战略 更新 纳斯达克：PRQR 日期：2022年4月13日

ProQR治疗-策略更新2 议程 简介 Sarah Kiely 副总裁投资者关系和企业公关 演示文稿 Daniel A.de Boer 创始人兼CEO q&A Daniel A.de Boer 创始人兼CEO Smtal Shah 首席业务和财务官 马里兰州Aniz Girach 首席医疗官 Gerard Platenburg 首席创新官

ProQR治疗-战略更新 前瞻性陈述 本演示包含涉及重大风险和不确定性的前瞻性陈述 。除对历史事实的陈述外，本演示文稿中包含的所有陈述，包括但不限于有关我们更新的战略计划及其预期收益、未来运营、未来 临床前和临床试验计划及相关试验和结果的时间安排、监管 途径和临床前和临床试验设计(包括sepofarsen和ultevursen)、我们计划与监管机构的互动(与我们的 计划有关)、关于我们的研发、我们的 技术和平台(包括Aximer®)的潜力、我们目前和计划与合作伙伴的合作伙伴关系及其预期收益，有关我们的知识产权、未来财务状况和现金跑道、未来 收入、我们产品的预计成本、前景、治疗潜力 候选者、管理计划和目标的陈述，均为前瞻性陈述。 “目标”、“预期”、“相信”、“估计”、“预期”、“打算”、“可能”、“计划，”“ ”“预测”、“”项目“”、“目标”、“潜在”、“将会”、“可能”、“应该”、“继续”以及类似的表述旨在识别前瞻性表述，尽管并非所有前瞻性表述都包含这些标识性词汇。 前瞻性表述基于管理层的信念和假设 以及仅在本报告发表之日对管理层可用的信息。我们的实际结果可能与这些前瞻性陈述中预期的结果大不相同，原因有很多，包括但不限于风险, 我们向美国证券交易委员会提交的文件中的不确定性和其他因素，包括我们以表格 20-F提交的年度报告的某些部分。这些风险和不确定性包括：我们 和我们的合作伙伴的临床前研究和临床试验以及其他开发活动的成本、时间和 结果，这些合作伙伴的运营和活动可能因新冠肺炎疫情而放缓或停止；我们的临床计划 按照提供的时间表执行的可能性以及对我们的合同研究机构的依赖 以及受试者和患者及时招募以推进我们的临床试验和维持他们自己的运营的可预测性；我们对合同制造商为研发提供材料的依赖，以及合同制造商供应中断的风险；后续数据可能改变早期临床试验的初始和初步结果，包括由于不同试验的试验设计和方案不同而导致的结果； 对申请的监管审查的持续时间和结果的不可预测性 申请或许可是启动和继续推进和推进我们的临床计划所必需的 ；我们与监管机构计划的互动的结果；关于我们计划的临床前和临床活动的 设计的反馈和与监管机构的互动；确保、维护和实现与合作伙伴合作的预期好处的能力；可能的 损害，无法获得, 获得知识产权的成本和成本； 在研发过程中产生新数据时可能出现的安全或功效问题；我们维护和服务Pontifax和Kreos贷款安排的能力；以及一般业务、运营、财务和会计风险，以及与第三方诉讼和纠纷相关的风险。鉴于这些风险、 不确定性和其他因素，您不应过度依赖这些 前瞻性陈述，我们没有义务更新这些前瞻性陈述，即使未来有新的信息可用，但法律要求的情况除外。 3

两个战略支柱支撑着我们的方法 在核糖核酸治疗和遗传性眼病的交叉点上运作 ProQR治疗-策略更新 Aximer®核糖核酸编辑技术 4 极少数 有 治疗 遗传性眼病 A对I编辑

概述 ·阐明错过的主要终点 ·未发现关键试验进行问题 ·事后照明分析已完成 ·Sepofarsen在将积极的 治疗和假眼与其相应的 对侧眼(CE) ·CE作为对照 与欧洲药品管理局(EMA) ·EMA前瞻性地建议将罕见疾病与异种人群与假对照进行比较时，显示出与早期试验一致的疗效信号 ·下一步 }·与监管机构接洽，在此背景下讨论照明数据，与ultevursen监管计划一起 ·根据监管会议的时间 提供第三季度或第四季度初的额外更新 ·投资组合优先顺序和重组计划 ·Ultevursen-缩减到单一2/3期天狼星试验 ，并在2023年进行可能的中期/无效分析 ·暂停对QR-1123、QR-504a、 和IRD研究的进一步投资 ·裁员约30%，预计 将在第二季度生效 ·加速Aximer®核糖核酸碱基编辑技术 ·2014年发现 ·拥有11个专利系列的领先行业知识产权组合 ·礼来合作伙伴关系 ·雄厚的现金实力，进入2025年 ProQR治疗-战略更新5

Leber先天性黑色素的RNA治疗10 Sepofarsen ProQR治疗-策略更新6

ProQR治疗-策略更新 CEP290介导的LCA10 CEP290介导的LCA10是一种极端孤立的疾病 对于遗传方法来说，疾病生物学非常了解 这是最具侵袭性的遗传性视网膜失明 临床前和早期临床数据 Sepofarsen可能影响患者的生活质量 患者在最初十年失去了大部分 视力 LCA10 7

照明试验操作审查 ·审查了照明的所有操作要素 ·包括逐个地点的差异、患者纳入标准、CMC方面、临床数据分析等的审查 ·在治疗组中移除了1名患者(患者在 基线时处于光感状态)，导致治疗组n=23，假治疗n=12 ·没有发现关键问题 ProQR治疗-策略更新8

ProQR治疗-策略更新 初步分析 治疗组与平行假手术组的初步分析显示未合并effect 9 -0，16 -0，11 -0，25 -0，20 -0，15 -0，10 -0，05 0，00 0，05 0，10 sepofarsen n=23 假n=12 12个月时BCVA(对数MAR) BCVA-CFB在12个月时发生变化 ANCOVA Improvement -0，44 -0，59 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 池方向 sepofarsen n=21 Sham n=11 fst(日志cd/m 2 ) -0，44 -0，70 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60{)更改Br}-0，40 -0，20 0，00 0，20 共享 sepofarsen n=23 Sham n=12 fst更改(日志cd/m 2 ) -0，20 -0，48 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 pooled sepofarsen n=22 Sham-n=12 fst更改(在12个月记录cd/m 2 ) Blue ANCOVA Red ANCOVA White ANCOVA FST-cfb

ProQR治疗-策略更新 接受Sepofarsen治疗的患者自我报告视力改善 单一问题PGI-C ·14/23(61%)服用Sepofarsen Self的患者报告他们的视力改善 ·3/12(25%)假治疗患者报告视力改善 VFQ-25综合评分 ·Vision子量表显示Sepofarsen对视力有更明显的益处 预先指定了PGI-C和VFQ-25分析 调查员反馈 “Sepofarsen作品，毫无疑问。患者现在可以在明亮的光线条件下看到女儿的脸了。患者请求进行第二眼treated.” 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Sepofarsen检查 PGI-C-%的受试者在12个月时自我报告病情好转 cfb}0 0，5 1 1，5 2 2，5 3 3，5 4 Sepofarsen共享Sham vfq-25-第12个月的综合得分 cfb 10 61% 25% 3.0 0.7

Sham是小样本试验的正确对照吗？ ProQR治疗-策略更新11 ·显著的就诊到访差异使Sham在小样本试验中非常 作为对照 ·在双眼中观察到的差异相互平行 ·使用同一患者的治疗眼(TE)和对侧眼(CE)之间的差异 纠正了这种差异，包括患者内部的日常测量差异 ·患者间表型或基线差异 ·由于上述考虑，EMA优先选择CE作为照明的对照 ·照明方案针对美国食品和药物管理局使用Sham -0，30 -0，10 0，10 基线1 3 6 9 12 BCVA 1 3 6 9 12变化( LogMAR )的要求进行了全局协调 (logMAR) -0，30 -0，10 0，10 Baseline 1 3 6 9 12变化}假眼： 眼睛表现相同 Sepofarsen示例： 眼睛表现不同 接受治疗的眼睛 对侧眼睛 月时间 月时间

ProQR治疗-策略更新12 与对侧眼相比，对变异性进行了更正 “已治疗眼(TE)减去未治疗眼(CE)分析” 12 -0，11 -0，07 -0，03 -0，25 -0，20 -0，15 -0，10 -0，05 0，00 0，05 0，10 月BCVA-CFBSham TE-CE Sham TE-CE BCVA(LogMAR)增量变化 接受治疗的眼睛 减去未经治疗的眼睛 从 基线 假n=12 ANCOVA-POST analysis -0，16 -0，05 -0，12 -0，25 -0，20 -0，15 -0，10 -0，05 0，00 0，05 0，10 Sepofarsen 合并TE Sepofarsen 合并CE Sepofarsen 合并TE-CE 更改BCVA(LogMAR) Delta治疗眼 减去未治疗眼 较基线变化 Sepofarsen合并n=23 ANCOVA-POST分析

ProQR治疗-策略更新 12个月时的BCVA进行特别分析 将TE与Sham CE 13 -0，16 -0，11 -0，25 -0，20 -0，15 -0，10 -0，05 0，00 0，05 0，10 合用Sepofarsen进行比较时，Sham没有变化 n=23 Sham n=12 BCVA(LogMAR) 改善方向 Sepofarsen与Sham 12 ANCOVA -0，12 -0，03 -0，25 -0，20 -0，15 -0，10 -0，05 0，00 0，05 0，10 月份的bcva-cfb合并sepofarsen n=23 Sham n=12 bcva( logMAR ) 改进方向 br}bcva(TE-CE)-12个月的cfb ANCOVA-事后分析 Br}Sepofarsen te减CE vs sham te减CE

-0，20 -0，48 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 池化 sepofarsen n=22 Sham-n=12 fst更改(日志cd/m 2 ) -0，44 -0，70 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 合并 sepofarsen n=23 Sham n=12 FST变化(日志cd/m 2 ) fst-比较假眼和对侧眼作为对照 ProQR治疗-策略更新 Sepofarsen - CE v s sham te - CE sepofarsen vs sham分析 -0，35 -0，14 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 池化 sepofarsen n=20 假n=11 fst更改(日志cd/m 2 ) -0，44 -0，16 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 池 sepofarsen n=23 Sham n=12 fst更改(日志cd/m 2 ) -0，24-0，02 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 池 sepofarsen n=22 sham-n=12 fst更改(日志cd/m{Br}2 ) -0，44 -0，59 -1，20 -1，00 -0，80 -0，60 -0，40 -0，20 0，00 0，20 池 Sepofarsen n=21 Sham n=11 Fst更改(日志cd/m 2 ) FST蓝 ANCOVA-功效集 FST红 ANCOVA-功效集 FST白色{Br}ANCOVA-药效集 第12个月与基线的变化 14

Meta分析-结合PH1/2和PH2/3数据 BCVA TE-CE与Sham TE-CE相比显示出一致且显著的好处 ProQR治疗-策略更新15 -0，40 -0，30 -0，20 -0，10 0，00 0，10 0，20 Baseline 1 3 6 9 12 BCVA(对数MAR) 在几个月内发生变化 合并Sepofarsen=29 Sham n=12 Sepofarsen减去CE 与Sham减去CE 比较Br}BCVA(TE-CE)-110-003和110-001所有患者 MMRM-后处理分析

Sepofarsen Next Steps ·说明第三季度将与EMA和FDA讨论的结果 ·在监管反馈后评估计划的后续步骤 ·第三季度后的任何进一步投资(独立或与合作伙伴合作)需得到监管机构的明确指导 ·继续按照DSMC的建议进行照明和亮化试验 ·观察到耐受性与以前的试验相似 ProQR治疗-策略更新16

IRD平台的科学基础仍然可靠 IRD平台的后期分析的益处证据与临床前和早期临床数据一致 ·临床前数据预测的剂量水平似乎表明临床活动 ·安全概况可跨管道计划管理 发展路径学习 ·控制差异存在(Sham与CE) ·患者间差异限制了显示不同组平均水平变化的能力 ·两个试验的假组别分析显示不一致在将这两个计划的 TE与CE ·CE进行比较时的回应 ·与EMA的讨论将在第三季度进行，紧随其后的是美国FDA ProQR治疗-策略更新17

RNA疗法治疗色素性视网膜炎和Usher综合征 Ultevursen ProQR治疗-策略更新18

Ultevursen(QR-421a)USH2A介导的RP 旨在治疗Usher综合征和视网膜色素变性的遗传性视力丧失 ProQR治疗策略更新 针对Usher和NSRP的RNA疗法 在儿童时期出现听力和视力损失，到成年时完全失明 在西方世界，USH2A外显子13突变影响到 ~16,000名患者。 大约15-25%的患者在两个等位基因上都有外显子13 突变 临床前强有力的证据证明患者中的 概念衍生的 视网膜模型 ·孤儿药物指定和 罕见的儿科disease designation Partnership Awarded$750万资金 FFB支持 进行试验 针对USH2A外显子13突变的潜在一流 核糖核酸疗法 未满足需求 ·快速通道指定 ·STELLAR PH1/2试验显示有效迹象 (bcva/静态视野/OCT)，和 可管理的耐受性 19

Ultevursen 1期/2期恒星试验结果 多个终点的一致益处 ProQR治疗-策略更新 Ultevursen治疗眼 对侧眼 bl 4 12 24 36 48 -2 0 2 4 6 8 10 12 14 BL 1 4 8 12 16 24 36 48 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 周 BCVA(ETDR字母)的变化 具有7DB more Single dose Single dose Mean的基因座数量从BCVA的基线变化 高级群体 BL12 24 48 -30 -25 -20 -15 -10 -5 0 5 10 15 20 EZ面积(%) 周 单剂量 椭球区面积： %平均较基线变化 所有接受乌特伏森治疗的受试者 静态视野中≥7DB改善的平均视网膜中心数 早中人群 2/3赛莱斯特试验 ·早至中人群 ·主要终点静态视野 2/3期天狼星试验 ·高级人群 ·主要终点BCVA 20 乌特伏森的预期半衰期

由先进人群驱动的BCVA稳定 单次注射后BCVA较基线的平均变化 ProQR治疗-策略更新 ·BCVA反应由晚期疾病人群驱动 ·单次注射后接受治疗的眼睛视力稳定 ·48周时平均9.3个字母的益处 ·第72周的平均13个字母的益处 ·持续疗效与QR-421a的较长半衰期一致 ·第72周是天狼星(Ph2/3)研究的主要终点时间点 48周时平均受益9.3个字母 高龄人群(n=6) 第72周平均受益13个字母 高龄人群(n=6) 对侧眼接受乌特武森治疗的eyes -12 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 13 letter benefit BL (n=6) 1 (6){brBCVA(ETDR字母)中的}4 (6) 8 (6) 12 (6) 16 (4) 24 (5) 36 (5) 48 (4) 72 (3) Single dose Change -12 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 9.3字母 受益 单剂量 BCVA(ETDRS letters) BL (n=6) 1 (6) 4 (6) 8 (6) 12 (6) 16 (4) 24 (4)变化) 36 (5) 48 (4) 周 下降方向下降方向 21

Ultevursen总结和下一步 ·Ultevursen数据继续保持稳健；然而，临床开发可以根据 sepofarsen的经验进行优化 ·单剂给药带来长达72周的益处 ·临床前观察到的有效剂量 ·多个终点的一致反应 ·Ultevursen试验将被修订以降低开发风险 ·Wind Down Celust试验以减少投资 ·修改Sirius试验以纳入从Sham到CE的控制变化 ·在重大进一步投资之前与监管机构讨论并寻求一致(计划在第三季度进行监管 互动) Br}·内置潜在的临时/无效分析，以通过早期读出的数据来降低投资风险 ·目标是使初步读数在现金跑道内保持良好 ProQR治疗-战略更新22

公司战略更新 ProQR治疗-战略更新23

ProQR治疗-策略更新 投资组合优先级和重组计划 暂停进一步投资 QR-1123用于P23H adRP QR-504a用于FECD3 IRD研究 24 Sepofarsen用于CEP290介导的LCA10工作人员 预计在第二季度有效 Aximer® 优先考虑和加速 Aximer®核糖核酸编辑平台 技术，包括 与礼来公司合作 Ultevursen进行USH2A介导的RP 缩减到单一的2/3期试验 天狼星试验可能在2023年进行中期/无效性分析 与监管机构讨论说明第三季度的临时分析

核糖核酸碱基编辑平台技术 Aximer® ProQR治疗-策略更新25

ProQR治疗-策略更新 Aximer®RNA碱基编辑平台技术 Aximer®A-to-I编辑 ·利用内源性ADAR ·由合成编辑寡核苷酸(EON)招募 ·i翻译为G，允许针对G-A突变 ·特定、有效、通过设计稳定 ·文献中描述的20,000个G-to-A突变 ·在细胞中实现了约60%的编辑效率，在视网膜器官中实现了20%以上的编辑效率 强大的知识产权保护 ·11个专利系列，1个正在申请中的 ·ProQR拥有或独家授权的基础专利 ·无与伦比的EON/psEON设计和高通量分析技术 ·与学术专家的关键合作 26

修复G-to-A突变 Aximer®有可能针对广泛的疾病 ProQR治疗策略更新 眼科 >1,100个靶点 ·Leber先天性青光眼 ·亚瑟综合征 ·Fuchs内皮角膜营养不良 ·视网膜色素变性3型 ·Stargardt病 ·原发性先天性青光眼皮肤 ·变态反应 ·干燥大疱性皮损 · 大疱病 ·Darier病 ·单纯表皮松解症 中枢神经系统 ·帕金森病VIII ·脊髓小脑性共济失调vii ·阿尔茨海默病 ·亨廷顿病 ·疼痛障碍 肺 ·囊性纤维化 ·原发纤毛运动障碍 ·表面活性物质代谢障碍 ·ABCA3缺乏症 ·家族性肺纤维化 ·多囊肾肾脏疾病 肿瘤 ·KRAS驱动的肿瘤 ·p53驱动的肿瘤 血液/心血管系统 ·贝塔地中海贫血 ·阿尔法地中海贫血 ·早衰 肝脏 ·α-1抗胰蛋白酶缺乏症 ·Hurler综合征 ·因子V缺乏症 ·跨甲状腺素相关的遗传性淀粉样变性 ·威尔逊病 ·遗传性血色素沉着症 ·鸟氨酸转氨酶缺乏症 Br}·血友病B ·庞培病 和更多… >20,000个G>A突变 修复G-to-A突变 ·文献中描述的超过20,000个G-to-A突变 27

Aximer®-Beyond突变修复 针对特定部位的蛋白质工程和翻译后修饰 ProQR治疗-策略更新 改变磷酸化 位点 针对 磷酸化位点 (活性开关)以调节 蛋白质活性 编辑 400多种不同类型的PTM的可能性 ·蛋白降解 切割 ·自动切割 ·乙酰化 ·苏糖化 改变糖基化位点 改变定位、糖基化位点 折叠和蛋白质 功能 ·防止糖基化肿瘤抗原的免疫逃逸 改变泛素化位点 改变泛素化位点 改变泛素化位点减缓蛋白质 降解速度(以治疗单糖化不足) 28

肝脏和神经系统的最多5个靶点被独家许可给礼来公司 ProQR将保持对>1,100个 遗传性眼病靶点的所有全球 独家权利 Aximer® ·ProQR将开发选定的眼科靶点 ·ProQR将在未来12个月内宣布 进入流水线的首批遗传性眼部疾病靶点 ProQR治疗策略更新 Aximer®合作战略 剩余部分目标 仍然不受 通过其他合作伙伴关系进一步创造价值的强大潜力的制约 Aximer® 29

Aximer®治疗应用 IRD、肝脏、中枢神经系统和Beyond ProQR治疗-战略更新30

在多个模型中进行大量的A-to-I编辑 可能针对视网膜，肝脏和中枢神经系统靶点 ProQR治疗-策略更新 编辑WT人视网膜器官中的ACTB 编辑LCA人视网膜器官中的CEP290 ·患者中超过40%的编辑 派生的视网膜器官 和观察到的CEP290的超过20%的编辑 肝脏 ·在肝细胞模型中实现了高达50%的编辑 ·α-1抗胰蛋白酶 缺陷(A1AD)影响 肝脏和肺}CNS ·在CNS细胞模型中实现了约60%的编辑 (数据未显示) 31 NT CEP290-1 CEP290-3 CEP290-6 CEP290-9 0 10 20 30 正在编辑%(DdPCR) 人A1AD肝细胞中SERPINA1 E366K的编辑 NT Mock SCR A1AD-52 A1AD-54 0 20 40 60 编辑%(DdPcr) Scr ACTB-6 ACTB-3 0 10 20 30 40 50 Editing%(DdPCr)

Axiomer® patent protection beyond 2040 Docket Priority Feature Status 0004 17 Dec 2014 Targeted RNA Editing using endogenous ADARs Granted EP US JP RU ZA 0013 22 Jun 2016 ‘Single stranded’ EONs Granted US on 27APR21 0014 01 Sep 2016 Chemically modified EONs Granted EP US 0016 19 Jan 2017 EONs + protecting SONs Published 0020 14 Feb 2018 EONs with ribose (e.g. 2’-MOE) modifications Published 0023 18 May 2018 • EONs with phosphorothioate linkages, • EONs with chiral linkages (e.g. PS, PN) Published 0026 11 Feb 2019 • EONs with UNA modifications • EONs with phosphonacetate linkages Published 0029 03 Apr 2019 EONs with methylphosponate linkages Published 0031 24 Apr 2019 Targeted editing inhibition Published 0032 13 Jun 2019 EONs with base modifications for increased catalytic activity Published 0039 23 Jul 2020 Undisclosed Unpublished ProQR Therapeutics - Strategy Update 32

Next steps Axiomer® platform In house strategy • Expand investments in Axiomer® platform and pipeline development and target selection activities • Expect to present further non-clinical data updates throughout 2022 • Planning to announce internal development targets in H2 2022 • Develop in vivo PoC in multiple programs with initial focus on Liver, CNS and ophthalmology • First IND expected in 18-24 months • Development of additional Therapeutic Areas in parallel Partnership strategy • Continue to execute on the partnership with Lilly • Potential for additional partnerships, building on industry leading IP estate and strong development capabilities ProQR Therapeutics - Strategy Update 33

Summary ProQR Therapeutics - Strategy Update 34

ProQR Therapeutics - Strategy Update 35 Strategic priorities and milestones Strategic priorities • Genetic eye disease Explore regulatory path for ophthalmology based on comparing active treatment and sham eyes versus their corresponding contralateral eye with EMA and FDA; subject to regulatory feedback develop select IRD programs • RNA editing technology Accelerate development of the Axiomer® platform, including initial focus on liver, CNS, and ophthalmology Milestones IRD pipeline - sepofarsen and ultevursen • Meet with EMA and FDA to discuss Illuminate results Q3 • Provide regulatory update Q3 or early Q4, depending on timing of regulatory meetings • Ultevursen Helia extension trial update by year end 2022 • Ultevursen Sirius Phase 2/3 potential interim/futility analysis in 2023 Axiomer® RNA editing platform technology • Partnership with Lilly announced (September 2021) – up to 5 targets in liver and nervous system, $50 million • Announce internal targets and provide further pipeline guidance in H2 2022 Cash position/runway • YE 2021: €187.5 million • Runway into 2025

IT’S IN OUR RNA