每股面值0.001美元（普通股）或已发行股份的细分自前一个季度股息支付日起，或就第一个季度股息支付日而言，自首次发行A系列初级参与优先股的任何股份或部分股份以来，在普通股 股上申报的普通股（通过重新分类或其他方式）。如果 公司应随时申报或支付以普通股形式支付的普通股股息，或者将普通股的已发行股份（通过 重新分类或其他方式，而不是通过支付普通股股息）进行细分、合并或合并为更多或更少数量的普通股，则在每种情况下，A系列初级股票参与者的金额根据前述规定，优先股 是在此类事件发生前夕获得授权的应通过将该金额乘以分数来调整句子，分数的分子是该事件发生后立即发行的普通股数量， 其分母是该事件发生前夕已发行的普通股数量。

(B) 公司应在宣布普通股（普通股应付股息除外 ）的股息或分配，立即按照本第2节（A）段的规定宣布对A系列初级参与优先股进行分红或分配。

(C) 根据本第 2 节 (A) 段到期的股息应从 A 系列初级参与优先股发行之日算起 开始累计并累计，除非此类股票的发行日期早于第一个季度股息支付日的 记录日期，在这种情况下，此类股票的股息应从发行之日起开始累计此类股票，或者除非发行日期是季度股息支付日或之后的某个日期确定有权获得季度股息的A系列初级参与优先股持有人的 记录日期，在该季度股息支付日之前，无论哪种情况，此类股息均应开始 累积并自该季度股息支付日起累积。应计但未付的股息不应计息。对A系列初级参与优先股股票支付的股息，其金额低于此类股票应计和支付时此类股息的总金额，应按比例分配 逐股分享当时所有此类股票的发行基准。董事会 可以确定一个记录日期，以确定A系列初级参与优先股股票的持有人有权获得据此宣布的股息或分配，该记录日期不得超过固定支付日期的60天。

第 3 节投票权。A系列初级参与型 优先股的持有人应拥有以下投票权：

(A) 在遵守下文规定的调整条款的前提下， A系列初级参与优先股的每股股东应有权就提交公司股东表决的所有事项获得1,000张选票。如果公司应随时宣布或支付以普通股形式支付的普通股的任何股息 ，或者将普通股的已发行股份（通过重新分类或其他方式而不是通过支付普通股股息）进行细分、合并或合并为 或多或少的普通股，则在每种情况下，股票持有人的每股选票数 A系列青少年参与优先股在此类活动前夕有权获得可通过 将该数字乘以分数进行调整，分数的分子是该事件发生后立即发行的普通股数量，其分母是该事件发生前立即流通的 普通股数量。

(B) 除非公司注册证书（包括创建一系列优先股或任何类似股票的任何其他指定证书 ）中另有规定，否则A系列初级参与优先股的股份持有人以及拥有一般 表决权的公司普通股和任何其他股本的持有人应作为一个类别共同对提交给公司股东表决的所有事项进行投票。

(C) 除非本文规定 另有规定或法律另有要求，否则A系列初级参与优先股的持有人没有特别投票权，也无需他们的同意（除非他们有权向本文规定的 普通股持有人进行投票）来采取任何公司行动。

第 4 部分。某些限制。

(A) 每当拖欠第 2 节 规定的 A 系列初级参与优先股的季度股息或其他应付股息或分配时，此后以及直到已发行的 A 系列初级参与优先股的所有应计和未付股息和分配（无论是否申报）均应全额支付，公司 不得：

(i) 对A系列初级参与优先股的任何股票（股息或清算、解散或清盘时的 ）申报或支付股息，或进行任何其他分配；

(ii) 申报或支付与A系列初级参与优先股平价（无论是股息还是在 清算、解散或清盘时）排名的股票的股息，或进行任何其他分配，但A系列初级参与优先股和所有应支付或拖欠股息的 平价股票按比例支付的股息除外，股息与所有此类股票的持有人总金额成比例然后有资格；或

(iii) 赎回、购买或以其他方式收购A系列初级参与优先股的任何股票（无论是分红还是在清算、解散或清盘时）作为对价的股份，前提是公司可以随时赎回、购买或以其他方式收购任何此类次级股票的股份，以换取公司排名次要的任何股票（分红以及在解散、清算或清盘时）转至 A 系列初级 参与优先股。

(B) 公司不得允许公司的任何子公司以对价购买或以其他方式收购 公司的任何股票，除非公司能够根据本第 4 节 (A) 段在此时以这种方式购买或以其他方式收购此类股份。

第 5 节。重新收购的股份。 公司以任何方式购买或以其他方式收购的任何A系列青少年参与优先股的股份应在收购后立即报废并取消。公司应采取一切必要行动，使所有这些股票成为授权但未发行的优先股 股，这些股票可以作为新系列优先股的一部分重新发行，但须遵守本协议或公司注册证书中规定的发行条件和限制，包括创建一系列 优先股或任何类似股票的任何指定证书，或法律另有要求。

第 6 节。清算、解散或清盘。

(A) 在公司自愿或以其他方式进行任何清算、解散或 清盘时，不得向A系列初级参与优先股（无论是股息还是清算、解散或清盘时）的持有人分配A系列初级参与优先股，除非在此之前，A系列初级参与优先股的持有人应获得每股金额（A系列 清算优先股），但须遵守下文规定的调整准备金等于1,000乘以总数向普通股持有人分配的每股金额加上等于任何应计 和未付股息的金额。如果公司应随时申报或支付以普通股形式支付的普通股股息，或者将普通股 的已发行股份（通过重新分类或其他方式，而不是通过支付普通股股息）进行细分、合并或合并为更多或更少数量的普通股，则在每种情况下，A系列初级股票持有人的总金额 根据该事件，参与的优先股有权在此类事件发生之前立即获得前一句应通过将该金额乘以分数来进行调整，分数的分子是该事件发生后立即发行的普通股数量 ，其分母是该事件发生前夕已发行的普通股数量。

(B) 如果没有足够的可用资产来全额支付A系列清算优先股和公司所有其他类别和系列股票（如果有）的清算 优先股的清算 优惠，则可用于此类分配的资产应按比例分配给A系列初级参与优先股的持有人和此类平价股的持有人根据他们各自的清算偏好。

(C) 本第 6 节所指的公司合并或合并或与其他实体的合并或 任何其他实体与公司的合并或合并均不应被视为公司的清算、解散或清盘。

第 7 节。合并、合并等如果公司进行任何合并、合并、合并或其他 交易，将普通股交换成或变更为其他股票或证券、现金和/或任何其他财产，则在任何此类情况下，A系列初级参与优先股的每股应同时进行类似的交换或变更为每股金额，但须遵守下文规定的调整规定，等于1,000乘以总金额股票、证券、现金和/或任何其他财产（应付款）以 为例，将每股普通股变更或交换成哪个或换成哪一股。如果公司应随时申报或支付以普通股形式支付的普通股股息，或者对普通股的已发行股进行细分 或合并或合并为更多或更少数量的普通股，则在每种情况下 中规定的金额（通过重新分类或其他方式，而不是通过支付普通股股息）A系列初级参与优先股的股份交换或变更应为通过将该金额乘以分数进行调整，分数的分子是该事件发生后立即发行的 股普通股数量，其分母是该事件发生前夕已发行的普通股数量。

第 8 节修正案。在任何 A 系列初级参与优先股已发行和流通期间，不得以任何方式修改 公司注册证书，包括合并或合并，否则将改变、更改或废除 A 系列初级参与优先股的权力、优惠或特殊权利，从而对其产生不利影响 ，如果没有至少三分之二的A系列初级参与优先股的持有人投赞成票，将其作为单一投票班级。

第 9 节。等级。除非任何此类系列的条款另有规定，否则A系列初级参与优先股在股息支付方面以及在 清算、解散和清盘时，其排名应排在所有其他系列优先股的次要地位，并且在这类 事项上排名优先于普通股。

为此，本指定证书由公司正式授权的官员于2024年2月20日代表公司 签署，以昭信守。