公文

P4MP5Y假的--12-31Q32019000120037517900012900034000340002000000000.00010.00011000000001000000005406500058386000540650005838600002000000320000032410007780002463000P3Y41000000.00010.0001500000050000000000380000000200000000P3MP1YP2YP3MP1YP2YP3MP1YP2YP4YP3YP4Y0.50.50.50.50.50.50.3333333333(1)会计原则变化的累积影响包括：会计准则更新2014-9(主题606)410万美元和2016-01年度会计准则更新(副主题825-10)50万美元。00012003752019-01-012019-09-3000012003752019-10-3100012003752018-12-3100012003752019-09-3000012003752018-07-012018-09-3000012003752019-07-012019-09-300001200375CDXS：ProductSalesMember2018-01-012018-09-3000012003752018-01-012018-09-300001200375CDXS：ProductSalesMember2019-07-012019-09-300001200375CDXS：ProductSalesMember2019-01-012019-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMember2018-01-012018-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMember2018-07-012018-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMember2019-01-012019-09-300001200375CDXS：ProductSalesMember2018-07-012018-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMember2019-07-012019-09-3000012003752019-06-300001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2019-06-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2018-06-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2019-07-012019-09-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2018-09-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2019-09-300001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2019-09-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2019-07-012019-09-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2019-06-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2019-09-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2019-06-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2018-09-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2018-06-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2019-06-300001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2018-06-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2018-07-012018-09-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2018-06-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2018-07-012018-09-3000012003752018-09-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2019-07-012019-09-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2019-09-3000012003752018-06-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2018-09-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2018-07-012018-09-300001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2018-09-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2018-01-012018-09-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2019-01-012019-09-300001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2018-01-012018-09-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2018-12-310001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2017-12-310001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2017-12-310001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2018-12-310001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2019-01-012019-09-300001200375US-GAAP：CommonStockMember2017-12-310001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2018-01-010001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2018-01-0100012003752017-12-310001200375US-GAAP：CommonStockMember2018-01-012018-09-300001200375us-gaap:AccumulatedOtherComprehensiveIncomeMember2018-12-3100012003752018-01-010001200375US-GAAP：RetainedEarningsMember2019-01-012019-09-300001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2017-12-310001200375US-GAAP：AdditionalPaidInCapitalMember2018-12-310001200375US-GAAP：会计标准更新201601成员2018-01-010001200375US-GAAP：会计标准更新201409成员2018-01-010001200375US-GAAP：PrivatePlacementMember2019-06-012019-06-300001200375CDXS：NestecLtd..NestleHealthSciencesMemberCDXS：CDX6114成员US-GAAP：CollaborativeArrangementMember2019-01-012019-03-310001200375CDXS：NestecLtd..NestleHealthSciencesMemberCDXS：CDX6114成员US-GAAP：CollaborativeArrangementMember2018-12-012018-12-310001200375US-GAAP：PrivatePlacementMember2019-06-3000012003752019-01-010001200375US-GAAP：会计标准更新201602成员2019-01-010001200375CDXS：ProductSalesMemberCDXS：CoreSegmentMember2018-01-012018-09-300001200375CDXS：ProductSalesMemberCDXS：CoreSegmentMember2019-01-012019-09-300001200375US-GAAP：EMEAMember2018-01-012018-09-300001200375US-GAAP：EMEAMemberCDXS：生物治疗分段成员2018-01-012018-09-300001200375US-GAAP：EMEAMemberCDXS：CoreSegmentMember2018-01-012018-09-300001200375CDXS：CoreSegmentMember2019-01-012019-09-300001200375CDX：APACMemberCDXS：CoreSegmentMember2019-01-012019-09-300001200375CDXS：生物治疗分段成员2018-01-012018-09-300001200375SRT：AmericasMember2018-01-012018-09-300001200375SRT：AmericasMemberCDXS：CoreSegmentMember2018-01-012018-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMemberCDXS：CoreSegmentMember2019-01-012019-09-300001200375US-GAAP：EMEAMemberCDXS：CoreSegmentMember2019-01-012019-09-300001200375CDXS：CoreSegmentMember2018-01-012018-09-300001200375US-GAAP：EMEAMemberCDXS：生物治疗分段成员2019-01-012019-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMemberCDXS：生物治疗分段成员2018-01-012018-09-300001200375CDX：APACMember2019-01-012019-09-300001200375US-GAAP：EMEAMember2019-01-012019-09-300001200375SRT：AmericasMember2019-01-012019-09-300001200375CDXS：生物治疗分段成员2019-01-012019-09-300001200375CDXS：研究和开发RevenueMemberCDXS：CoreSegmentMember2018-01-012018-09-300001200375CDX：APACMemberCDXS：CoreSegmentMember2018-01-012018-09-3000012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美国

证券交易委员会

哥伦比亚特区华盛顿20549

表格2010-Q

(马克一)



☒	根据1934年“证券交易法”第13或15(D)条提交的季度报告

截至季度末的季度期间2019年9月30日

或



☐	根据1934年“证券交易法”第13或15(D)条提交的过渡报告

为过渡时期，从“^”到“”，从“”到“”，“，”

佣金档案号：001-34705

_____________________________

Codexis公司

(章程中规定的注册人的确切姓名)

_____________________________________________



特拉华州		71-0872999
(州或其他司法管辖区) 公司或组织)		(I.R.S.雇主识别号码)



佩诺布斯科特大道200号	红杉城	加利福尼亚	94063
(主要行政机关地址)			(邮政编码)

(650) 421-8100

(登记人的电话号码，包括区号)

(以前的名称，以前的地址和以前的会计年度，如果自上次报告以来发生了更改)

_____________________________________________

根据该法第12(B)条登记的证券：



每个班级的名称	交易符号	注册的每个交易所的名称
普通股，每股面值0.0001美元	CDX	纳斯达克全球精选市场

通过复选标记表明注册人是否：(1)在之前的12个月内(或在要求注册人提交此类报告的较短时间内)已提交了1934年“证券交易法”第13或15(D)条要求提交的所有报告，以及(2)^在过去90个月内一直受此类提交要求的约束。^在此之前的12个月内(或在要求注册人提交此类报告的较短时间内)。是 ☒#☐

通过复选标记指示注册人在之前12个月内(或在要求注册人提交此类文件的较短时间内)是否已根据《S-T规则》(本章232.405节)的规定以电子方式提交了每个需要提交的交互式数据文件。是 ☒···☐

用复选标记指明注册人是大型加速申请者、非加速申请者、较小报告公司还是新兴增长公司。参见“交换法”规则·12b-2中“大型加速归档公司”、“加速归档公司”、“小型报告公司”和“新兴增长公司”的定义。



大型加速滤波器	☒	加速^Filer	☐
非加速报税器	☐	较小的^报告^^公司	☐
		新兴成长型公司	☐

如果是一家新兴的成长型公司，请用复选标记表明注册人是否已选择不使用过渡期来遵守根据“交换法”第13(A)节提供的任何新的或修订的财务会计准则。☐

通过复选标记表明注册人是否是空壳公司(如《交换法》第12b-2条规则所定义)。☐···☒

自.起2019年10月31日，有58,518,105注册人的普通股，每股面值0.0001美元，未偿。

Codexis公司

Form 10-Q季度报告

截至季度末2019年9月30日



		页数

第一部分财务信息

项目1：	财务报表(未审计)
	简明综合资产负债表	4
	简明综合经营报表	5
	股东权益简明合并报表	6
	简明现金流量表	8
	简明综合财务报表附注	10
项目2：	管理层对财务状况和经营成果的讨论与分析	35
项目3：	关于市场风险的定量和定性披露	51
项目#4：	管制和程序	51

第二部分其他信息

项目1：	法律程序	52
项目#1A：	危险因素	52
项目2：	未登记的股权证券销售和收益使用	52
项目3：	高级证券违约	52
项目#4：	矿山安全披露	53
项目#5：	其他资料	53
项目6：	陈列品	54
签名		55

第一部分财务信息

项目1.财务报表

Codexis公司

简明综合资产负债表

(未经审计)

(以千为单位，每股金额除外)



	2019年9月30日			2018年12月31日
资产
流动资产：
现金及现金等价物	$	92,143		$	53,039
应收账款，扣除2019年9月30日和2018年12月31日的津贴净额34美元	12,327			11,551
未开单应收款，当期	2,317			1,916
盘存	397			589
预付费用和其他流动资产	1,553			1,068
合同资产	1,193			35
流动资产总额	109,930			68,198
限制性现金	1,731			1,446
股权证券	—			588
使用权资产-经营租赁，净额	24,542			—
使用权资产-融资租赁，净额	321			—
财产和设备，净额	6,241			4,759
商誉	3,241			3,241
其他非流动资产	190			1,051
总资产	$	146,196		$	79,283
负债与股东权益
流动负债：
应付帐款	$	1,743		$	3,050
应计补偿	4,695			5,272
其他应计负债	6,182			4,855
租赁义务的当期部分-经营租赁	893			—
租赁义务的当期部分-融资租赁	122			—
递延收入	1,288			4,936
流动负债总额	14,923			18,113
递延收入，扣除流动部分	1,988			3,352
长期租赁义务-经营租赁	25,554			—
长期租赁义务-融资租赁	—			61
租赁激励义务，扣除流动部分	—			35
其他长期负债	1,223			1,416
负债共计	43,688			22,977

承诺和或有事项(附注11)
股东权益：
优先股，每股0.0001美元票面价值；5，000股授权股票；未发行和未发行	—			—
普通股，每股面值0.0001美元；授权股份100，000股；分别于2018年9月30日和2018年12月31日发行和流通股58，386股和54，065股	6			5
额外实收资本	444,276			386,775
累积赤字	(341,774		)	(330,474		)
股东权益总额	102,508			56,306
总负债和股东权益	$	146,196		$	79,283

见未经审计的简明综合财务报表的附注

Codexis公司

简明综合经营报表

(未经审计)

(以千为单位，每股金额除外)



	截至9月30日的三个月，						截至9月30日的9个月，
	2019			2018			2019			2018
收入：
产品收入	$	10,351		$	8,405		$	24,588		$	18,291
研发收入	11,555			8,541			25,220			26,235
总收入	21,906			16,946			49,808			44,526
成本和运营费用：
产品收入成本	5,067			3,791			12,230			10,228
研究与发展	8,711			7,917			25,000			22,464
销售，一般和行政	7,869			7,344			24,180			22,485
总成本和运营费用	21,647			19,052			61,410			55,177
经营收入(亏损)	259			(2,106		)	(11,602		)	(10,651		)
利息收入	480			199			929			444
其他费用，净额	(403		)	(80		)	(615		)	(221		)
所得税前收入(亏损)	336			(1,987		)	(11,288		)	(10,428		)
所得税准备金(受益于)所得税	(7		)	1			12			(11		)
净收益(亏损)	$	343		$	(1,988	)	$	(11,300	)	$	(10,417	)

每股净收益(亏损)，基本	$	0.01		$	(0.04	)	$	(0.20	)	$	(0.20	)
每股净收益(亏损)，稀释后	$	0.01		$	(0.04	)	$	(0.20	)	$	(0.20	)

用于计算每股净收益(亏损)的加权平均普通股，基本	58,287			53,597			55,818			51,609
用于计算每股净收益(亏损)的加权平均普通股，稀释后	61,412			53,597			55,818			51,609

见未经审计的简明综合财务报表的附注

Codexis公司

股东权益简明合并报表

(未经审计)

(以千为单位)



	普通股				附加付清资本			累计其他综合收入(损失)		累积赤字			股东权益总额
截至2019年9月30日的三个月	股份		数量		附加付清资本			累计其他综合收入(损失)		累积赤字			股东权益总额

截至2019年7月1日的余额	57,940		$	6	$	440,795		$	—	$	(342,117	)	$	98,684
股票期权的行使	441		—		1,778			—		—			1,778
发放股票奖励	8		—		—			—		—			—
员工股份制薪酬	—		—		1,732			—		—			1,732
与股权奖励净份额结算有关的税款	(3	)	—		(51		)	—		—			(51		)
发行普通股，发行成本	—		—		(55		)	—		—			(55		)
短期利润结算	—		—		77			—		—			77
净收入	—		—		—			—		343			343
截至2019年9月30日的余额	58,386		$	6	$	444,276		$	—	$	(341,774	)	$	102,508



	普通股				附加付清资本			累计其他综合收入(损失)		累积赤字			股东权益总额
截至2018年9月30日的三个月	股份		数量		附加付清资本			累计其他综合收入(损失)		累积赤字			股东权益总额

截至2018年7月1日的余额	53,508		$	5	$	380,551		$	—	$	(328,026	)	$	52,530
股票期权的行使	427		—		2,461			—		—			2,461
员工股份制薪酬	—		—		1,770			—		—			1,770
净损失	—		—		—			—		(1,988		)	(1,988		)
截至2018年9月30日的余额	53,935		$	5	$	384,782		$	—	$	(330,014	)	$	54,773

见未经审计的简明综合财务报表的附注

Codexis公司

股东权益简明合并报表

(未经审计)

(以千为单位)



	普通股				附加付清资本			累计其他综合收入(损失)			累积赤字			股东权益总额
截至2019年9月30日的9个月	股份		数量		附加付清资本			累计其他综合收入(损失)			累积赤字			股东权益总额

截至2019年1月1日的余额	54,065		$	5	$	386,775		$	—		$	(330,474	)	$	56,306
股票期权的行使	970		—		4,621			—			—			4,621
发放股票奖励	449		—		—			—			—			—
员工股份制薪酬	—		—		5,783			—			—			5,783
与股权奖励净份额结算有关的税款	(147	)	—		(2,850		)	—			—			(2,850		)
发行普通股，扣除发行成本129美元	3,049		1		49,870			—			—			49,871
短期利润结算	—		—		77			—			—			77
净损失	—		—		—			—			(11,300		)	(11,300		)
截至2019年9月30日的余额	58,386		$	6	$	444,276		$	—		$	(341,774	)	$	102,508




	普通股				附加付清资本			累计其他综合收入(损失)			累积赤字			股东权益总额
截至2018年9月30日的9个月	股份		数量		附加付清资本			累计其他综合收入(损失)			累积赤字			股东权益总额

截至2018年1月1日的余额	48,365		$	5	$	340,079		$	(472	)	$	(315,065	)	$	24,547
股票期权的行使	730		—		4,319			—			—			4,319
发放股票奖励	824		—		—			—			—			—
员工股份制薪酬	—		—		6,183			—			—			6,183
非员工股份制薪酬	—		—		24			—			—			24
与股权奖励净份额结算有关的税款	(297	)	—		(3,140		)	—			—			(3,140		)
发行普通股，扣除发行成本179美元	4,313		—		37,317			—			—			37,317
会计原则变更的累积效应⁽¹⁾	—		—		—			472			(4,532		)	(4,060		)
净损失	—		—		—			—			(10,417		)	(10,417		)
截至2018年9月30日的余额	53,935		$	5	$	384,782		$	—		$	(330,014	)	$	54,773

⁽¹⁾会计原则变化的累积影响包括：会计准则更新2014-9(主题606)410万美元和2016-01年度会计准则更新(分主题825-10)50万美元。

见未经审计的简明综合财务报表的附注

Codexis公司

简明现金流量表

(未经审计，以千为单位)



	截至9月30日的9个月，
	2019			2018
运营活动：
净损失	$	(11,300	)	$	(10,417	)
调节净亏损与经营活动中使用的净现金的调整：
折旧	1,118			812
摊销费用-使用权资产-经营和融资租赁	2,231			—
财产和设备处置收益	(2		)	—
以股票为基础的薪酬	5,783			6,207
股权证券投资亏损	526			20
营业资产和负债的变化：
应收帐款，净额	(776		)	3,556
未开单应收帐款	385			—
盘存	192			206
预付费用和其他流动资产	(485		)	(1,188		)
合同资产	(1,158		)	(1,868		)
其他非流动资产	74			188
应付帐款	(1,294		)	(1,686		)
应计补偿	(577		)	409
其他应计负债	2,687			1,332
其他长期负债	(1,291		)	(710		)
递延收入	(5,012		)	(10,235		)
经营活动中使用的现金净额	(8,899		)	(13,374		)
投资活动：
购买财产和设备	(3,315		)	(2,074		)
处置财产和设备的收益	2			1
出售投资证券所得	62			—
投资活动所用现金净额	(3,251		)	(2,073		)
融资活动：
行使股票期权所得收益	4,621			4,319
发行与公开发行有关的普通股所得收益，扣除承销折扣和佣金	—			37,497
与公开招股相关而招致的费用	—			(180		)
发行与私募有关的普通股所得收益	50,000			—
与私募有关而招致的费用	(129		)	—
支付租赁义务-融资租赁	(180		)	(178		)
短期利润的回收	77			—
与股权奖励净份额结算有关的税款	(2,850		)	(3,140		)
筹资活动提供的现金净额	51,539			38,318
现金、现金等价物和限制现金净增加	39,389			22,871
期初现金、现金等价物和限制现金	54,485			32,776
期末现金、现金等价物和限制现金	$	93,874		$	55,647

补充披露现金流量信息
已付利息	$	16		$	61
已缴纳所得税	$	5		$	5
购买应付账款和应计费用中记录的财产和设备	$	536		$	420

下表提供了截至#年未经审计的简明综合资产负债表中报告的现金、现金等价物和受限现金的对账情况2019年9月30日和2018年9月30日以上所示相同金额的总和：



	截至9月30日的9个月，
	2019		2018
现金及现金等价物	$	92,143	$	54,225
非流动资产中包含的受限现金	1,731		1,422
期末现金总额、现金等价物和限制现金	$	93,874	$	55,647

见未经审计的简明综合财务报表的附注

Codexis公司

简明综合财务报表附注

(未经审计)

注1.业务说明

在这些未经审计的简明综合财务报表的附注中，“公司”、“我们”、“我们”和“我们”指的是Codexis公司。及其子公司在合并的基础上。

我们发现，开发和销售蛋白质，为我们的客户提供价值，在一个不断增长的行业。我们将蛋白质视为一个尚未开发的创造价值材料的巨大来源，我们正在使用我们经过验证的技术，自2002年成立以来，我们一直在不断改进这些技术，以使越来越多的新型蛋白质商业化，既可以作为专有的Codexis产品，也可以与我们的客户合作。

我们是利用计算技术推动生物学进步的先驱。自2002年以来，我们对CodeEvolver的开发进行了大量投资^®蛋白质工程技术平台，是我们竞争优势的主要来源。我们的技术平台由专有的、基于人工智能的计算算法提供支持，这些算法可以快速挖掘我们庞大且不断增长的蛋白质变体性能属性库。这些计算输出使得对要设计的下一代蛋白质变体的预测变得越来越可靠，从而能够以高效的方式提供有针对性的性能增强。除了计算能力外，我们的CodeEvolver^®蛋白质工程技术平台集成了额外的模块化能力，包括机器人高通量筛选和基因组测序、有机化学和工艺开发，这些都是为了创造我们新颖的蛋白质创新而进行的。

我们开发商业上可行的生物催化制造工艺的方法是从概念上为目标产品设计最具成本效益和最实用的工艺。然后我们使用我们的CodeEvolver开发优化的蛋白质催化剂以实现该工艺设计^®蛋白质工程平台技术。工程蛋白质催化剂候选者-每个蛋白质工程项目数千个-然后在相关制造操作条件下的高通量筛选中快速筛选和验证。这种方法产生了优化的蛋白质催化剂，能够实现成本效益高的工艺，通常在常规制造设备中运行相对简单。这也允许将我们的工艺高效地技术转让给我们的制造合作伙伴。

我们CodeEvolver的成功体现^®商业制造过程中的蛋白质工程技术平台要求在许多技术学科中具有良好集成的专业知识。除了那些直接参与实践我们的CodeEvolver的人^®除了蛋白质工程平台技术，如分子生物学，酶学，微生物学，细胞工程，代谢工程，生物信息学，生物化学和高通量分析化学，我们的过程开发项目还涉及有机化学，化学过程开发，化学工程，发酵过程开发和发酵工程的综合专业知识。我们对生物催化剂和工艺开发的综合、多学科方法是我们公司成功的关键因素。

我们最初将CodeEvolver商业化^®蛋白质工程技术平台和产品在药品市场，这仍然是我们的主要业务重点。我们的客户，包括几家大型全球性制药公司，在他们的制造流程和流程开发中使用我们的技术、产品和服务。

我们还利用该技术开发了用于精细化学品市场的蛋白质催化剂。精细化学品市场由几个大型垂直市场组成，包括食品和食品配料、动物饲料、香料、香料和农用化学品。

我们也开始使用CodeEvolver^®蛋白质工程技术平台为我们的客户和我们自己的业务开发早期的新型生物治疗产品候选产品，最著名的是我们在人类苯丙酮尿症(“PKU”)潜在治疗方面的领先项目。PKU是一种遗传性代谢障碍，其中将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶缺乏。2017年10月，我们与Nestec Ltd签订了全球开发、选项和许可协议(“雀巢协议”)。雀巢健康科学公司(“NestléHealth Science”)将推出CDX-6114，这是我们用于潜在治疗PKU的酶生物治疗产品的候选产品。2019年2月，雀巢健康科学行使其选择权，获得开发和商业化CDX-6114的独家许可。

2018年4月，我们与Porton Pharma Solutions，Ltd.签订了战略协议(“Porton协议”)。(“Porton”)来许可我们的CodeEvolver的关键元素^®蛋白质工程技术平台为Porton的全球定制中间体和活性药物成分(“API”)开发和制造业务提供了技术支持。这使我们能够接触到各种各样的中小型制药客户。

我们还在使用我们的技术为客户开发酶，使用下一代测序(“NGS”)和聚合酶链反应(“PCR/qPCR”)离体分子诊断和基因组研究应用。我们用于此应用的第一种酶是一种DNA连接酶，我们于2018年开始向客户销售该酶。

2019年5月，我们签订了平台技术转让和许可协议(诺华代码进化^®协议“)与诺华制药股份公司(”诺华“)。诺华CodeEvolver^®协议允许诺华公司使用Codexis公司的专有CodeEvolver^®·人类保健领域的蛋白质工程平台技术。

以下是我们业务部门的简要说明(请参阅附注13，“部门，地理和其他收入信息”)：

性能酶

我们最初将CodeEvolver商业化^®蛋白质工程技术平台和产品在药品市场，到目前为止，这仍然是我们服务的最大市场。我们的客户，包括许多大型全球制药公司，在他们的制造流程和流程开发中使用我们的技术、产品和服务。我们还利用这项技术开发了定制的酶，用于其他工业市场。这些市场由几个大型工业垂直市场组成，包括食品和食品配料、动物饲料、香料、香料和农药。我们还使用我们的技术为使用NGS和PCR/qPCR的客户开发酶离体分子诊断和分子生物学研究应用。

新型生物治疗学

我们还瞄准了制药业的新机会，以发现、改进和/或开发生物治疗药物候选药物。我们相信我们的CodeEvolver^®蛋白质工程平台技术可用于发现新的生物治疗候选药物，这些候选药物将针对需要改进治疗干预的人类疾病。同样，我们相信我们可以部署我们的平台技术来改善客户预先存在的生物治疗候选药物的特定特征，例如其活性、稳定性或免疫原性。最值得注意的是我们在人类中潜在治疗PKU的牵头项目。PKU是一种遗传性代谢障碍，其中将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶缺乏。2017年10月，我们宣布与雀巢健康科学公司(NestléHealth Science)进行战略合作，以推进我们自己的新型口服可用酶治疗候选药物CDX-6114，用于潜在的PKU治疗。2018年7月，我们宣布我们已经在澳大利亚进行的首次人体1a期剂量升级试验中对第一批受试者进行了CDX-6114剂量升级试验。2018年11月，我们公布了使用CDX-6114的健康志愿者1a期研究的主要结果。2018年12月，雀巢健康科学公司有义务向我们额外支付$1.0百万在.内60日数在实现与CDX-6114配方有关的里程碑之后。2019年1月，我们收到美国食品和药物管理局(“FDA”)的通知，它已经完成了对CDX-6114的研究性新药申请(“IND”)的审查，并得出结论，我们可以在美国健康志愿者中进行拟议的1b期多次递增剂量研究。2019年2月，雀巢健康科学行使其选择权，为全球开发和商业化用于管理北京大学的CDX-6114获得独家的、全球性的、含版税的、可转许可的许可证。作为期权行使的结果，我们赢得了一个里程碑并获得了认可$3.0百万2019年第一季度的收入。在行使选择权后，雀巢健康科学公司承担了CDX-6114未来临床开发和商业化的所有责任，但CDX-6114-004扩展研究的完成除外，该研究已于2019年第三季度基本完成。

我们还开发了一系列其他生物治疗药物候选药物，这些药物正处于临床前开发阶段，我们预计将继续进行额外投资，以期推动针对其他治疗领域的其他候选产品。

最近的融资活动

2019年6月，我们与Casdin Capital，LLC(“Casdin”)的关联公司签订了证券购买协议，根据该协议，我们向Casdin发行并出售3,048,780我们普通股的股票，购买价为$16.40每股(“非公开发售”)。扣除发行成本后$0.1百万从非公开发行中，我们的净收益是$49.9百万好的。有关进一步详情，请参阅我们未经审计的简明综合财务报表的附注10，“资本存量”。

注2.重大会计政策提出和总结的依据

呈报依据和合并原则

随附的未经审计的简明综合财务报表是根据美国公认会计原则(“GAAP”)和证券交易委员会(“SEC”)有关中期财务信息的适用规则和规定编制的。因此，它们不包括GAAP要求的完整财务报表所需的所有信息和附注。这些中期未经审计的简明综合财务报表应与我们在截至年度的Form 10-K年度报告中所包含的经审计的综合财务报表及其附注一起阅读2018年12月31日好的。简明综合资产负债表2018年12月31日已从该日经审计的综合财务报表得出，但不包括GAAP要求的所有披露，包括完整财务报表所需的附注。编制未经审计的简明综合财务报表时使用的重要会计政策截至2019年9月30日的3个月和9个月与本公司2018年年度报告Form 10-K中经审核综合财务报表附注2中讨论的内容一致，并根据需要在下文进行更新。

未经审计的简明综合财务报表是在与经审计的综合财务报表相同的基础上编制的，管理层认为，这些报表反映了所有正常经常性性质的调整，这些调整被认为是公平呈现我们截至#年的财务状况所必需的。2019年9月30日，我们的行动结果截至2019年9月30日的3个月和9个月和2018，股东权益的变化截至2019年9月30日的3个月和9个月和2018和现金流截至2019年9月30日的9个月和2018好的。中期结果不一定表示任何未来过渡期或全年的结果。会计标准更新(“ASU”)2016-02，“租赁(主题842)”(“ASC 842”)建立了一个使用权(“ROU”)模型，该模型要求承租人在资产负债表上记录所有期限超过12个月的租赁的使用权资产和租赁义务。有关采用ASU 2016-02的详情，请参阅“最近采用的会计声明”，该声明于2019年1月1日生效。

未经审计的中期简明综合财务报表包括Codexis公司的账目。及其在美国、印度和荷兰的全资子公司。所有重要的公司间余额和交易都已在合并中消除。

预算的使用

根据GAAP编制财务报表要求管理层作出影响资产和负债报告金额的估计和假设，披露未经审计的简明综合财务报表日期的或有负债，以及报告期内报告的收入和支出金额。我们定期评估这些估计，这些估计主要影响收入确认、应收账款、库存、有价证券的估值、业务收购产生的商誉、应计负债、股票奖励以及与递延税项资产相关的估值津贴。实际结果可能与这些估计不同，这些差异对未经审计的简明综合财务报表可能是重要的。

分部报告

我们报告二业务部门，性能酶和新型生物疗法，这些都是基于我们的运营部门。运营部门被定义为企业的组成部分，其具有独立的财务信息，由首席运营决策者(“CODM”)或决策小组定期评估，以决定如何分配资源和评估绩效。我们的CODM是我们的首席执行官。我们的业务部门主要基于CODM在评估绩效和为公司分配资源时使用的组织结构和运营结果。我们不会按部门分配或评估资产。

新的生物疗法部分侧重于制药业的新机遇覆盖或改进针对需要改进治疗干预措施的人类疾病的新型生物治疗候选药物。性能酶部门包括蛋白质催化剂产品和服务，重点是制药、食品、分子诊断和其他工业市场。

租约

我们在开始时确定安排是否为租约。经营租赁包括在我们的资产负债表上的使用权(“ROU”)租赁资产、租赁义务的当期部分和长期租赁义务中。

ROU租赁资产代表吾等在租赁期内使用标的资产的权利，而租赁义务代表吾等因租赁而支付租赁款项的义务。经营ROU租赁资产和义务在开始日期根据未来最低租赁付款在租赁期内的现值确认。由于我们的租赁没有提供隐含利率，因此我们使用基于生效日期可用信息的增量借款利率来确定租赁付款的现值。租赁条款可能包括在合理确定将行使期权时延长或终止租赁的选项。租赁费用在租赁期内以直线方式确认。我们选择适用短期租赁计量和确认豁免，其中ROU资产和租赁义务不被确认为短期租赁。

近期会计公告

最近通过的会计公告

2016年2月，FASB发布了ASU 2016-02，“租赁(主题842)”(“ASC 842”)，旨在通过要求承租人确认资产负债表上的租赁并披露有关租赁安排的关键信息来改善租赁交易的财务报告。主题842随后被ASU No.2018-01，“向主题842过渡的土地地役权实用权宜之计”；ASU 2018-10，“对ASC 842的编纂改进，租赁”；以及ASU 2018-11，“租赁(主题842)：有针对性的改进”进行了修改。新标准建立了使用权(“ROU”)模型，要求承租人在资产负债表上记录ROU资产和租赁义务，用于所有期限超过12个月的租赁。租赁被分类为财务或经营，分类影响简明综合经营报表中费用确认的模式和分类。我们在2019年1月1日采用了新标准，采用了改进的追溯方法和生效日期方法。我们还选择了“实用权宜之计组合”，允许我们在新标准下不重新评估其先前关于租赁识别、租赁分类和初始直接成本的结论。我们没有选择关于土地地役权的后见之明或实际权宜之计；后者不适用于我们。在采用时，对于经营租赁，我们承认$26.6百万1/1的ROU资产和$27.6百万租赁义务的现值，它代表使用我们的增量借款利率(“IBR”)贴现的租赁付款的现值6.6%好的。对于融资租赁，我们承认$0.5百万ROU资产和$0.3百万租赁义务的现值，它代表使用加权平均隐含利率贴现的租赁付款的现值5.0%好的。这些金额于2019年第一季度记录在我们未经审计的简明综合资产负债表中。

2018年2月，“FASB”发布了“ASU”2018-02号，“损益表-报告全面收益(主题220)-累积其他全面收益的某些税收影响的重新分类”。该标准允许对因减税和就业法案造成的滞留税收影响而从累积的其他综合收益到留存收益进行重新分类，并要求披露有关滞留税收影响的某些信息，并将从2019年1月1日起对我们生效，并且应在采用期间或追溯适用。我们于2019年第一季度采用ASU 2018-02，该采用对我们未经审计的简明综合财务报表没有影响。

2018年6月，FASB发布了ASU 2018-07，“薪酬-股票薪酬(主题718)：对非员工股份支付会计的改进”，其中扩大了主题718，薪酬-股票薪酬(目前仅包括对员工的股票支付)的范围，以包括为商品或服务向非员工发放的股票支付。因此，对非雇员和雇员的股份支付的会计将大幅一致。ASU取代Subtopic 505-50，·Equity-对非员工的基于权益的支付。新标准在2018年12月15日之后的财年生效，允许提前采用。我们在2019年第一季度采用ASU 2018-07，该采用对我们未经审计的简明综合财务报表没有影响。

2018年7月，FASB发布了ASU 2018-09“编码改进”，代表着澄清、纠正编码中的错误或对编码进行细微改进的更改，消除了不一致之处，并在当前指南中提供了澄清。本ASU中的修订包括：副题220-10，损益表-报告全面收入；副题470-50，·债务-修改和消灭；·副题480-10，“区分负债与股权--整体；·副题718-740，”补偿-股票补偿--所得税；“副题805-740，企业合并--所得税；”副题815-10，“衍生产品和对冲--整体”；“副题820-10，”公平“。和Subtopic 962-325，·计划会计-确定的缴费养老金计划-投资-其他。·过渡和生效日期指导是基于每项修正案的事实和情况。有些修正案不需要过渡指导，并将于

发行。然而，许多修正案确实有过渡指导，对于公共业务实体，生效日期为2018年12月15日之后的年度期间。我们在ASU 2018-09下采用了适用于我们公司的子主题，其中包括2019年第一季度的子主题718-740和820-10，采用这些子主题对我们未经审计的简明综合财务报表没有影响。

最近发布的尚未采用的会计公告

在指定的生效日期，FASB或我们采用的其他准则制定机构会不时发布新的会计公告。除非另行讨论，否则我们相信最近发布的尚未生效的准则的影响不会对我们的未经审计的简明综合财务报表产生重大影响。

2016年6月，FASB发布了ASU 2016-13“金融工具-信用损失(主题326)：金融工具信用损失的计量”，修改了FASB关于金融工具减值的指南。该标准增加了一个新的减值模型(称为“当前预期信用损失模型”)，该模型基于预期损失而不是发生的损失。ASU 2016-13适用于截至2019年12月15日之后的年度报告期，包括该会计年度内的过渡期。允许在2018年12月15日之后的财年(包括这些财年内的过渡期)提前采用。我们目前正在评估采用ASU 2016-13对我们的财务报表和相关披露的影响。

2017年1月，FASB发布了ASU No.2017-04，“无形资产-商誉和其他(主题350)：简化商誉减值测试”。修正案将步骤2从商誉减值测试中删除。年度或中期商誉减值测试是通过比较报告单位的公允价值与其账面值进行的。应确认账面金额超过报告单位公允价值的金额的减值费用，但确认的损失不应超过分配给报告单位的商誉总额。此外，在计量商誉减值损失时，应考虑任何可扣税商誉对申报单位账面值的所得税影响(如适用)。修正案还取消了对账面值为零或负的任何报告单位进行定性评估的要求，如果未能通过定性测试，则执行商誉减值测试的步骤2。实体仍有权选择对报告单位进行定性评估，以确定是否需要进行定量减值测试。新标准在2019年12月15日之后的财年生效，允许提前采用。我们目前正在评估采用ASU 2017-04对我们的财务报表和相关披露的影响。

2018年8月，FASB发布了ASU 2018-13，“公允价值计量(主题820)：披露框架-公允价值计量披露要求的变化”。“ASU”2018-13“的主要重点是提高公允价值计量的披露要求的有效性。这些变化影响到所有需要包括公允价值计量披露的公司。一般来说，从2019年12月15日之后开始，2018年至13年的修订对所有实体的财年和这些财年内的过渡期都有效。允许提前收养。我们目前正在评估采用ASU 2018-13对我们的财务报表和相关披露的影响。

2018年11月，FASB发布ASU 2018-18，“协作安排(主题808)：澄清主题808和主题606之间的交互。”ASU 2018-18就如何评估协作安排参与者之间的某些交易是否应计入收入确认标准提供了指导。ASU还在协作安排参与者之间的某些交易的收入显示方面提供了更多的可比性。一般而言，对于上市公司，本标准中的修订对2019年12月15日之后的财年以及该财年内的过渡期有效。允许提前收养。我们目前正在评估采用ASU 2018-18对我们财务报表的影响。

注3.收入确认

收入分类

下表提供了有关与客户签订合同的分类收入、产品和服务的性质以及地理区域的信息，并包括分类收入与可报告部门的对账。跟踪的地理区域包括美洲(美国、加拿大、拉丁美洲)、EMEA(欧洲、中东、非洲)和APAC(澳大利亚、新西兰、东南亚、中国)。



	截至2019年9月30日的三个月						截至2018年9月30日的三个月
(千)	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计
主要产品和服务：
···产品收入	$	10,351	$	—	$	10,351	$	8,405	$	—	$	8,405
研发收入	10,073		1,482		11,555		3,720		4,821		8,541
总收入	$	20,424	$	1,482	$	21,906	$	12,125	$	4,821	$	16,946

主要地理市场：
美洲	$	2,706	$	—	$	2,706	$	4,315	$	—	$	4,315
EMEA	10,723		1,482		12,205		1,453		4,821		6,274
APAC	6,995		—		6,995		6,357		—		6,357
总收入	$	20,424	$	1,482	$	21,906	$	12,125	$	4,821	$	16,946



	截至2019年9月30日的9个月						截至2018年9月30日的9个月
(千)	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计
主要产品和服务：
···产品收入	$	24,588	$	—	$	24,588	$	18,291	$	—	$	18,291
研发收入	16,512		8,708		25,220		15,728		10,507		26,235
总收入	$	41,100	$	8,708	$	49,808	$	34,019	$	10,507	$	44,526

主要地理市场：
美洲	$	9,620	$	—	$	9,620	$	13,968	$	—	$	13,968
EMEA	15,964		8,708		24,672		4,568		10,507		15,075
APAC	15,516		—		15,516		15,483		—		15,483
总收入	$	41,100	$	8,708	$	49,808	$	34,019	$	10,507	$	44,526

合同余额

下表显示了合同资产、未开单应收款、合同成本和合同负债的变化(以千为单位)：



	2019年1月1日余额		加法	扣减⁽¹⁾		2019年9月30日余额
合同资产	$	35	7,142	(5,984	)	$	1,193
未开单应收款，当期	$	1,916	4,189	(3,788	)	$	2,317
未开单应收帐款，非流动⁽²⁾	$	786	—	(786	)	$	—
合同费用⁽²⁾	$	42	—	(41	)	$	1
合同负债：递延收入	$	8,288	6,486	(11,498	)	$	3,276

⁽¹⁾ 资产或负债馀额作为每个合同的净头寸列示，因此，扣除栏包括按净头寸基准将每一合同作为净负债或资产列示的净额效应。

⁽²⁾ 包括在我们未经审计的简明综合资产负债表中的非流动资产中。

我们有不与合同资产相关的资产减值费用截至2019年9月30日的3个月和9个月.

在.期间截至2019年9月30日的3个月和9个月，我们确认了以下收入(以千为单位)：



在以下期间确认的收入：	截至2019年9月30日的三个月		截至2019年9月30日的9个月
期初合同负债中包括的金额：
已履行履行义务	$	5,092	$	4,948
期间的更改：
分配给前期履行义务的估计交易价格的变化	2,641		2,460
履行期间新活动履行的义务--合同收入	14,173		42,400
总收入	$	21,906	$	49,808

履行义务

下表包括与报告所述期间结束时未履行或部分未履行的履约义务有关的预计未来确认的估计收入。估计收入不包括原始期限为一年或一年以下的合同，可归因于版税的可变对价金额，或截至目前尚未执行的合同续订2019年9月30日.

下表中的余额部分基于在根据各自合同行使重大权利的情况下估计客户未来订单所涉及的判断。



(千)	2019年剩余时间		2020		2021年及以后		总计
产品收入	$	—	$	365	$	1,623	$	1,988
研发收入	1,288		—		—		1,288
总计	$	1,288	$	365	$	1,623	$	3,276

注4.每股净收益(亏损)

每股基本净收入(亏损)的计算方法是将净收入(亏损)除以已发行普通股的加权平均数，减去可能被没收的限制性股票奖励(“RSA”)。每股摊薄净收入(亏损)的计算方法是，将净收入(亏损)除以已发行普通股的加权平均数，减去将被没收的RSA，加上本应发行的所有额外普通股，假设已经为其他摊薄证券发行了潜在的摊薄普通股。对于净亏损期间，稀释后每股净亏损和基本每股净亏损是相同的，因为潜在普通股被排除在计算之外，因为它们的影响是反稀释的。

下表列出了基本净收益(亏损)和稀释后每股净收益(亏损)的计算方法。截至2019年9月30日的3个月和9个月和2018(以千为单位，每股金额除外)：



	截至9月30日的三个月，					截至9月30日的9个月，
	2019		2018			2019			2018
分子：
净收益(损失)	$	343	$	(1,988	)	$	(11,300	)	$	(10,417	)
分母：
用于计算每股净收益(亏损)的加权平均普通股，基本	58,287		53,597			55,818			51,609
摊薄股份的影响	3,125		—			—			—
用于计算每股净收益(亏损)的加权平均普通股，稀释后	61,412		53,597			55,818			51,609
每股净收益(亏损)，基本	$	0.01	$	(0.04	)	$	(0.20	)	$	(0.20	)
每股净收益(亏损)，稀释后	$	0.01	$	(0.04	)	$	(0.20	)	$	(0.20	)

抗稀释证券

在计算稀释后每股净收益(亏损)时未考虑以下股份，因为它们的影响是反稀释的(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，		截至9月30日的9个月，
	2019	2018	2019	2018
根据股权激励计划下未支付的股权奖励可发行的普通股	1,019	7,607	5,623	7,607

注5.协作安排

GSK平台技术转让、合作和许可协议

2014年7月，我们进入了CodeEvolver^®蛋白质工程平台技术转让合作和许可协议(GSK CodeEvolver^®协议“)与葛兰素史克(”GSK“)。根据协议条款，我们授予GSK使用CodeEvolver的非排他性许可^®蛋白质工程平台技术将开发用于葛兰素史克制药和保健产品制造的新型酶。

我们在2014年7月执行协议时收到了预付款，并收到了2014至2016年4月期间每年的里程碑付款。我们完成了CodeEvolver的传输^®蛋白质工程平台技术于2016年4月转让给GSK，截至2016年4月，与技术转让相关的所有收入均已确认。我们有可能收到额外的累积或有付款，范围从$5.75百万致$38.5百万基于GSK成功应用许可技术的每个项目。我们还有资格根据GSK使用我们的CodeEvolver开发的有限系列产品的净销售额(如果有的话)收取版税^®蛋白质工程平台技术。

2019年9月，我们收到GSK的通知，这是一个里程碑，与GSK使用我们的CodeEvolver开发的一种酶的进展有关^®蛋白质工程平台技术已经实现，触发了$2.0百万从GSK向Codexis的里程碑付款。我们确认收入为$2.0百万对于里程碑付款截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与零为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别作为研发收入。

默克平台技术转让和许可协议

2015年8月，我们进入了CodeEvolver^®平台技术转让合作和许可协议(“Merck CodeEvolver^®协议“)与默克、夏普和Dohme(”默克“)达成协议，允许默克使用CodeEvolver^®蛋白质工程技术平台在人和动物保健领域。

我们在执行Merck CodeEvolver时收到了预付的许可费^®协议，以及2015年9月和2016年9月的里程碑付款，当时我们完成了工程平台技术的转让。此外，我们确认研发收入为$1.0百万和$3.0百万为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与$1.1百万和$3.0百万为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别为我们合作安排下的各种研究项目。

我们有可能收到最高达$15.0百万对于由Merck使用由Merck使用CodeEvolver开发的一种或多种新型酶制造的每一种商业活性药物成分(“API”)^®蛋白质工程技术平台。这些潜在的API付款基于默克开发和制造的API数量，并将被确认为基于使用的版税。我们认识到零基于使用的版税截至2019年9月30日的3个月和9个月.

2019年1月，我们对Merck CodeEvolver进行了修订^®我们安装某些CodeEvolver的协议^®蛋白质工程技术升级为默克的平台许可证。根据协议，我们将在多年内维护这些升级。我们确认研发收入为$0.1百万和$1.0百万为.截至2019年9月30日的3个月和9个月分别根据修正案。

默克Sitagliptin催化剂供应协议

2012年2月，我们进入了五-一年与默克签订的Sitagliptin催化剂供应协议(“Sitagliptin催化剂供应协议”)，据此默克可以获得商业规模的物质，用于Januvia的制造^®，其产品以活性成分sitagliptin为基础。2015年12月，默克根据Sitagliptin Catalyst供应协议的条款行使了选择权，将协议延长至额外的五年到2022年2月。

自2016年1月起，我们和默克修订了Sitagliptin催化剂供应协议，前瞻性地规定了基于默克购买的Sitagliptin催化剂的累计数量的可变定价，并允许默克从指定的第三方供应商处购买一定百分比的Sitagliptin催化剂需求。默克从2018年1月1日起获得了一份独特的功能性许可证，可以生产部分需求，我们将其确认为研发收入。根据这个协议，我们承认不研发收入截至2019年9月30日的3个月和9个月，与零和$1.3百万·对于截至2018年9月30日的3个月和9个月分别为。

我们已经确定，可变定价(根据默克购买的sitagliptin催化剂的累计数量提供折扣)为默克提供了物质权利，我们正在使用替代方法确认产品收入。在另一种方法下，我们估计总的预期代价，并将其与预期销售额成比例分配。

Sitagliptin催化剂供应协议要求默克公司在Sitagliptin催化剂供应协议的期限内，每年为Sitagliptin技术的权利支付年费。年度许可费的数额基于合同商定的价格，并且在合同期限内呈递减趋势。

我们有来自默克的递延收入余额零在…2019年9月30日和$3.6百万在…2018年12月31日好的。此外，根据Sitagliptin催化剂供应协议的条款，我们承认$3.6百万和$11.4百万为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与$3.4百万和$10.7百万为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别在本协议项下的产品收入中。

酶供应协议

2016年11月，我们签订了一项供应协议，根据该协议，我们的客户可以购买大量我们的专有酶，用于产品的商业制造。根据供货协议，我们收到了一笔预付款$0.8百万在2016年12月，我们因此将其记录为递延收入。这种预付款将在供应协议期间确认，因为客户购买了我们的专有酶。此外，我们还确定了供应协议下的数量折扣为客户提供了物质权利，我们正在使用替代方法确认收入。自.起2019年9月30日和2018年12月31日，我们已经递延了来自……的供应协议的收入。$2.0百万.

研发协议

2017年3月，我们与Tate&Lyle Components America LLC(“Tate&Lyle”)签订了一项多年研究和开发服务协议，以开发用于生产Tate&Lyle的零卡路里Tasteva的酶^®甜叶菊甜味剂。根据协议，我们收到了一笔预付款$3.0百万，在服务期的最长期限内按比例确认21月份。从2018年1月1日开始，我们使用单一进度指标确认收入，该指标描述了我们在转移服务方面的表现。在2018年第二季度，Tate&Lyle选择获得我们在2018年6月30日之前完成的其他开发服务，我们在服务完成后获得了里程碑式的付款。我们确认收入为零和$50千人为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与$1.3百万和$7.1百万为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别用于研究和开发服务的研究和开发协议。

Global Development，Option and License Agreement和Strategic Collaboration Agreement

2017年10月，我们与Nestec Ltd签订了全球开发、选项和许可协议(“雀巢协议”)。NestléHealth Science S.A.(“雀巢健康科学”)，并仅为了雀巢协议的整合和争议解决条款的目的，雀巢健康科学S.A.推进我们的酶生物治疗产品候选CDX-6114，用于潜在的PKU治疗。

我们收到了一笔预付的现金$14.0百万在执行雀巢协议时，$4.0百万在首次人体1a期剂量升级试验中对第一个受试者进行CDX-6114剂量升级试验后，进行里程碑付款$1.0百万里程碑付款完成与CDX-6114制定相关的里程碑。这个$4.0百万·由启动试验触发的里程碑付款于2018年9月收到，$1.0百万2019年2月收到了因达成与CDX-6114有关的配方而触发的里程碑式付款。预付款和与项目进度付款相关的可变对价$4.0百万#和里程碑付款$1.0百万随着开发工作的进行，随着时间的推移而得到认可。收入是使用描述我们在转让服务控制权方面的表现的单一进度指标进行确认的，该指标基于迄今为止所发生的努力水平与完成协议下所有履行义务所需的总估计努力水平的比率。我们确认开发费为$0.1百万和$1.8百万为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与$3.7百万和$8.1百万为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别作为研发收入。我们已经递延了与里程碑付款和预付款有关的开发费收入$50千人在…2019年9月30日和$1.9百万在…2018年12月31日.

2019年1月，我们收到FDA的通知，它已经完成了对我们的CDX-6114的IND的审查，并得出结论，我们可以继续在美国健康志愿者中进行拟议的1b期多次递增剂量研究。2019年2月，雀巢健康科学行使其选择权，为全球开发和商业化用于管理北京大学的CDX-6114获得独家的、全球性的、含版税的、可转许可的许可证。期权付款$3.0百万在2019年第一季度被确认为研发费用。在行使选择权后，雀巢健康科学公司承担了CDX-6114未来临床开发和商业化的所有责任，但CDX-6114-004扩展研究的完成除外，该研究已于2019年第二季度基本完成。雀巢健康科学根据雀巢协议向我们支付的其他潜在款项包括(I)开发和批准里程碑最多$85.0百万，(Ii)以销售为基础的里程碑$250.0百万在合计中，如果净销售额超过，可以达到的合计金额是多少$1.0十亿在一年内，(Iii)分级的特许权使用费，百分比从中间的一位数到低的两位数，占产品净销售额的百分比。

除了雀巢协议，我们和雀巢健康科学同时签订了战略合作协议(“战略合作协议”)，根据该协议，我们和雀巢健康科学将合作利用CodeEvolver^®蛋白质工程技术平台为雀巢健康科学公司已建立的消费者保健和医疗营养业务领域开发新型酶。根据战略合作协议，我们收到了预付款$1.2百万在2017年和增量$0.6百万在2018年9月支付额外服务。我们确认研发费用为$1.4百万和$3.9百万为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与$1.2百万和$2.4百万为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别为。我们有递延收入$25千人和$0.8百万在…2019年9月30日和2018年12月31日分别为。

战略合作协议

2018年4月，我们与Porton签订了Porton协议，授权Codexis的Biocatalyst技术的关键要素用于Porton的全球定制中间件和API开发和制造业务。在波顿下面

根据协议，我们有资格获得年度协作费和研发收入。我们收到了初始协作费$0.5百万在.内30日数生效日期和$1.5百万自协议生效之日起一周年。我们在2018年第四季度完成了技术转让。与提供给Porton的功能许可证有关的收入是在许可证控制权转移给客户时确认的。

商业协议

2019年4月，我们与Tate&Lyle签订了一项多年商业协议，根据该协议，Tate&Lyle获得了独家许可，可以在生产Tate&Lyle的零卡路里甜味剂Tasteva中使用一套Codexis新型性能酶^®根据协议，我们将在多年内向Tate&Lyle提供对这些酶的需求，并获得甜叶菊产品的特许权使用费。

平台技术转让和许可协议

2019年5月，我们签订了平台技术转让和许可协议(诺华代码进化^®协议“)与诺华制药股份公司(”诺华“)。该协议允许诺华公司使用Codexis公司的专有CodeEvolver^®人类保健领域的蛋白质工程平台技术。根据诺华公司的CodeEvolver^®协议，我们将转让Codexis的专有CodeEvolver^®诺华蛋白质工程平台技术20月份·从我们开始技术转让的日期(“技术转让期间”)开始。作为这项技术转让的一部分，我们公司将向诺华Codexis公司的专有酶、专有蛋白质工程协议和方法以及专有软件算法提供。此外，Codexis和诺华的科学家团队将在加利福尼亚州雷德伍德城的Codexis实验室和瑞士巴塞尔的指定诺华实验室参加技术培训课程和合作研究项目。完成技术转让后，诺华将拥有CodeEvolver^®蛋白质工程平台技术安装在其指定的实验室。

根据协议，我们收到了一笔预付款$5百万诺华CodeEvolver生效日期后不久^®协议。我们有权获得额外的1美元$4百万·以令人满意地完成第二个技术转让里程碑为准，另外$5百万·在圆满完成第三个技术转让里程碑后。考虑到在技术转让期(“改善条款”)结束时开始的多年期间内继续披露和许可对Codexis技术和材料的改进，诺华公司将向Codexis支付相当于额外的“$8百万好的。Codexis还有可能为诺华公司使用一种或多种酶制造的每一种API收取数量相关的使用费，这些酶已使用CodeEvolver开发或正在开发中^®蛋白质工程平台技术在技术转让期结束时开始，到最后一项许可专利到期之日结束的期间。诺华使用CodeEvolver制造API的每个季度，诺华将向Codexis支付这些与产品相关的使用费(如果有的话)^®-开发了酶。使用费用将基于使用CodeEvolver产生的API的总量^®-开发了酶。这些使用费用可以在临床阶段开始，并将在每个API的商业生命周期中延长。预计将在20个月内发生的合并初始许可和技术转让的收入，正在使用描述我们在转让服务控制权方面的表现的单一进度衡量标准进行确认，这是基于迄今所发生的努力水平与完成与合并初始许可和技术转让相关的履行义务所需的总估计努力水平的比率。分配给未来改进的收入将在改进期限内确认。我们认识到$3.8百万在收入方面截至2019年9月30日的3个月和9个月来自诺华CodeEvolver^®协议。自.起2019年9月30日，我们有递延收入$1.2百万来自诺华CodeEvolver^®协议。

注6.现金等价物和有价证券

现金等价物和有价证券2019年9月30日在.2018年12月31日由以下内容组成(以千为单位)：



	2019年9月30日
	调整成本		未变现总额利得⁽³⁾		未变现总额损失⁽³⁾		估计数公允价值
货币市场基金⁽¹⁾	$	73,450	$	—	$	—	$	73,450



	2018年12月31日
	调整成本		未变现总额利得⁽³⁾		未变现总额损失⁽³⁾		估计数公允价值
货币市场基金⁽¹⁾	$	31,225	$	—	$	—	$	31,225
CO的普通股₂解决方案⁽²⁾	563		25		—		588
总计	$	31,788	$	25	$	—	$	31,813

⁽¹⁾货币市场基金在我们未经审计的简明综合资产负债表上分类为现金和现金等价物。

⁽²⁾CO的普通股₂解决方案在我们未经审计的简明综合资产负债表上被归类为股权证券。

⁽³⁾由于采用了ASU 2016-01，“金融工具--总体(副主题825-10)：金融资产和金融负债的确认和计量“，2018年及以后，与我们对CO的投资有关的未实现收益总额和未实现损失总额₂·在我们未经审计的简明综合经营报表中，解决方案在其他费用中得到确认。

自.起2019年9月30日，现金和现金等价物的总余额为$92.1百万“是由”的货币市场基金组成的。$73.5百万和现金$18.6百万与全球主要金融机构举行。截至#月2018年12月31日，现金和现金等价物的总余额为$53.0百万“是由”的货币市场基金组成的。$31.2百万和现金$21.8百万与全球主要金融机构举行。

2009年12月，我们购买了10,000,000·CO的普通股₂解决方案公司是一家总部位于加拿大魁北克的公司，其股票在加拿大多伦多证券交易所风险交易所公开交易至2019年9月17日，目前在NEX板上市，后者是多伦多证券交易所的独立板。我们的购买大约代表了16.6%CO的₂在投资时，解决方案公司已发行的全部普通股，是在私募中进行的，其主题是四-月法定转售限制。此限制于2010年4月15日到期。我们对CO的投资₂·解决方案按其公允价值记录。见附注7“公允价值计量”。至#2019年9月30日，我们得出结论，我们没有能力对CO施加重大影响₂·解决方案的运营和财务政策。

在截至2019年9月30日的季度中，我们销售了1.3百万我们在CO投资的普通股₂解决方案和收到的收益$0.1百万好的。在2019年9月30日，我们审查了我们对CO普通股的投资₂·解决方案。与CO并发₂解决方案公司宣布根据“破产和破产法案”(加拿大)提交申请，其股权证券交易暂停，截至2019年9月30日没有可观察到的市场定价。我们评估了投资的公允价值，并决定将投资减记至零好的。在此之前，我们使用容易量化的市场数据来评估投资的公允价值。我们认出了一个$0.4百万和一个$0.5百万损失，分别在截至2019年9月30日的3个月和9个月好的。亏损计入其他费用，净额在未经审计的简明综合经营报表中。

我们承认损失了$25千人和$20千人，分别在截至2018年9月30日的3个月和9个月该损失计入未经审计的简明综合经营报表的其他费用净额中。2018年1月1日，我们通过了ASU 2016-01。在被收养后，我们重新分类了。$0.5百万从累计其他综合亏损到期初累计赤字，我们投资的未实现净亏损。

注7.公允价值计量

下表列出了按公允价值定期计量的金融工具2019年9月30日和2018年12月31日按公允价值层次结构中的级别(以千为单位)：



	2019年9月30日
	1级		2级		3级		总计
货币市场基金	$	73,450	$	—	$	—	$	73,450



	2018年12月31日
	1级		2级		3级		总计
货币市场基金	$	31,225	$	—	$	—	$	31,225
CO的普通股₂解决方案	588		—		—		588
总计	$	31,856	$	—	$	—	$	31,813

我们使用相同资产在活跃市场中的报价来确定一级资产的公允价值。2018年12月31日，我们估计了我们投资的公允价值。10,000,000·CO的普通股₂·使用在多伦多证券交易所风险交易所交易确定的普通股市场价值的解决方案，我们对CO的投资进行了分类₂·公允价值层次结构中的解决方案为1级2018年12月31日使用活跃市场中的报价来确定其公允价值。

在截至2019年9月30日的季度中，我们回顾了我们对CO普通股的投资₂解决办法。与CO并发₂解决方案公司宣布根据“破产和破产法案”(加拿大)提交申请，其股权证券交易暂停，截至2019年9月30日没有可观察到的市场定价。我们评估了投资的公允价值，并决定将投资减记至零好的。我们认出了一个$0.4百万和一个$0.5百万损失，分别在截至2019年9月30日的3个月和9个月在其他费用中，未经审计的简明综合经营报表净额。有关信息，请参阅注释6。“现金等价物和有价证券”。

注8.资产负债表明细

盘存

库存包括以下(以千为单位)：



	2019年9月30日		2018年12月31日
原料	$	7	$	165
在制品	52		47
成品	338		377
···	$	397	$	589

财产和设备，净额

财产和设备，净额由以下(以千为单位)组成：



	2019年9月30日			2018年12月31日
实验室设备	$	23,266		$	21,328
租赁改良	10,899			10,359
计算机设备和软件	3,806			3,954
办公设备和家具	1,461			1,272
在建	488			939
财产及设备	39,920			37,852
减少：累计折旧和摊销	(33,679		)	(33,093		)
财产和设备，净值	$	6,241		$	4,759

商誉

商誉的账面价值约为$3.2百万自.起2019年9月30日和2018年12月31日.

其他应计负债

其他应计负债包括以下(以千为单位)：



	2019年9月30日		2018年12月31日
应计采购	$	3,894	$	1,492
应计专业和外部服务费	1,833		2,020
递延租金	—		343
租赁激励义务	—		425
其他	455		575
···	$	6,182	$	4,855

注9.以股票为基础的薪酬

股权激励计划

2019年6月，我们的董事会(“董事会”)和股东批准了2019年激励奖励计划(“2019年计划”)。2019年计划完全取代并取代了我们在2010年3月生效的2010年股权激励计划(“2010计划”)，2010计划下不会再授予任何奖励；但是，2010计划的条款和条件将继续管理其下的任何未完成的奖励。

根据2019年计划，我们可供发行的普通股的数量等于(I)7,897,144股份，以及(Ii)根据2010年计划授予的、截至2019年4月22日尚未支付的任何股份，此后终止、到期、失效或被没收；前提是不超过14,000,000股票可在行使激励性股票期权(“ISO”)时发行。2019年6月8.1百万根据2019年计划授权发行的股票根据1933年修订的“证券法”(“证券法”)进行登记。

2019年计划规定向本公司或任何母公司或子公司的合资格雇员和顾问以及董事会成员授予股票期权，包括激励股票期权和非合格股票期权、股票增值权、限制性股票、限制性股票单位、其他股票或现金奖励和股息等价物。

2010年计划规定向我们的员工、非雇员董事和顾问授予激励性股票期权、非法定股票期权、限制性股票单位(“RSU”)、限制性股票奖励(“RSA”)、业绩限制股票单位(“PSU”)、基于业绩的期权(“PBO”)、股票增值权和股票购买权。

股票期权

激励股票期权的期权行使价格至少为100%我们普通股在授予日的公允价值和非法定股票期权的期权行使价格至少是85%董事会决定，我们普通股在授予日的公允价值的公允价值。如果在授予时，选择权人直接或通过归属拥有超过10%在我们所有已发行股本的总投票权中，这些期权的行使价格必须至少是110%基础普通股的公允价值。授予员工的股票期权通常有最长期限10年数和背心四自授予之日起的一年期间，其中25%一年后的背心，以及75%在剩下的三年内每个月都会收到一件背心。我们可能会不时以不同的归属条款授予期权。除非雇员因残疾或死亡而终止服务，否则在终止服务时，任何未行使的既得期权将于三个月结束或期权期满时丧失，两者以较早者为准。

受限股票单位(RSU)

我们还授予员工RSU，这些RSU通常归属于三一年期间，三分之一的股份须受RSU的规限，于归属开始日期的每一年周年日或以上归属四年度期间25%受RSU约束的股份于归属开始日期的每个年度周年日归属，在每种情况下取决于该雇员在该归属日期的持续服务。如果雇佣在归属限制解除之前终止，RSU通常会被没收。我们可能会不时给予RSU不同的归属条款。

基于业绩的限制性股票单位(PSU)和基于业绩的期权(PBO)

董事会薪酬委员会仅就非执行员工批准，并将批准PSU授予我们的首席执行官的权力。董事会薪酬委员会还批准向我们的高管授予PBO和PSU。PSU和PBO授予的依据是在指定时限内成功实现某些公司运营里程碑以及在适用的归属日期内继续受雇。当绩效目标被认为这些类型的奖励有可能实现时，基于股票的薪酬费用开始确认。一旦确定了有资格归属的股份数量，这些股份就归属于二等额分期付款50%成就者归属及剩余者50%在成就一周年时归属，在每种情况下，受赠人在适用的归属日期内继续服务。如果业绩目标在阈值水平实现，则有资格就PSU和PBO归属的股份数量将等于授予的PSU数量的一半，以及作为PBO基础的股份数量的四分之一。如果业绩目标在目标水平上实现，则有资格就PSU和PBO归属的股份数量将等于授予的PSU数量和以PBO为基础的股份的一半。如果业绩目标在上级实现，则有资格归属PSU的股份数量将等于授予的PSU数量的两倍，并等于授予的PBO数量。在PSU和PBO的阈值和目标水平之间或PSU的目标水平和上级水平之间的绩效目标实现时可发行的股份数量将使用线性插值来确定。低于阈值水平的成绩将导致不有资格归属PSU和PBO的股份。

在2019年第一季度，我们授予PSU(“2019PSU”)和PBO(“2019PBO”)，每一项都基于实现各种加权绩效目标(包括收入增长、生物疗法的战略进展、现金余额和战略计划制定)而开始归属。自.起2019年9月30日，我们估计2019年PSU和2019年PBO性能目标将在以下时间实现113%目标水平，并相应确认费用。

2018年，我们授予PSU(“2018 PSU”)和PBO(“2018 PBO”)，每一项都基于实现各种加权绩效目标开始归属，包括核心业务收入增长、现金余额、新的许可合作、新的研发服务收入安排、技术进步和新型治疗酶进展。在2019年第一季度，我们确定2018年PSU和2018年PBO绩效目标已在118%目标水平，并相应确认费用。因此，2018年PSU和PBO相关股份的一半归属于2019年第一季度，2018年PSU和PBO相关股份的一半将于2020年第一季度归属，每种情况均取决于接收方在每个归属日期的持续服务。

2017年，我们授予PSU(“2017 PSU”)和PBO(“2017 PBO”)，每一项都基于实现各种加权绩效目标(包括收入增长、筹资、服务收入、新平台许可收入和生物治疗管道的战略推进)而开始归属。在2018年第一季度，我们确定2017年PSU和PBO绩效目标已在134.2%目标水平，并相应确认费用。因此，2017年PSU和PBO相关股份的一半归属于2018年第一季度，2017年PSU和PBO相关股份的一半归属于2019年第一季度，每种情况均取决于收件人在每个归属日期的持续服务。

股票补偿费用

以股票为基础的薪酬费用包括在未经审计的简明综合经营报表中，具体情况如下(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，				截至9月30日的9个月，
	2019		2018		2019		2018
研究与发展	$	458	$	552	$	1,249	$	1,555
销售，一般和行政	1,274		1,218		4,534		4,652
#	$	1,732	$	1,770	$	5,783	$	6,207

下表按证券类型列出了未经审计的简明综合经营报表中包括的基于股票的薪酬支出总额截至2019年9月30日的3个月和9个月和2018(单位：千)：



	截至9月30日的三个月，				截至9月30日的9个月，
	2019		2018		2019		2018
股票期权	$	545	$	472	$	1,680	$	1,482
RSU和RSA	461		416		1,308		1,293
PSU	368		407		1,075		1,251
PBO	358		475		1,720		2,181
#	$	1,732	$	1,770	$	5,783	$	6,207

自.起2019年9月30日，未确认的以股票为基础的补偿费用，扣除预期的没收，是$4.4百万与未归属的员工股票期权相关，$1.8百万与未归属的RSU和RSA相关，$0.8百万与未归属的PSU相关，以及$1.8百万根据当前对成就水平的估计，与未归属的PBO相关。这些奖励的股票薪酬费用将确认到2023年。

注10.股本

选择权的行使

为.截至2019年9月30日的9个月和2018年9月30日, 970,256和729,596股票分别于认购权行使时以加权平均行使价发行。$4.76和$5.92每股净现金收益分别为$4.6百万和$4.3百万分别为。

私募

2019年6月，我们与Casdin的关联公司签订了证券购买协议，根据该协议，我们向Casdin发行并出售3,048,780我们普通股(“股份”)的股份，购买价为$16.40每股。扣除发行成本后$0.1百万从非公开发行中，我们的净收益是$49.9百万.

2019年6月，我们还与Casdin签订了注册权协议(“注册权协议”)。根据注册权协议，吾等同意，在某些条件的规限下，如果吾等当时为“知名资深发行人”(若吾等当时并非“知名资深发行人”)，则吾等将于非公开发售结束后180天内向证券交易委员会(“SEC”)编制及提交登记声明，以登记股份的转售及作为股息或有关股份的其他分派而发行的任何普通股股份。吾等进一步同意(其中包括)向登记声明项下的销售持有人赔偿某些损失、索偿、损害及责任，并支付因履行或遵守吾等在注册权协议下的义务而发生的所有费用及开支(不包括承销折扣及销售佣金)。

根据证券法第4(A)(2)条和证券法下的D规则，对于不涉及任何公开发行的发行人的交易，根据证券法的豁免，私募发行被豁免注册。

注11.承诺和或有事项

经营租赁

我们的总部位于加利福尼亚州的红杉城，我们在那里占据了大约#。107,200平方英尺的办公室和实验室空间四大都会人寿保险公司(“大都会人寿”)同一商业区内的建筑物。我们与大都会人寿的租约(“租约”)包括约#美元。28,200·平方英尺的空间，位于加利福尼亚州雷德伍德市佩诺布斯科特大道200和220号(“佩诺布斯科特空间”)，约为37,900平方英尺的空间位于加利福尼亚州Redwood City的佩诺布斯科特大道400号(“建筑2空间”)，大约为11,200平方英尺的空间，位于加利福尼亚州Redwood City的501 Chesapeake Drive(“501 Chesapeake Space”)，大约为29,900平方英尺的空间，位于加利福尼亚州红杉市Saginaw Drive 101(“Saginaw Space”)。

我们于2004年与大都会人寿就该空间的一部分签订了初始租约，自那时以来，该租约已多次修改，以调整空间并修改租约条款。2016年10月的租赁修正案(“第七修正案”)免除了我们其中一幢楼宇的现有资产报废义务，并将租赁期延长至2022年1月。租约下空间的各种条款的到期日期范围为2020年1月至2022年1月。从2014年2月开始，我们将某些办公室和实验室空间分租给不同的分租户，并提供单独的分租选择。这些转租将于2019年11月30日和2020年1月31日到期。

2019年2月，我们与大都会人寿签订了租约第八次修订(“第八次修订”)，延长了Penobscot Space、Building 2 Space和Chesapeake Space的租约期限。88月份好的。萨吉诺空间的租约将于2020年1月到期。Penobscot Space和Building 2 Space的租赁条款的到期日期为2027年5月。501切萨皮克空间的租赁期限为2029年5月到期。

我们招致了$3.6百万截至二零一二年十二月三十一日，与大都会租赁设施有关的资本改善成本。在2011和2012年期间，我们请求并收到$3.1百万房东对租户改造的报销和竣工建筑的暖通空调津贴。一旦收到现金，报销就记录在案，并在租赁期内直线摊销，作为租金支出的减少。其余的租赁奖励义务是零和$0.5百万在…2019年9月30日和2018年12月31日分别为。在采用ASC 842之前，租赁激励义务在未经审计的简明综合资产负债表上反映为负债。于采用ASC 842后，租赁激励义务清零，以创建与经营租赁相关的使用权资产，反映在未经审计的简明综合资产负债表上。红杉城物业的租金费用在租赁期内以直线方式确认。

我们被要求将我们租用的红杉城设施的某些区域恢复为原来的形式。我们在各自的租赁条款中扣除资产报废义务。我们在每个报告期审查估计的债务，并在我们的估计发生变化时进行调整。我们记录了资产报废义务$0.2百万自.起2019年9月30日和2018年12月31日分别计入未经审计的简明综合资产负债表的其他负债中。与我们的资产报废义务有关的增值费用是不米纳尔在截至2019年9月30日的3个月和9个月和2018.

根据修订后的租赁协议的条款，我们行使了交付信用证代替保证金的权利。信用证以银行持有的存款余额为抵押，金额为$1.1百万和$0.7百万自.起2019年9月30日和2018年12月31日分别为。这些存款在未经审计的简明综合资产负债表上作为受限现金记录。

房租费用是$1.1百万和$3.4百万在.期间截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别由转租收入部分抵销$0.2百万和$0.7百万分别为。房租费用是$0.8百万和$2.4百万在.期间截至2018年9月30日的3个月和9个月，分别由转租收入部分抵销$0.3百万和$0.9百万分别为。

融资租赁

2016年12月，我们进入了三-与第三方供应商签订的为期一年的融资租赁协议，用于购买实验室设备，部分资金是通过融资租赁约#$0.4百万好的。该租约于2017年2月设备交付时生效，租赁期为#。三年从生效日期开始。由于租赁结束时的讨价还价购买选择权，此融资协议被计入融资租赁。

2017年4月，我们进入了三-与第三方供应商签订为期一年的融资租赁协议，用于购买信息技术设备，费用约为$0.3百万好的。租约的生效日期为2017年5月19日，租期为#年。三年好的。由于租赁结束时的讨价还价购买选择权，此融资协议被计入融资租赁。

采用ASC 842

2019年1月1日，我们采用了ASC 842，每采用ASU 2018-11采用修改的追溯方法和生效日期方法。我们在2019年1月之前完成了全面分析，并在2018年12月31日使用增量借款利率(IBR)评估了使用权(ROU)资产和租赁义务，因为在租赁协议中不容易确定隐含利率。于采纳ASC 842后，所有现有租赁均被分类为营运租赁或融资租赁。根据主题840被分类为资本租赁的所有现有租赁被分类为融资租赁。我们录了$26.6百万ROU资产和$27.6百万运营租赁的租赁义务，以及$0.5百万的ROU资产和$0.3百万2019年第一季度资产负债表中融资租赁的租赁义务。

实际权宜之计、选举和豁免

我们使用了ASC 842-10-65-1(F)项下可用的实用权宜之计，允许我们不重新评估任何到期或现有合同是否为租赁或包含租赁；不重新评估任何到期或现有租赁的租赁分类(例如，根据ASC 840分类为经营租赁的所有现有租赁将被分类为经营租赁，而根据ASC 840被分类为资本租赁的所有现有租赁将被分类为融资租赁)；以及不重新评估初始直接成本(例如，根据ASC 840被分类为经营租赁的所有现有租赁将被分类为融资租赁)；以及不重新评估初始直接成本(例如，根据ASC 840分类为经营租赁的所有现有租赁将被分类为经营租赁，而根据ASC 840被分类为资本租赁的所有现有租赁将被分类为融资租赁)

于二零一九年一月一日，我们亦作出会计政策选择(按与使用权有关的标的资产类别)，将会计原则应用于符合ASC 842对短期租赁的定义(即短期租赁豁免)的租赁。我们选择不应用主题842的确认要求，而是将租赁付款确认为租赁期内直线基础上的租赁成本。短期租赁是指在开始日期，租赁期限为12个月或更短，并且不包括购买承租人有理由肯定会行使的标的资产的选择权。

下表显示了使用权资产和租赁义务的对账情况，余额反映采用ASC 842，涉及经营租赁和融资租赁，并使2019年1月1日租赁指南下修改的追溯采用和生效日期方法生效(以千为单位)：



	经营租赁		融资租赁
使用权资产，2018年12月31日的余额	$	—	$	—
期间的更改：
采用ASC 842后创建的使用权资产	26,617		493
使用权资产，截至2019年1月1日的余额	$	26,617	$	493

租赁义务，2018年12月31日的余额	$	—	$	—
期间的更改：
采用ASC 842时创建的租赁义务	27,562		302
租赁义务，2019年1月1日的余额	$	27,562	$	302

不可取消的融资和经营租赁和不可取消的分租下的租赁相关费用如下(以千为单位，折扣率和租赁期限除外)：



	截至2019年9月30日的三个月			截至2019年9月30日的9个月
租赁成本
融资租赁成本：
使用权资产摊销	$	54		$	163
租赁债务利息	2			8
经营租赁成本	1,139			3,417
转租收入	(262		)	(727		)
总租赁成本	$	933		$	2,861

其他资料
加权平均剩余租赁期限(年)：
融资租赁				0.5
经营租赁				7.9

加权平均贴现率：
融资租赁				5.0		%
经营租赁				6.6		%

为包括在租赁义务计量中的金额支付的现金
经营租赁的经营现金流				$	(2,456	)
经营融资租赁的现金流				$	(9	)
融资租赁现金流				$	(180	)

自.起2019年9月30日，根据ASC 842，不可取消的融资和运营租赁的年度未贴现现金流的到期日分析如下(以千为单位)：



截至12月31日的年份，	融资租赁			经营租赁
2019年(剩余3个月)	$	63		$	824
2020	61			2,816
2021	—			4,197
2022	—			4,285
2023	—			4,589
2024及以后	—			18,220
最低租赁付款总额⁽¹⁾	$	124		$	34,931
减去：推定利息	(2		)	(8,484		)
租赁义务	$	122		$	26,447

⁽¹⁾最低付款未减少未来最低分租租金$0.3百万根据不可取消的分租在2019年9月30日.

截至2018年12月31日，根据ASC 840，不可注销资本和运营租赁的年度未贴现现金流的到期日分析如下(以千为单位)：



截至12月31日的年份，	资本租赁			经营租赁
2019	$	252		$	3,280
2020	61			712
2021	—			490
2022	—			41
2023	—			—
最低租赁付款总额⁽¹⁾	313			$	4,523
减去：代表利息的金额	(10		)
资本租赁义务的现值	303
减：当前部分	(242		)
资本租赁的长期部分	$	61

⁽¹⁾最低付款并未减少未来的最低转租租金。$0.9百万·根据不可取消的分租接收。

其他承诺

我们在正常业务过程中签订供应和服务安排。供应安排主要是固定价格的制造和供应。服务协议主要用于开发制造流程和某些研究。服务协议项下的承诺可由我们自行决定取消，这可能需要支付某些取消费用。完成服务安排的时间取决于完成工作所需时间估计的可变性。

下表提供了有关我们其他承诺的定量数据。未来的最低付款反映了我们预期支付的金额，包括服务协议下的潜在义务，但需承担我们取消的风险(以千为单位)：



其他承诺协议类型	协议日期	未来最低付款
发展和制造服务协议	2019年9月	$	1,645
制造和供应协议，预计未来付款日期为2022年12月	2016年4月	1,242
临床试验服务协议	2017年12月	80
其他承诺总额		$	2,967

信贷安排

自2017年6月30日起，我们签订了一项信贷安排(“信贷安排”)，由期限贷款(“定期债务”)组成，总计达$10.0百万，以及循环信用额度(“循环信用额度”)下的预付款(“预付款”)总计达$5.0百万vbl.用一种.应收帐款借款基数80%符合条件的应收帐款。在…2019年9月30日，我们尚未从信用贷款中提取。2019年1月，我们对信用贷款进行了第五次修订，允许Codexis获得最多的信用证$1.1百万以保证其在大都会人寿保险租赁项下的义务。2019年7月，我们对信贷安排进行了第六次修订，将允许负债增加到$0.7百万用于在正常业务过程中为保险费提供资金。2019年9月，我们签订了信用贷款的第七修正案，根据该修正案，定期债务的提款期延长至2020年9月30日。我们可以在2020年9月30日之前的任何时间使用期限债务，但须遵守融资的惯例条件，其中包括不存在违约事件。我们可以在到期日之前的任何时间提取循环信用额度。在……上面2023年10月1号，任何期限债务到期的贷款和循环信用额度终止。定期债务在到期日以伦敦银行同业拆借利率+为基础的可变利率计息3.60%好的。循环信用额度下的预付款按可变年利率承担利息，利率等于(I)中的较大者1.00%在上面优惠利率及(Ii)5.00%.

信贷安排允许通过以下方式对定期债务进行纯利息付款2020年11月1日好的。定期债务的每月本金和利息需要在适用的摊销日之后支付。我们可以选择在任何时候全额偿还循环信用额度下的定期债务和预付款。.

我们在信贷安排下的义务是通过对我们除知识产权以外的几乎所有个人财产的留置权来保证的。信贷安排包括许多惯例契约和限制，要求我们遵守某些财务契约，包括在信贷安排中规定的最低水平上实现综合产品收入水平，除非我们与贷款人保持一定的最低现金水平，金额等于或大于六乘以平均值之和六-随后一个月的经营现金流量净支出加上紧随其后的每月平均到期和应付本金三-月期间。信贷安排对我们转让抵押品、招致额外负债、从事合并或收购、支付股息或进行其他分配、进行投资、创造留置权以及出售资产和允许在超过指定上限的外国子公司持有的资产进行各种限制，每种情况下都会受到某些例外情况的限制。未能遵守这些契约可能允许贷款人对我们和担保信贷融资的抵押品行使补救措施，包括取消我们担保信贷融资和现金的财产的赎回权。在…2019年9月30日，我们遵守了信贷安排的契约。

法律程序

我们目前不是任何未决诉讼或其他实质性法律程序的当事人。

赔偿

我们需要确认我们在发出担保时所承担的任何义务的公允价值的负债。我们与许可人、被许可人和合作者达成了某些协议，其中包含赔偿条款。在此类条款中，我们通常同意就某些类型的第三方索赔向许可方、被许可方和合作者提供赔偿。赔偿的最高金额不受限制。当损失是可能的并且可以合理估计时，我们为已知的赔偿问题累算。有不提交的任何期间与赔偿问题相关的费用的应计费用。

注12.关联方交易

阿斯利康PLC

Pam P.Cheng，我们董事会成员，于2015年6月加入阿斯利康公司，担任运营和信息技术部执行副总裁。我们向阿斯利康(AstraZeneca PLC)及其受控采购代理和合同制造商销售生物催化剂产品。

我们认识到$0.2百万和$0.6百万在收入方面截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与De Minimis和De Minimis相比$0.4百万在截至2018年9月30日的3个月和9个月分别来自与阿斯利康(AstraZeneca PLC)及其受控采购代理和合同制造商的交易。在…2019年9月30日和2018年12月31日，我们有零和$0.2百万AstraZeneca，PLC及其受控采购代理和合同制造商的应收账款。

解决短期利润索赔

在2019年8月，我们记录了大约$77千人与本公司股东根据1934年证券交易法第16(B)节(经修订)汇出的短期利润结算有关。我们在截至2019年9月30日的附带的未经审计的简明综合资产负债表和未经审计的简明综合股东权益报表中将收益确认为额外实收资本的增加，以及在截至2019年9月30日的未经审计的简明综合现金流量表中通过融资活动提供的现金。

注13.分部、地理和其他收入信息

段信息

如附注2“呈报基础及重要会计政策摘要”所述，自2018年开始，我们将生物疗法业务确定为独立的业务部门。我们的二截至2018年1月1日，可报告的业务部门包括性能酶和新型生物疗法。

我们报告与公司相关的费用，如法律、会计、信息技术和其他未列入我们可报告业务部门的其他成本，作为“公司成本”。所有未计入营业收入(亏损)的项目均从业务部门中排除。

我们在整个公司的基础上管理我们的资产，而不是按业务部门来管理，因为我们的大部分运营资产是共享或混合的。我们的CODM在评估业绩或分配资源时不按业务部门审查资产信息，因此，我们不按业务部门报告资产信息。

性能酶

我们最初将CodeEvolver商业化^®·蛋白质工程技术平台和产品在药品市场，到目前为止，这仍然是我们服务的最大市场。我们的客户，包括许多大型全球制药公司，在他们的制造流程和流程开发中使用我们的技术、产品和服务。我们还利用这项技术开发了定制的酶，用于其他工业市场。这些市场由几个大型工业垂直市场组成，包括食品和食品配料、动物饲料、香料、香料和农药。我们还利用我们的技术为客户开发酶，使用NGS和PCR/qPCR用于体外^分子诊断和分子生物学研究应用。

新型生物治疗学

我们还瞄准了制药业的新机会，以发现、改进和/或开发生物治疗药物候选药物。我们相信我们的CodeEvolver^®·蛋白质工程平台技术可用于发现针对需要改进治疗干预的人类疾病的新型生物治疗候选药物。同样，我们相信我们可以部署我们的平台技术来改善客户预先存在的生物治疗候选药物的特定特征，例如其活性、稳定性或免疫原性。最值得注意的是我们在人类中潜在治疗PKU的牵头项目。PKU是一种遗传性代谢障碍，其中将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶缺乏。2017年10月，我们宣布与雀巢健康科学公司(NestléHealth Science)进行战略合作，以推进我们自己的新型口服可用酶治疗候选药物CDX-6114，用于潜在的PKU治疗。2018年7月，我们宣布在澳大利亚进行的第一次人体内第一阶段a期剂量升级试验中，我们已经对第一批受试者进行了CDX-6114剂量升级试验。2018年11月，我们公布了使用CDX-6114的健康志愿者1a期研究的主要结果。2018年12月，雀巢健康科学公司有义务向我们支付额外的1美元$1.0百万^内^60日数·在实现与CDX-6114配方有关的里程碑之后。2019年1月，我们收到美国食品和药物管理局(“FDA”)的通知，它已经完成了对CDX-6114的研究性新药申请(“IND”)的审查，并得出结论，我们可以在美国健康志愿者中进行拟议的1b期多次递增剂量研究。2019年2月，雀巢健康科学行使了其选择权，获得了用于管理北京大学的CDX-6114全球开发和商业化的独家许可证。期权付款$3百万·2019年第一季度的收入被确认为研发费用。在行使选择权后，雀巢健康科学公司承担了CDX-6114未来临床开发和商业化的所有责任，但CDX-6114-004扩展研究的完成除外，该研究已于2019年第二季度基本完成。为.截至2019年9月30日的3个月和9个月和2018，所有与新型生物疗法部门相关的收入都来自我们与雀巢健康科学公司的合作。

我们的CODM定期审查我们的部门和管理层为绩效评估和资源分配提供的方法。

直接支持分部活动的运营费用根据分部人数、收入贡献或分部内业务单位的活动，基于提供给分部的公司活动类型进行分配。费用分配不包括与分部分开管理的某些公司成本。这为CODM提供了更有意义的部门盈利能力报告，以支持运营决策和分配资源。

下表提供了我们的可报告业务部门的财务信息，以及对所得税前合并亏损的对账(以千为单位)：



	截至2019年9月30日的三个月								截至2018年9月30日的三个月
	性能酶		新型生物治疗学			总计			性能酶		新型生物治疗学		总计
收入：
产品收入	$	10,351	$	—		$	10,351		$	8,405	$	—	$	8,405
研发收入	10,073		1,482			11,555			3,720		4,821		8,541
总收入	20,424		1,482			21,906			12,125		4,821		16,946
成本和运营费用：
产品收入成本	5,067		—			5,067			3,791		—		3,791
研究与发展⁽¹⁾	5,313		3,080			8,393			4,758		2,920		7,678
销售，一般和行政⁽¹⁾	2,037		690			2,727			1,870		165		2,035
部门总成本和运营费用	12,417		3,770			16,187			10,419		3,085		13,504
经营收入(亏损)	$	8,007	$	(2,288	)	$	5,719		$	1,706	$	1,736	$	3,442
企业成本⁽²⁾						(4,912		)					(5,120		)
折旧摊销						(471		)					(309		)
所得税前收入(亏损)						$	336						$	(1,987	)

⁽¹⁾研究和开发费用以及销售、一般和行政费用不包括融资租赁的折旧和摊销。

⁽²⁾公司成本包括未分配的销售，一般和行政费用，利息收入和其他收入和费用。



	截至2019年9月30日的9个月								截至2018年9月30日的9个月
	性能酶		新型生物治疗学			总计			性能酶		新型生物治疗学		总计
收入：
产品收入	$	24,588	$	—		$	24,588		$	18,291	$	—	$	18,291
研发收入	16,512		8,708			25,220			15,728		10,507		26,235
总收入	41,100		8,708			49,808			34,019		10,507		44,526
成本和运营费用：
产品收入成本	12,230		—			12,230			10,228		—		10,228
研究与发展⁽¹⁾	14,889		9,252			24,141			14,548		7,294		21,842
销售，一般和行政⁽¹⁾	6,499		1,768			8,267			5,695		615		6,310
部门总成本和运营费用	33,618		11,020			44,638			30,471		7,909		38,380
经营收入(亏损)	$	7,482	$	(2,312	)	$	5,170		$	3,548	$	2,598	$	6,146
企业成本⁽²⁾						(15,185		)					(15,762		)
折旧摊销						(1,273		)					(812		)
所得税前亏损						$	(11,288	)					$	(10,428	)

⁽¹⁾研究和开发费用以及销售、一般和行政费用不包括融资租赁的折旧和摊销。

⁽²⁾公司成本包括未分配的销售，一般和行政费用，利息收入和其他收入和费用。

下表提供了按部门划分的收入(亏损)中包括的基于股票的薪酬费用(以千为单位)：



	截至2019年9月30日的三个月						截至2018年9月30日的三个月
	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计
以股票为基础的薪酬	$	736	$	225	$	961	$	354	$	97	$	451



	截至2019年9月30日的9个月						截至2018年9月30日的9个月
	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计
以股票为基础的薪酬	$	1,973	$	563	$	2,536	$	2,005	$	243	$	2,248

重要客户

每个客户贡献了我们总收入的10%或更多的客户如下：



	总收入的百分比
	截至9月30日的三个月，		截至9月30日的9个月，
	2019	2018	2019	2018
客户A	21%	27%	31%	33%
客户B	*	28%	17%	24%
客户C	*	10%	*	17%
客户D	29%	15%	15%	11%

每个客户贡献了我们应收账款总额的10%或更多，截至所述期间，其余额如下：



	应收账款百分比截至
	2019年9月30日	2018年12月31日
客户A	20%	37%
客户B	*	17%
客户D	*	11%
客户E	14%	*
客户F	15%	*
客户G	*	16%
客户H	16%	*

* 不到所提交期间的10%

地理信息

地理收入由客户所在的位置确定，包括以下内容(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，				截至9月30日的9个月，
	2019		2018		2019		2018
营业收入
美洲	$	2,706	$	4,315	$	9,620	$	13,968
EMEA	12,205		6,274		24,672		15,075
APAC	6,995		6,357		15,516		15,483
总收入	$	21,906	$	16,946	$	49,808	$	44,526

按地点划分的可识别长期资产和按报告单位划分的商誉如下：



长期资产：	2019年9月30日		2018年12月31日
美国	$	31,104	$	4,759



	截至2019年9月30日和2018年12月31日
	性能酶		新型生物治疗学		总计
商誉	$	2,463	$	778	$	3,241



项目2。	管理层对财务状况和经营结果的讨论和分析

以下管理层对我们的财务状况和经营结果的讨论和分析应与本季度报告中其他地方包括的未经审计的简明综合财务报表及其相关附注一起阅读，这些报表包括在表格“10-Q”上，以及经审计的综合财务报表及其附注，以及管理层对截止年度的财务状况和经营结果的讨论和分析2018年12月31日包括在截止年度的Form 10-K年度报告中2018年12月31日，如提交给证券交易委员会的2019年3月1日(“年报”)。本季度报告的格式为“10-Q”，其中包含“1934年证券交易法”(经修订)(“交易法”)“21E节”含义内的前瞻性陈述。这些陈述包括但不限于对我们的战略、业务计划、财务业绩和与我们行业相关的发展的期望。这些陈述通常通过使用诸如可能、将、期望、相信、预期、打算、可能、应该、估计或继续等词语以及类似的表达或变化来识别。此类前瞻性陈述受风险、不确定因素和其他因素的影响，这些因素可能导致实际结果和某些事件的时间与此类前瞻性陈述明示或暗示的未来结果大不相同。可能导致或导致这些差异的因素包括，但不限于，本季度报告的第II部分，Form 10-Q上的第1A项，以及本公司年度报告的第I部分，第1A项，如在此合并并在本报告的第II部分，本季度报告的第1A项以及本报告的其他部分中引用的。本季度报告中的前瞻性陈述代表了我们在本季度报告中的观点。我们预计，随后发生的事件和发展将导致我们的观点发生变化。然而，虽然我们可能会在未来的某个时候选择更新这些前瞻性陈述，但我们目前没有这样做的意图，除非适用法律要求。因此，您不应依赖这些前瞻性陈述，因为它们代表了我们在本季度报告日期之后的任何日期的观点。

业务概述

我们是利用计算技术推动生物学进步的先驱。自2002年以来，我们对CodeEvolver的开发进行了大量投资^®蛋白质工程技术平台，我们竞争优势的主要来源。我们的技术平台由专有的、基于人工智能的计算算法提供支持，这些算法可以快速挖掘我们庞大且不断增长的蛋白质变体性能属性库。这些计算输出使得对要设计的下一代蛋白质变体的预测变得越来越可靠，从而能够以高效的方式提供有针对性的性能增强。除了计算能力外，我们的CodeEvolver^®·蛋白质工程技术平台集成了额外的模块化能力，包括机器人高通量筛选和基因组测序、有机化学和工艺开发，这些都是为了创造我们新颖的蛋白质创新而进行的。

我们开发商业上可行的生物催化制造工艺的方法是从概念上为目标产品设计最具成本效益和最实用的工艺。然后，我们开发优化的蛋白质催化剂，以使用我们的CodeEvolver进行流程设计^®·蛋白质工程平台技术。工程蛋白质催化剂候选者-每个蛋白质工程项目数千个-然后在相关制造操作条件下的高通量筛选中快速筛选和验证。这种方法产生了优化的蛋白质催化剂，能够实现成本效益高的工艺，通常在常规制造设备中运行相对简单。这也允许将我们的工艺高效地技术转让给我们的制造合作伙伴。

我们CodeEvolver的成功体现^®·商业制造过程中的蛋白质工程技术平台要求在许多技术学科中具有良好集成的专业知识。除了那些直接参与实践我们的CodeEvolver的人^®·蛋白质工程平台技术，如分子生物学、酶学、微生物学、细胞工程、代谢工程、生物信息学、生物化学和高通量分析化学，我们的过程开发项目还涉及有机化学、化学过程开发、化学工程、发酵过程开发和发酵工程方面的综合专业知识。我们对生物催化剂和工艺开发的综合、多学科方法是我们公司成功的关键因素。

我们最初将CodeEvolver商业化^®·蛋白质工程技术平台和产品在药品市场，这仍然是我们的主要业务重点。我们的客户，其中包括几个大型的全球

制药公司，在他们的制造流程和流程开发中使用我们的技术、产品和服务。

我们也开始使用CodeEvolver^®·蛋白质工程技术平台，为我们的客户和我们自己的业务开发早期的新型生物治疗产品候选产品，最著名的是我们在人类苯丙酮尿症(“PKU”)潜在治疗方面的领先计划。PKU是一种遗传性代谢障碍，其中将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶缺乏。2017年10月，我们与Nestec Ltd签订了全球开发、选项和许可协议(“雀巢协议”)。(“雀巢健康科学”)，以推进我们的酶生物治疗产品候选CDX-6114，用于潜在的PKU治疗。2019年2月，雀巢健康科学公司行使了其选择权，获得了开发CDX-6114并将其商业化的独家许可证。

我们还利用我们的技术为客户开发酶，使用下一代测序(“NGS”)和聚合酶链反应(“PCR/qPCR”)进行体外分子诊断和基因组研究应用。我们用于此应用的第一种酶是一种DNA连接酶，我们于2018年开始向客户销售该酶。

2019年5月，我们签订了平台技术转让和许可协议(诺华代码进化^®协议“)与诺华制药股份公司(”诺华“)。诺华CodeEvolver^®协议允许诺华公司使用Codexis公司的专有CodeEvolver^®人类保健领域的蛋白质工程平台技术。

业务部门

我们将我们的业务管理为两个业务部门：性能酶和新型生物疗法。

性能酶

新型生物治疗学

我们还瞄准了制药业的新机会，以发现、改进和/或开发生物治疗药物候选药物。我们相信我们的CodeEvolver^®·蛋白质工程平台技术可用于发现针对需要改进治疗干预的人类疾病的新型生物治疗候选药物。同样，我们相信我们可以部署我们的平台技术来改善客户预先存在的生物治疗候选药物的特定特征，例如其活性、稳定性或免疫原性。最值得注意的是我们在人类中潜在治疗PKU的牵头项目。PKU是一种遗传性代谢障碍，其中将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶缺乏。2017年10月，我们宣布与雀巢健康科学公司(NestléHealth Science)进行战略合作，以推进我们自己的新型口服可用酶治疗候选药物CDX-6114，用于潜在的PKU治疗。2018年7月，我们宣布我们已经在澳大利亚进行的首次人体1a期剂量升级试验中对第一批受试者进行了CDX-6114剂量升级试验。2018年11月，我们公布了使用CDX-6114的健康志愿者1a期研究的主要结果。2018年12月，雀巢健康科学公司有义务在与CDX-6114配方相关的里程碑实现后60天内向我们额外支付100万美元。2019年1月，我们收到美国食品和药物管理局(“FDA”)的通知，它已经完成了对CDX-6114的研究性新药申请(“IND”)的审查，并得出结论，我们可以在美国健康志愿者中进行拟议的1b期多次递增剂量研究。2019年2月，雀巢健康科学行使其选择权，为CDX-6114的全球开发和商业化获得独家的、全球范围内的、含版税的次级许可许可

用于北大的管理。作为期权行使的结果，我们获得了一个里程碑，并在2019年第一季度确认了300万美元的收入。在行使选择权后，雀巢健康科学公司承担了CDX-6114未来临床开发和商业化的所有责任，但CDX-6114-004扩展研究的完成除外，该研究已于2019年第三季度基本完成。

有关我们业务部门的进一步描述，请参阅本季度报告Form 10-Q中未审计的简明综合财务报表注释中的注释13，“部门，地理和其他收入信息”。

最近的融资活动

2019年6月，我们与Casdin Capital，LLC(“Casdin”)的关联公司签订了证券购买协议，根据该协议，我们向Casdin发行并出售3,048,780我们普通股的股票，购买价为$16.40每股(“非公开发售”)。扣除发行成本后10万美元从非公开发行中，我们的净收益是$49.9百万有关进一步详情，请参阅我们未经审计的简明综合财务报表的附注10，“资本存量”。

操作结果概述

收入增加到$21.9百万美元2019年第三季度从…$16.9百万美元2018年第三季度由于研发收入和产品收入的增加。产品收入2019年第三季度增加190万美元致1040万美元从…840万美元在2018年第三季度主要原因为了更高的客户对品牌和仿制产品的酶的需求。

研发收入增加了300万美元为.2019年第三季度致1160万美元从…850万美元在2018年第三季度主要来自诺华制药股份公司在诺华CodeEvolver下的收入^®协议和GSK在GSK CodeEvolver下的里程碑付款^®协议因前一年完成Tate&Lyle的服务和雀巢健康科学公司较低的开发费用而减少的收入部分抵消。

产品毛利率为51%为.2019年第三季度，与55%在同一时期2018，由于不太有利的产品组合。我们的利润率受到许多因素的影响，包括内部和第三方固定和可变成本的成本，包括材料和供应，劳动力，设施和其他间接成本。利润率数据被用作管理业绩衡量标准，以提供有关我们合并基础上的运营结果的额外信息。

研发费用增加$0.8百万，或10%vt.向，向.$8.7百万美元2019年第三季度，与2018年第三季度这主要是由于与员工人数增加、可分配费用增加和实验室供应增加相关的成本增加，这些增加被外部服务的减少部分抵消。

销售，一般和行政费用增加了$0.5百万，或7%vt.向，向.$7.9百万美元2019年第三季度，与2018年第三季度这主要是由于与设施和人数相关的成本增加，这些成本被外部服务和可分配费用的降低部分抵销。

的净收入2019年第三季度是$0.3百万美元，代表纯收入$0.01每基本和稀释的份额。与此相比，净损失为$2.0百万，代表净损失$0.04每基本和稀释后的股份2018年第三季度好的。公司净收入的增长2019年第三季度与上一年同期相比，主要与更高的研究和开发服务和产品收入有关，部分被较高的运营费用抵消。

现金和现金等价物增加了3910万美元致9，210万美元自.起2019年9月30日与.相比5300万美元自.起2018年12月31日好的。经营活动使用的净现金减少到890万美元在截至2019年9月30日的9个月与$相比1340万在截至2018年9月30日的9个月好的。我们相信，根据我们目前的运营水平，我们现有的现金和现金等价物将至少为未来12个月的持续运营、计划的资本支出和营运资金需求提供足够的资金。

2017年6月，我们签订了一项贷款和担保协议，允许我们在定期贷款下借款至多1000万美元，在循环信贷安排下最多借款500万美元，其中80%的特定合格应收账款作为借款基础(“信贷安排”)。信贷机制下的义务通过对我们除知识产权以外的几乎所有个人财产的留置权来保证。2019年1月，我们对信用融资进行了第五次修订，允许Codexis获得最高110万美元的信用证，以保证其在大都会人寿租赁协议下的义务。2019年7月，我们签订了信贷安排第六修正案，将正常业务过程中为保险费融资的许可负债增加到70万美元。2019年9月，我们签订了信用贷款的第七修正案，根据该修正案，定期债务的提款期延长至2020年9月30日。我们可以在2020年9月30日之前的任何时间使用期限债务，但须遵守融资的惯例条件，其中包括不存在违约事件。自.起2019年9月30日，没有在信贷机制下借款，我们遵守信贷机制的契约。见本季度报告Form 10-Q中包含的未经审计的合并财务报表附注中的附注11，“承诺和或有事项”。

以下是我们按业务部门划分的运营结果的概述：

性能酶

收入增加了830万美元，或68%vt.向，向.2040万美元为.截至2019年9月30日的三个月，与2018年第三季度，主要是诺华制药股份公司根据诺华代码进化协议收取的收入费用^®协议和GSK在GSK CodeEvolver下的里程碑付款^®协议和产品收入增加，客户对仿制和品牌产品的酶需求增加。

产品毛利率为51%在截至2019年9月30日的三个月，与55%年同期2018由于不太有利的产品组合。

研发费用增加60万美元，或12%vt.向，向.530万美元为.2019年第三季度，与2018年第三季度主要是由于与更高的员工数、更高的可分配费用和增加的实验室用品相关的成本增加。

销售，一般和行政费用增加了20万美元，或9%致200万美元为.2019年第三季度，与2018年第三季度这主要是由于与设施和人数相关的成本增加，这些成本被外部服务和可分配费用的降低部分抵销。

新型生物治疗学

收入减少330万美元，或69%vt.向，向.150万美元为.截至2019年9月30日的三个月，与2018年第三季度主要是由于CDX-6114开发服务收入的减少。

研发费用增加20万美元，或5%vt.向，向.310万美元为.2019年第三季度，与2018年第三季度这主要是由于与更高的员工人数和实验室用品相关的成本增加。

销售，一般和行政费用增加了50万美元，或318%vt.向，向.70万美元为.2019年第三季度，与2018年第三季度这主要是由于与人数、设施和基于股票的薪酬相关的成本增加。

GSK平台技术转让、合作和许可协议

我们在2014年7月执行协议时收到了预付款，并收到了2014至2016年4月期间每年的里程碑付款。我们完成了CodeEvolver的传输^®蛋白质工程平台技术于2016年4月转让给GSK，截至2016年4月，与技术转让相关的所有收入均已确认。我们有可能收到额外的累积或有付款，范围从575万美元致3850万美元基于GSK成功应用许可技术的每个项目。我们还有资格根据GSK使用我们的CodeEvolver开发的有限系列产品的净销售额(如果有的话)收取版税^®蛋白质工程平台技术。

2019年9月，我们收到了GSK的通知，这是GSK使用我们的CodeEvolver开发的一种酶的进步方面的一个里程碑^®蛋白质工程平台技术已经实现，触发了GSK向Codexis支付200万美元的里程碑式付款。·我们为里程碑付款确认了200万美元的收入截至2019年9月30日的3个月和9个月，与之相比，截至2018年9月30日的3个月和9个月分别作为研发收入。

默克平台技术转让和许可协议

2015年8月，我们进入了CodeEvolver^®平台技术转让合作和许可协议(“Merck CodeEvolver^®协议“)与默克，夏普&Dohme(”默克“)，允许默克使用CodeEvolver^®蛋白质工程技术平台在人和动物保健领域。

我们在执行Merck CodeEvolver时收到了预付的许可费^®协议，以及2015年9月和2016年9月的里程碑付款，当时我们完成了工程平台技术的转让。此外，我们确认研发收入为100万美元和300万美元为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与110万美元和300万美元为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别为我们合作安排下的各种研究项目。

我们有可能收到最高达1500万美元对于由Merck使用由Merck使用CodeEvolver开发的一种或多种新型酶制造的每一种商业活性药物成分(“API”)^®蛋白质工程技术平台。这些潜在的API付款基于默克开发和制造的API数量，并将被确认为基于使用的版税。我们认识到基于使用率的版税为零截至2019年9月30日的3个月和9个月.

2019年1月，我们对Merck CodeEvolver进行了修订^®我们安装某些CodeEvolver的协议^®蛋白质工程技术升级为默克的平台许可证。根据协议，我们将

在多年的期限内维护这些升级。我们确认研发收入为10万美元和$1.0百万美元截至2019年9月30日的3个月和9个月分别根据修正案。

Global Development，Option and License Agreement和Strategic Collaboration Agreement

我们收到了一笔预付的现金1400万美元在执行雀巢协议时，400万美元在首次人体1a期剂量升级试验中对第一个受试者进行CDX-6114剂量升级试验后，进行里程碑付款100万美元里程碑付款完成与CDX-6114制定相关的里程碑。这个400万美元·由启动试验触发的里程碑付款于2018年9月收到，100万美元2019年2月收到了因达成与CDX-6114有关的配方而触发的里程碑式付款。预付款和与项目进度付款相关的可变对价400万美元#和里程碑付款100万美元随着开发工作的进行，随着时间的推移而得到认可。收入是使用描述我们在转让服务控制权方面的表现的单一进度指标进行确认的，该指标基于迄今为止所发生的努力水平与完成协议下所有履行义务所需的总估计努力水平的比率。我们确认开发费为10万美元和180万美元为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与370万美元和810万美元为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别作为研发收入。我们已经递延了与里程碑付款和预付款有关的开发费收入$50千在2019年9月30日和190万美元在…2018年12月31日.

2019年1月，我们收到FDA的通知，它已经完成了对我们的CDX-6114的IND的审查，并得出结论，我们可以继续在美国健康志愿者中进行拟议的1b期多次递增剂量研究。2019年2月，雀巢健康科学行使其选择权，为全球开发和商业化用于管理北京大学的CDX-6114获得独家的、全球性的、含版税的、可转许可的许可证。期权付款300万美元在2019年第一季度被确认为研发费用。在行使选择权后，雀巢健康科学公司承担了CDX-6114未来临床开发和商业化的所有责任，但CDX-6114-004扩展研究的完成除外，该研究已于2019年第二季度基本完成。雀巢健康科学根据雀巢协议向我们支付的其他潜在款项包括(I)开发和批准里程碑最多8，500万美元，(Ii)以销售为基础的里程碑2.5亿美元在合计中，如果净销售额超过，可以达到的合计金额是多少10亿美元在一年内，(Iii)分级的特许权使用费，百分比从中间的一位数到低的两位数，占产品净销售额的百分比。

除了雀巢协议，我们和雀巢健康科学同时签订了战略合作协议(“战略合作协议”)，根据该协议，我们和雀巢健康科学将合作利用CodeEvolver^®蛋白质工程技术平台为雀巢健康科学公司已建立的消费者保健和医疗营养业务领域开发新型酶。根据战略合作协议，我们收到了预付款120万美元在2017年和增量60万美元在2018年9月支付额外服务。我们确认研发费用为140万美元和390万美元为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与120万美元和240万美元为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别为。我们有递延收入25，000美元和80万美元在…2019年9月30日和2018年12月31日分别为。

战略合作协议

2018年4月，我们与Porton签订了Porton协议，授权Codexis的Biocatalyst技术的关键要素用于Porton的全球定制中间件和API开发和制造业务。根据波顿协议，我们有资格获得年度协作费和研发收入。我们收到了初始协作费50万美元在.内30天在协议生效日期一周年时支付150万美元，并在协议生效之日一周年时支付150万美元。我们在2018年第四季度完成了技术转让。与提供给Porton的功能许可证有关的收入是在许可证控制权转移给客户时确认的。

平台技术转让和许可协议

2019年5月，我们签订了平台技术转让和许可协议(诺华代码进化^®协议“)与诺华制药股份公司(”诺华“)。该协议允许诺华公司使用Codexis公司的专有产品

CodeEvolver^®人类保健领域的蛋白质工程平台技术。根据诺华公司的CodeEvolver^®协议，我们将转让Codexis的专有CodeEvolver^®从我们开始技术转让之日(“技术转移期”)开始，大约20个月内向诺华公司提供蛋白质工程平台技术。作为这项技术转让的一部分，我们公司将向诺华Codexis公司的专有酶、专有蛋白质工程协议和方法以及专有软件算法提供。此外，Codexis和诺华的科学家团队将在加利福尼亚州雷德伍德城的Codexis实验室和瑞士巴塞尔的指定诺华实验室参加技术培训课程和合作研究项目。完成技术转让后，诺华将拥有CodeEvolver^®蛋白质工程平台技术安装在其指定的实验室。

根据协议，我们在诺华CodeEvolver生效日期后不久收到了500万美元的预付款^®协议。如果第二个技术转让里程碑圆满完成，我们有权获得额外的400万美元，如果第三个技术转让里程碑圆满完成，我们有权获得额外的500万美元。考虑到在技术转让期(“改善条款”)结束时开始的多年期间内继续披露和许可对Codexis技术和材料的改进，诺华公司将向Codexis支付每年800万美元的额外款项。Codexis还有可能为诺华公司使用一种或多种酶制造的每一种API收取数量相关的使用费，这些酶已使用CodeEvolver开发或正在开发中^®蛋白质工程平台技术在技术转让期结束时开始，到最后一项许可专利到期之日结束的期间。诺华使用CodeEvolver制造API的每个季度，诺华将向Codexis支付这些与产品相关的使用费(如果有的话)^®-开发了酶。使用费用将基于使用CodeEvolver产生的API的总量^®-开发了酶。这些使用费用可以在临床阶段开始，并将在每个API的商业生命周期中延长。预计将在20个月内发生的合并初始许可和技术转让的收入，正在使用描述我们在转让服务控制权方面的表现的单一进度衡量标准进行确认，这是基于迄今所发生的努力水平与完成与合并初始许可和技术转让相关的履行义务所需的总估计努力水平的比率。分配给未来改进的收入将在改进期限内确认。我们认识到$3.8百万美元的收入截至2019年9月30日的3个月和9个月来自诺华CodeEvolver^®协议。自.起2019年9月30日，我们有递延收入120万美元来自诺华CodeEvolver^®协议。

运营结果

下表显示了我们未经审计的简明合并经营报表在所呈报期间的金额(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，						变化				截至9月30日的9个月，						变化
	2019			2018			$			%	2019			2018			$			%
收入：
产品收入	$	10,351		$	8,405		$	1,946		23%	$	24,588		$	18,291		$	6,297		34	%
研发收入	11,555			8,541			3,014			35%	25,220			26,235			(1,015		)	(4	)%
总收入	21,906			16,946			4,960			29%	49,808			44,526			5,282			12	%
成本和运营费用：
产品收入成本	5,067			3,791			1,276			34%	12,230			10,228			2,002			20	%
研究与发展	8,711			7,917			794			10%	25,000			22,464			2,536			11	%
销售，一般和行政	7,869			7,344			525			7%	24,180			22,485			1,695			8	%
总成本和运营费用	21,647			19,052			2,595			14%	61,410			55,177			6,233			11	%
经营收入(亏损)	259			(2,106		)	2,365			112%	(11,602		)	(10,651		)	(951		)	(9	)%
利息收入	480			199			281			141%	929			444			485			109	%
其他费用，净额	(403		)	(80		)	323			404%	(615		)	(221		)	394			178	%
所得税前收入(亏损)	336			(1,987		)	2,323			117%	(11,288		)	(10,428		)	(860		)	(8	)%
所得税准备金(受益于)所得税	(7		)	1			(8		)	(800)%	12			(11		)	23			209	%
净收益(亏损)	$	343		$	(1,988	)	$	2,331		117%	$	(11,300	)	$	(10,417	)	$	(883	)	(8	)%

营业收入

我们的收入包括产品收入和研发收入，具体如下：


•	产品收入包括蛋白质催化剂、医药中间体和食品法典的销售^®生物催化剂面板和试剂盒。


•	研发收入包括许可费、技术访问费和排他性费用、研究服务费、里程碑付款、版税、优化和筛选费用。

下表显示了我们的产品收入和来自我们未经审计的简明综合经营报表的研发收入的金额(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，				变化			截至9月30日的9个月，				变化
(以千为单位)	2019		2018		$		%	2019		2018		$			%
产品收入	$	10,351	$	8,405	$	1,946	23%	$	24,588	$	18,291	$	6,297		34	%
研发收入	11,555		8,541		3,014		35%	25,220		26,235		(1,015		)	(4	)%
总收入	$	21,906	$	16,946	$	4,960	29%	$	49,808	$	44,526	$	5,282		12%

收入通常在季度基础上波动，这是由于我们客户的生产计划和客户临床试验的时间不同。此外，我们内部制造酶的能力有限。因此，我们依赖第三方制造商的性能和能力，用于我们的制药和精细化学品业务中使用的酶的商业规模制造。

我们接受从下订单之日起一天到大约14个月的期间内交付的采购订单。但是，大多数采购订单可以由客户修改或取消，而不会受到惩罚。考虑到这些行业实践和我们的经验，我们不认为未完成的客户采购订单总数(积压)提供了可用于预测未来期间实际销售额的有意义的信息。

总收入增加了500万美元在截至2019年9月30日的三个月与去年同期相比2018这主要是由于研发收入和产品收入的增加。总收入增加了530万美元在截至2019年9月30日的9个月与去年同期相比2018这主要是由于产品收入的增加被研发收入的减少所抵消。

产品收入增加了190万美元和630万美元在截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与2018主要是由于品牌和仿制产品对酶的更高需求。

研发收入增加了300万美元在截至2019年9月30日的三个月与2018年同期相比，主要是由于根据诺华代码进化计划确认了诺华制药股份公司的收入^®协议和GSK在GSK CodeEvolver下的里程碑付款^®协议因前一年完成Tate&Lyle的服务和雀巢健康科学公司较低的开发费用而减少的收入部分抵消。

研发收入减少100万美元在截至2019年9月30日的9个月与去年同期相比2018主要是由于Tate&Lyle的开发收入减少，因为前一年完成其甜味剂产品的开发工作，以及雀巢健康科学公司的开发费用较低，因为本年度完成了CDX-6114的开发服务。确认来自GSK里程碑付款的收入和诺华制药公司的开发费部分抵消了研发收入的减少。

成本和运营费用

我们的成本和运营费用包括产品收入成本，研究和开发费用，以及销售，一般和行政费用。下表显示了我们未经审计的简明综合经营报表中的产品收入、研发费用以及销售、一般和行政费用的成本金额(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，				变化			截至9月30日的9个月，				变化
(以千为单位)	2019		2018		$		%	2019		2018		$		%
产品收入成本	$	5,067	$	3,791	$	1,276	34%	$	12,230	$	10,228	$	2,002	20	%
研究与发展	8,711		7,917		794		10%	25,000		22,464		2,536		11	%
销售，一般和行政	7,869		7,344		525		7%	24,180		22,485		1,695		8	%
总成本和运营费用	$	21,647	$	19,052	$	2,595	14%	$	61,410	$	55,177	$	6,233	11	%

产品收入成本和产品毛利率

我们从产品收入中获得的收入完全来自我们的性能酶部门。新型生物疗法部门的收入来自合作研究和开发活动，而不是产品收入。

下表显示了我们的产品收入、产品收入成本、产品毛利和我们未经审计的简明综合经营报表在所述期间的产品毛利率(以千为单位)：



	截至9月30日的三个月，				变化			截至9月30日的9个月，				变化
(以千为单位)	2019		2018		$		%	2019		2018		$		%
产品收入	$	10,351	$	8,405	$	1,946	23%	$	24,588	$	18,291	$	6,297	34	%
产品收入成本	5,067		3,791		1,276		34%	12,230		10,228		2,002		20	%
产品毛利	$	5,284	$	4,614	$	670	15%	$	12,358	$	8,063	$	4,295	53	%
产品毛利率(%)	51%		55%					50%		44%

产品收入成本包括内部和第三方固定和可变成本，包括材料和供应、劳动力、设施和与我们的产品收入相关的其他间接成本。

产品毛利率为51%和50%在截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与55%和44%在年的相应期间2018由于产品组合的变化。

研发费用

研究和开发费用包括内部项目以及合作研究和开发活动产生的成本。这些成本主要包括(I)与员工有关的成本，其中包括工资和其他与人事相关的费用(包括股票补偿)，(Ii)各种可分配的费用，其中包括与占用有关的成本，用品，以及设施和实验室设备的折旧，以及(Iii)外部成本。研究和开发费用在发生时支出。

研究和开发费用增加了$0.8百万，或10%期间截至2019年9月30日的三个月并增加了$2.5百万，或11%期间截至2019年9月30日的9个月，与去年同期相比2018这主要是由于与员工人数增加、可分配费用增加和实验室供应增加相关的成本增加，这些增加被外部服务和股票补偿费用降低部分抵销。

销售，一般和行政费用

销售、一般及行政开支包括与雇员有关的成本，其中包括薪金及其他与人事有关的开支(包括股票薪酬)、雇用及培训成本、咨询及外部服务开支(包括审计及法律费用)、营销成本、楼宇租赁成本及折旧及摊销费用。

销售，一般和行政费用增加了$0.5百万，或7%期间截至2019年9月30日的三个月和$1.7百万，或8%期间截至2019年9月30日的9个月，与去年同期相比2018这主要是由于与员工人数相关的成本增加和较高的设施费用，这些费用被较低的外部服务、可分配费用和股票补偿费用部分抵销。

利息收入和其他费用



	截至9月30日的三个月，						变化				截至9月30日的9个月，						变化
(以千为单位)	2019			2018			$			%	2019			2018			$		%
利息收入	$	480		$	199		$	281		141%	$	929		$	444		$	485	109	%
其他费用，净额	(403		)	(80		)	323			404%	(615		)	(221		)	394		178	%
其他收入总额	$	77		$	119		$	(42	)	(35)%	$	314		$	223		$	91	41	%

利息收入

利息收入增加了30万美元和50万美元为.截至2019年9月30日的3个月和9个月，分别与同时期进行比较。2018主要是由于较高水平的现金和现金等价物的较高利率。

其他费用

其他费用增加30万美元和40万美元对于那些截至2019年9月30日的3个月和9个月，^，分别与^中的相同时期进行比较。2018，主要是由于40万美元我们对CO的投资减记₂外汇波动带来的收益部分抵消了解决方案。

所得税准备金和收益

我们确认所得税优惠为7000美元和所得税规定一万二千美元为.截至2019年9月30日的3个月和9个月分别为。我们确认所得税准备金为一千美元和所得税优惠11000美元为.截至2018年9月30日的3个月和9个月分别为。所得税支出的减少是由于我们国外业务收入的减少。我们继续保持对我们的递延税净资产的全额估值备抵，因为我们相信我们的大部分递延税项资产很可能不会变现。

净收益(亏损)

的净收入2019年第三季度是$0.3百万美元，代表纯收入$0.01每基本和稀释的份额。与此相比，净损失为200万美元，表示净损失$0.04每基本和稀释后的股份2018年第三季度好的。公司净收入的增长截至2019年9月30日的三个月与上年同期相比，这主要与更高的研发服务和产品收入有关，这些收入被较高的运营费用部分抵消。

为.截至2019年9月30日的9个月，净亏损为1130万美元，表示净损失$0.20每基本和稀释的份额。与此相比，净损失为1040万美元，表示净损失$0.20每基本和稀释后的股份截至2018年9月30日的9个月好的。净亏损的增加截至2019年9月30日的9个月与上一年同期相比，主要与前一年完成的Tate&Lyle项目的运营费用增加和缺乏研发服务有关。

按细分市场划分的操作结果(以千为单位，百分比除外)

按细分市场划分的收入



	截至9月30日的三个月，												变化
	2019						2018						性能酶				新型生物治疗学
	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计		$		%		$			%
收入：
产品收入	$	10,351	$	—	$	10,351	$	8,405	$	—	$	8,405	$	1,946	23	%	$	—		—	%
研发收入	10,073		1,482		11,555		3,720		4,821		8,541		6,353		171	%	(3,339		)	(69	)%
总收入	$	20,424	$	1,482	$	21,906	$	12,125	$	4,821	$	16,946	$	8,299	68	%	$	(3,339	)	(69	)%



	截至9月30日的9个月，												变化
	2019						2018						性能酶				新型生物治疗学
	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计		$		%		$			%
收入：
产品收入	$	24,588	$	—	$	24,588	$	18,291	$	—	$	18,291	$	6,297	34	%	$	—		—	%
研发收入	16,512		8,708		25,220		15,728		10,507		26,235		784		5	%	(1,799		)	(17	)%
总收入	$	41,100	$	8,708	$	49,808	$	34,019	$	10,507	$	44,526	$	7,081	21	%	$	(1,799	)	(17	)%

性能酶部门的收入增加了830万美元，或68%vt.向，向.2040万美元为.截至2019年9月30日的三个月，与1210万美元为.截至2018年9月30日的三个月好的。性能酶部门的收入增加了710万美元，或21%vt.向，向.4110万美元为.截至2019年9月30日的9个月，与3，400万美元为.截至2018年9月30日的9个月好的。收入的增加主要是由于诺华制药股份公司根据诺华代码进化计划获得了380万美元的收入^®协议，GSK根据GSK CodeEvolver支付的200万美元里程碑付款^®协议和增加产品收入，满足更高的客户需求

对于仿制药和品牌产品的酶，上一年期间Tate&Lyle没有收入部分抵消了这一点。

新型生物疗法部门的收入减少了330万美元，或69%vt.向，向.150万美元为.截至2019年9月30日的三个月，与480万美元为.截至2018年9月30日的三个月好的。新的生物疗法部分的收入$8.7百万减少180万美元，或17%为.截至2019年9月30日的9个月，与1050万美元为.截至2018年9月30日的9个月好的。收入减少的主要原因是，雀巢健康科学公司(NestléHealth Science)获得CDX-6114治疗PKU的功能性许可证的收入认可度下降。如雀巢协议所述，新型生物疗法部门的收入来自与雀巢健康科学公司合作开发我们的CDX-6114候选产品的研发收入。

按细分市场划分的成本和运营费用



	截至9月30日的三个月，												变化
	2019						2018						性能酶				新型生物治疗学
	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计		$		%		$		%
产品收入成本	$	5,067	$	—	$	5,067	$	3,791	$	—	$	3,791	$	1,276	34	%	$	—	—	%
研究与发展⁽¹⁾	5,313		3,080		8,393		4,758		2,920		7,678		555		12	%	160		5	%
销售，一般和行政⁽¹⁾	2,037		690		2,727		1,870		165		2,035		167		9	%	525		318	%
部门总成本和运营费用	$	12,417	$	3,770	16,187		$	10,419	$	3,085	13,504		$	1,998	19	%	$	685	22	%
企业成本					4,989						5,239
折旧摊销					471						309
总成本和运营费用					$	21,647					$	19,052

⁽¹⁾研究和开发费用以及销售、一般和行政费用不包括融资租赁的折旧和摊销。



	截至9月30日的9个月，												变化
	2019						2018						性能酶				新型生物治疗学
	性能酶		新型生物治疗学		总计		性能酶		新型生物治疗学		总计		$		%		$		%
产品收入成本	$	12,230	$	—	$	12,230	$	10,228	$	—	$	10,228	$	2,002	20	%	$	—	—	%
研究与发展⁽¹⁾	14,889		9,252		24,141		14,548		7,294		21,842		341		2	%	1,958		27	%
销售，一般和行政⁽¹⁾	6,499		1,768		8,267		5,695		615		6,310		804		14	%	1,153		187	%
部门总成本和运营费用	$	33,618	$	11,020	44,638		$	30,471	$	7,909	38,380		$	3,147	10	%	$	3,111	39	%
企业成本					15,499						15,985
折旧摊销					1,273						812
总成本和运营费用					$	61,410					$	55,177

⁽¹⁾研究和开发费用以及销售、一般和行政费用不包括融资租赁的折旧和摊销。

有关收入的产品成本的讨论，请参阅“运营结果".

性能酶部门的研究和开发费用增加了60万美元，或12%vt.向，向.530万美元在2019年第三季度，与2018年第三季度好的。性能酶部门的研究和开发费用增加了30万美元，或2%vt.向，向.1490万美元在截至2019年9月30日的9个月，与#年的相应时期相比2018好的。增加的主要原因是与员工人数增加、可分配费用增加和实验室用品增加相关的成本增加。

性能酶部门的销售、一般和管理费用增加了20万美元，或9%vt.向，向.200万美元在2019年第三季度，与2018年第三季度好的。性能酶部门的销售、一般和管理费用增加了80万美元，或14%vt.向，向.650万美元在截至2019年9月30日的9个月，与#年的相应时期相比2018好的。增加的主要原因是与设施和人数相关的成本增加，这些增加被外部服务和可分配费用的减少部分抵销。

新型生物疗法领域的研发费用增加了20万美元，或5%vt.向，向.310万美元在2019年第三季度，与2018年第三季度好的。新型生物疗法领域的研发费用增加了200万美元，或27%vt.向，向.930万美元在截至2019年9月30日的9个月，与#年的相应时期相比2018好的。增加的主要原因是与人员增加相关的成本增加。

新型生物疗法部门的销售、一般和行政费用增加了50万美元，或318%vt.向，向.70万美元在2019年第三季度，与2018年第三季度好的。新型生物疗法部门的销售、一般和行政费用增加了120万美元，或187%vt.向，向.180万美元在截至2019年9月30日的9个月，与#年的相应时期相比2018好的。增加的主要原因是与人数、设施和基于股票的薪酬相关的成本增加。

流动性与资本资源

流动性是衡量我们满足营运资金需求和为资本支出提供资金的能力。从历史上看，我们主要通过运营产生的现金、股票期权和公众来为我们的运营提供资金。

我们普通股的供货。我们也有能力在我们的信贷机制下借入高达1500万美元。我们积极管理我们的现金使用和流动现金投资，以确保保持足够的资金来满足我们的营运资金需求。我们的大部分现金和现金等价物都存放在美国银行，我们的外国子公司在当地银行保持有限的现金，以支付其短期运营费用。

下表总结了截至目前我们的现金和现金等价物以及营运资本2019年9月30日和2018年12月31日，以及我们的现金流量表截至2019年9月30日的9个月和2018:



(以千为单位)	2019年9月30日		2018年12月31日
现金及现金等价物	$	92,143	$	53,039
营运资金	$	95,007	$	50,085



	截至9月30日的9个月，
(以千为单位)	2019			2018
经营活动中使用的现金净额	$	(8,899	)	$	(13,374	)
投资活动所用现金净额	(3,251		)	(2,073		)
筹资活动提供的现金净额	51,539			38,318
现金、现金等价物和限制现金净增加	$	39,389		$	22,871

由于我们继续投资于关键技术开发项目和对CodeEvolver的改进，我们从历史上经历了来自运营的负现金流^®蛋白质工程技术平台，扩大我们的业务发展和与新客户的合作。我们运营的现金流将继续主要受到销售和向主要制药公司授权技术的毛利率、产品收入和向客户提供的协作研发服务以及我们的员工成本(主要是研发方面)的影响。我们经营活动的主要现金流来源是将我们的技术许可给主要制药公司的现金收入，以及我们购买产品和/或协作研究和开发服务的客户。我们经营活动中最大的现金用途是员工相关支出、租金支付、库存购买，以支持我们的产品收入和非工资研究和开发成本。

我们有资格赚取里程碑和其他或然付款，以实现定义的协作目标，并根据我们的合作协议支付某些版税。我们赚取这些里程碑和或有付款的能力以及实现这些里程碑的时间主要取决于我们合作者的研究和开发以及商业活动的结果，目前还不确定。

我们正积极与制药和食品行业的新老客户合作。我们相信，我们可以利用我们现有的产品和服务，并开发新的产品和服务，以增加我们的收入和毛利率在未来的时期。

自.起2019年9月30日，我们有现金和现金等价物9，210万美元和1500万美元，可以在信贷机制下借款。我们的流动性取决于我们的现金及现金等价物、经营活动提供的现金流量以及信贷机制下借款的持续可用性。此外，在2019年6月，我们出售了3,048,780普通股，每股价格为$16.40在私募中产生的净收益约为$49.9扣除相关发行成本后，净额为300万美元。更多信息见第二部分第2项“未登记的股权证券销售和收益使用”。

我们相信，根据我们目前的运营水平，我们现有的现金和现金等价物将至少为未来12个月的持续运营、计划的资本支出和营运资金需求提供足够的资金。

然而，如果我们目前的计划和假设发生变化，我们可能需要额外的资金。我们对额外资本的需求将取决于许多因素，包括我们业务的财务成功，开发和商业化新产品和现有产品所需的支出，我们未来可能进行或开发的其他业务、技术或设施的任何收购的影响，我们在新的市场机会上的支出，以及在必要时提交、起诉、执行和辩护专利主张的潜在成本。如果我们的资本资源不足以满足我们的资本要求，并且我们无法与能够或愿意为我们的开发工作提供资金或将我们开发或启用的任何产品商业化的合作伙伴进行合作，我们将不得不筹集额外的资金，以继续开发我们的技术和产品，并完成我们的技术产生的产品的商业化(如果有的话)。此外，由于市场条件或战略考虑，我们可能会选择筹集额外资金，即使我们认为我们有足够的资金来满足当前或未来的运营计划。如果未来的融资涉及发行股权证券，我们的

现有股东将遭受稀释。如果我们筹集债务融资或进入额外的信贷安排，我们可能会受到限制性契约的限制，这些契约限制了我们开展业务的能力。我们可能无法以对我们有利的条款筹集足够的额外资金，如果有的话。如果我们无法筹集到足够的资金，也无法产生足够的收入来实现计划的毛利率和控制运营成本，那么我们为我们的运营提供资金、利用战略机会、开发产品或技术或以其他方式应对竞争压力的能力可能会受到极大限制。如果发生这种情况，我们可能会被迫推迟或终止研究或开发计划或因我们的技术而产生的产品商业化，减少或停止运营，或通过可能要求我们放弃商业权或以对我们不利的条款授予许可的合作和许可安排获得资金。如果没有足够的资金，我们将无法成功执行我们的业务计划或继续我们的业务。

经营活动现金流量

用于经营活动的现金是890万美元NET的截至2019年9月30日的9个月，这是由于净损失1130万美元为.截至2019年9月30日的9个月调整为折旧的非现金费用110万美元，ROU租赁资产摊销费用220万美元和以股票为基础的薪酬580万美元好的。营业资产和负债的变化所使用的额外现金是670万美元好的。经营资产和负债的变动包括减少$5.0百万递延收入，减少$1.3百万应付账款，增加$1.2数以百万计的合同资产。

用于经营活动的现金是1340万美元NET的截至2018年9月30日的9个月，这是由于净损失1040万美元为.截至2018年9月30日的9个月调整为折旧的非现金费用80万美元和以股票为基础的薪酬620万美元好的。营业资产和负债的变化所使用的额外现金为20美元。1000万美元好的。经营资产和负债的变动包括减少360万美元在主要来自客户的应收账款中，应付账款减少170万美元，减少1020万美元递延收入和合同资产增加190万美元。

投资活动现金流量

用于投资活动的现金是$3.3百万和$2.1百万美元截至2019年9月30日的9个月和2018这主要归因于购买财产和设备。

融资活动现金流量

融资活动提供的现金是5150万美元为.截至2019年9月30日的9个月它代表$49.92019年6月私人配售的净收益百万，以及460万美元行使股票期权所得收益抵销$2.9百万美元用于支付与股权奖励的净股份结算相关的税款。

融资活动提供的现金是3830万美元为.截至2018年9月30日的9个月这代表了。$37.32018年4月公开募股的净收益为430万美元，行使股票期权的净收益为430万美元，部分被其他项目抵消，主要是$3.1百万美元用于支付与股权奖励净份额结算相关的税款。

合同义务

下表总结了我们在以下方面的重大合同义务2019年9月30日(以千为单位)：#



		按期间到期的付款
(以千为单位)		总计		不足1年		1至3年		>4年
融资租赁义务		$	124	$	124	$	—	$	—
经营租赁义务⁽¹⁾		34,931		2,618		8,387		23,926
	总计	$	35,055	$	2,742	$	8,387	$	23,926

⁽¹⁾表示不可取消的经营租赁的未来最低租赁付款2019年9月30日我们在加州红杉城的设施。上述最低租赁付款不包括公共区域维护费或房地产税。此外，金额并未减少未来的最低分租租金30万美元根据不可取消的分租接收。

其他承诺

我们在正常业务过程中还有其他与供应和服务安排有关的承诺。有关其他承诺的其他信息，见未经审计的简明综合财务报表附注中的附注11，“承诺和或有事项”。未来最低付款反映了这些债务在未来期间对我们的流动性和现金流的预期金额，并包括我们承担取消风险的债务(以千为单位)：



其他承诺协议类型	协议日期	未来最低付款
发展和制造服务协议	2019年9月	$	1,645
制造和供应协议，预计未来付款日期为2022年12月	2016年4月	1,242
临床试验服务协议	2017年12月	80
其他承诺总额		$	2,967

2017年6月30日，我们签订了一项由期限贷款组成的信贷安排，贷款总额为1000万美元，并在循环信贷额度下垫款，总额达500万美元应收账款借款基数为80%某些符合条件的应收账款。2019年1月，我们对信用融资进行了第五次修订，允许Codexis获得最高110万美元的信用证，以保证其在大都会人寿租赁协议下的义务。2019年7月，我们签订了信贷安排第六修正案，将正常业务过程中为保险费融资的许可负债增加到70万美元。2019年9月，我们签订了信用贷款的第七修正案，根据该修正案，定期债务的提款期延长至2020年9月30日。我们可以在2020年9月30日之前的任何时间使用期限债务，但须遵守融资的惯例条件，其中包括不存在违约事件。我们可以在到期日之前的任何时间提取循环信用额度。在……上面2023年10月1号，任何期限债务到期的贷款和循环信用额度终止。定期债务在到期日以伦敦银行同业拆借利率+为基础的可变利率计息3.60%好的。循环信用额度下的预付款按可变年利率承担利息，利率等于(I)中的较大者1.00%在上面优惠利率及(Ii)5.00%好的。截至#年末，没有在信贷安排下提取任何金额2019年9月30日好的。有关我们的信贷安排的其他信息，请参阅未经审计的简明综合财务报表附注中的附注11“承诺和或有事项”。

表外安排

自.起2019年9月30日，我们没有任何表外安排，如SEC颁布的S-K法规第303(A)(4)项所定义。

关键会计政策和估计

根据公认会计原则编制财务报表需要管理层在编制综合财务报表和附注时作出判断、估计和假设。实际结果可能与这些估计不同。在此期间，我们的关键会计政策或估计没有重大变化截至2019年9月30日的3个月和9个月来自我们在截止年度的Form 10-K年度报告中讨论的那些内容2018年12月31日，于月提交给证券交易委员会2019年3月1日除了我们的关键会计政策和由于采用ASU 2016-02而对租赁的估计外，“租赁(主题842)“(“ASC 842”)，详细说明如下。

租约

2019年1月1日，我们通过了ASU 2016-02“租赁(主题842)”(“ASC 842”)的规定，取代了先前的租赁指南(“ASC 840”)。本指南建立了使用权(“ROU”)模型，要求承租人在资产负债表上记录所有租期超过12个月的租约的ROU资产和租赁义务。租赁被分类为融资或经营，分类影响我们未经审计的简明综合经营报表中的费用确认模式和分类。我们在2019年1月1日采用了新标准，采用了改进的追溯方法和生效日期方法。



项目3。	关于市场风险的定量和定性披露

市场风险管理

我们的现金流和收益会因外币汇率、利率和其他因素的变化而波动。这些市场风险敞口在截止年度的Form 10-K年度报告的第II部分7A项中披露2018年12月31日，于月提交给证券交易委员会2019年3月1日.

利率敏感性

截至#月2019年9月30日，我们有无限制的现金和现金等价物。9，210万美元好的。截至#月2019年9月30日假设市场利率下降10%，按年率计算，我们利息收入的公允价值将减少约10万美元。

2017年6月30日，我们签订了一项信贷安排协议，包括总计达1000万美元，并在循环信贷额度下垫款，总额达500万美元好的。基于伦敦银行间同业拆借利率加3.60%，以可变利率计算的期限债务承担利息。循环信贷额度下的垫款按可变年利率计息，利率等于(I)比最优惠利率高1.00%和(Ii)5.00%。这些可变利率的增加将增加我们未来的利息支出，并减少我们的经营业绩和现金流。截至#年末，没有在信贷安排下提取任何金额2019年9月30日好的。我们对利率风险的风险与我们2017年的可变利率信贷机制有关，利率的提高可能会导致更高的借贷成本。由于截至目前，我们2017年的信贷机制下没有未偿还的借款。2019年9月30日假设利率变动10%，对我们的利息开支不会有任何影响。



项目#4。	控制和程序

对披露控制和程序的评价

我们保持披露控制和程序以及内部控制，旨在提供合理的保证，确保在SEC规则和表格中指定的时间段内记录、处理、总结和报告我们的Exchange Act报告中要求披露的信息，并且这些信息被累积并传达给我们的管理层，包括我们的首席执行官和我们的首席财务和会计官(视情况而定)，以便及时做出有关所需披露的决定。

我们的管理层，包括我们的首席执行官和我们的首席财务和会计官员，评估了我们的披露控制和程序的有效性，如交换法规则13a-15(E)和15d-15(E)所定义。基于这次审查，我们的首席执行官和我们的首席财务和会计官得出结论，这些披露控制和程序截至目前为止是有效的2019年9月30日在合理的保证水平上。

财务报告内部控制的变化

根据Exchange Act Rules 13a-15或15d-15(D)段要求的评估，我们对财务报告的内部控制没有发生任何变化，这些变化发生在我们上一个会计季度，这些变化已经或相当可能会对我们的财务报告内部控制产生重大影响。我们实施了内部控制，以确保我们充分评估了我们的租赁合同，并适当评估了ASU 2016-02“租赁(主题842)”的影响,以便于在2019年1月1日通过。由于采用这一新标准，我们对财务报告的内部控制没有重大变化。

控制有效性的固有限制

在设计和评估披露控制和程序时，管理层认识到，任何控制和程序，即使确定有效，无论设计和操作如何良好，都只能提供合理保证，以实现预期的控制目标，以防止或发现错误陈述。此外，披露控制和程序的设计必须反映这样一个事实，即存在资源限制，并且要求管理层在评估可能的控制和程序相对于其成本的益处时进行判断。此外，对未来期间的任何有效性评估的预测也存在这样的风险，即由于条件的变化，控制可能会变得不充分，或者对政策或程序的遵守程度可能会恶化。

第二部分其他信息



项目1。	法律程序

我们目前不是任何未决诉讼或其他实质性法律程序的当事人。



项目#1A。	危险因素

我们已将截至年度的年度报告Form 10-K的第I部分1A项包括在内2018年12月31日，描述可能影响我们的业务、未来业绩或财务状况的某些风险和不确定因素(“风险因素”)。在截至2019年9月30日的三个月，与截止年度的10-K表格中提供的披露相比没有实质性变化2018年12月31日关于风险因素，以下规定除外。投资者在对我们的股票做出投资决定之前，应该考虑风险因素。

在公开市场上大量出售我们的普通股可能会导致我们的股价下跌。

如果我们现有的股东在公开市场上出售或表明有意出售大量的普通股，我们普通股的交易价格可能会下降。自.起2019年9月30日，我们大约有58.4百万股普通股已发行。在这些股份中，约有190万股由现任董事、执行人员和其他关联公司持有，否则可能要遵守1933年“证券法”或“证券法”下的第144条规则。

自.起2019年9月30日在适用的归属时间表以及证券法下规则144和规则701的规定允许的范围内，多达约40万股可在流通股单位和业绩股单位归属时发行的普通股，以及多达约520万股因行使未行使购股权而可发行的普通股在适用归属时间表的规定允许的范围内有资格在公开市场上出售。如果这些额外的普通股被发行和出售，或者如果人们认为它们将在公开市场上出售，我们普通股的交易价格可能会下降。

自.起2019年9月30日根据证券法，约300万股已发行普通股的持有人有权根据证券法登记其股份。根据“证券法”登记这些股份将导致该等股份根据“证券法”可自由交易，但联属公司购买的股份除外。这些股东出售证券可能会对我们普通股的交易价格产生重大不利影响。



项目2。	未经登记的股权证券销售和收益使用

股息及其他分配的限制

自2017年6月30日起，我们签订了一项信贷安排，包括总额为1000万美元的贷款的定期债务票据，以及总额为500万美元的循环信贷额度下的预付款。信贷工具中的契约限制了我们支付股息或进行其他分配的能力。欲了解更多信息，请参阅未经审计的简明综合财务报表附注中的附注11“承诺和或有事项”。



项目3。	高级证券违约

一个也没有。



项目#4。	煤矿安全披露

不适用。



项目5。	其他资料

不适用。



项目6。	展品





3.1		修订并恢复了Codexis公司的公司注册证书。2010年4月27日提交特拉华州国务秘书，2010年4月27日生效(通过参考2010年5月28日提交的公司截至2010年3月31日季度10-Q表格的季度报告附件3.1并入)。

3.2		Codexis，Inc.于2012年9月4日向特拉华州国务秘书提交的A系列初级参与优先股指定证书(通过参考2012年9月4日提交的公司当前报告Form 8-K的附件3.1并入)。

3.3		修订并恢复Codexis，Inc.的规章制度。自2010年4月27日起生效(通过引用公司2010年5月28日提交的截至2010年3月31日的季度报告10-Q表格中的附件3.2并入)。

4.1		请参考附图3.1至3.3。

10.1A		截至2019年7月11日本公司与西方联盟银行之间对贷款和担保协议的第六次修订

10.1B		截至2019年9月30日公司与西方联盟银行之间对贷款和担保协议的第七次修订

10.2	+	公司与其某些高级管理人员之间修改和恢复的“控制服务变更协议”的形式

10.3	+	公司与罗斯泰勒签订的雇佣协议，自2019年8月4日起生效

10.4	+	公司与John Nicols雇佣协议修正案，自2019年6月28日起生效

23.1		BDO USA，LLP，独立注册会计师事务所同意。

31.1		根据经修订的1934年“证券交易法”第13a-14(A)和15d-14(A)条要求首席执行官的证明。

31.2		根据经修订的1934年“证券交易法”第13a-14(A)和15d-14(A)条要求首席财务官的证明。

32.1		根据经修订的1934年“证券交易法”第13a-14(B)条和“美国法典”第18篇第1350节，要求首席执行官和首席财务官的证明。

101		The following materials from the Company‘s Quarterly Report on Form 10-Q for the quarter ended September 30，2019，formatted in Inline Extensible Business Reporting Language(iXBRL)includes：(i)Unaudited Condensed Consolidated Balance Sheets at September 30，2019 and December 31，2018，(ii) Unaudited Condensed Consolidated Statements of Operations for the Three Months and Nine Months Ended September 30，2019 and 2018，(iii) Unaudited Condensed Consolidated Statements of Stockholders’Equity for the Three Months and Nine Months Ended September 30，2019 and 2018，(iv)Unaudited Condensed Consolidated Statements of Cash Flows for the Nine Months Ended September 30，2019年和2018年，以及(V)^未经审计的简明综合财务报表附注。

101.SCH		XBRL分类扩展架构文档

101.CAL		XBRL分类扩展计算链接库文档

101.DEF		XBRL分类扩展定义链接库文档

101.LAB		XBRL分类扩展标签Linkbase文档

101.PRE		XBRL Taxonomy Extension Presentation Linkbase文档

104		公司截至2019年9月30日的季度10-Q报表的封面页采用内联XBRL格式，包含在附件101中。

+		表示管理合同或补偿计划或安排。

签名

根据1934年“证券交易法”的要求，注册人已正式促使以下签字人代表其签署本报告，并获得正式授权。




		Codexis公司

日期：	2019年11月6日	依据：	/s/John J.Nicols
			约翰·J·尼科斯总裁和首席执行官 (首席行政主任)

日期：	2019年11月6日	依据：	/s/Ross Taylor
			罗斯·泰勒高级副总裁兼首席财务官 (首席财务及会计主任)